| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 193,951 | A→G | 9.6% | K307E (AAA→GAA) | rseP → | inner membrane zinc RIP metalloprotease; RpoE activator, by degrading RseA; cleaved signal peptide endoprotease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 193,951 | 0 | A | G | 9.6% | 112.8 / 4.4 | 42 | K307E (AAA→GAA) | rseP | inner membrane zinc RIP metalloprotease; RpoE activator, by degrading RseA; cleaved signal peptide endoprotease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/20); new base G (2/2); total (20/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.77e-01 | |||||||||||
ATGTGCAGCCAAACTCGGCGGCAAGCAAGGCAGGTTTGCAAGCAGGCGACAGGATCGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTTTATTACCTGCCGTTTCTTGCGCTTATTAGCGTGAAC > CP009273/193715‑194199 | aTGTGCAGCCAAACTCGGCGACAATCAAGGAAGGTTTGCAAGCAGGTGACAGGATCGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACg < 1:19344/274‑1 (MQ=255) tgtgCAGCCAAACTCGGCGGCAAGCAAGGCAGGTTTGCAAGCAGGCGACAGGATCGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAATGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGAATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCAAGATGAGTATAAAGTTGTACGcc > 1:428293/1‑275 (MQ=255) cAGACAAACTGGGGGGAAAGCAAGGAAGGTTTGCAAGCAGGCGACAGGATAGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTGTGTGATGCGTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGt < 1:85186/274‑1 (MQ=255) gCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCa > 2:64304/1‑170 (MQ=255) ttAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTcc < 1:64304/170‑1 (MQ=255) aaCGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGcc > 1:148088/1‑174 (MQ=255) cagCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTNTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTgg < 1:405252/272‑1 (MQ=255) cAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGAt < 2:148087/174‑1 (MQ=255) aGTGGGTGACCTTTGTGATGCATGGCCGCGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGNTg > 1:356982/1‑186 (MQ=255) 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gTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGcc > 2:355196/1‑146 (MQ=255) gggATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGAt < 1:355201/146‑1 (MQ=255) cccGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCa > 1:514079/1‑275 (MQ=255) aTCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCAGTGGGCCg < 2:514070/274‑1 (MQ=255) tAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCt < 1:118386/220‑1 (MQ=255) tAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGAAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCt > 2:118385/1‑220 (MQ=255) aGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCTGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTg > 2:478173/1‑137 (MQ=255) ttAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACg < 1:478182/137‑1 (MQ=255) tAGAAATCGAAAGGCCGGGGAGTGACTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGt > 1:363940/1‑123 (MQ=255) aaTCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATaa < 2:363934/123‑1 (MQ=255) gggAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGaacaa < 2:111743/233‑1 (MQ=255) gggAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGaaaaa > 1:111744/1‑233 (MQ=255) tCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGcc > 2:141904/1‑93 (MQ=255) ccTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTg > 1:200568/1‑108 (MQ=255) ttGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGAt < 1:141905/93‑1 (MQ=255) gTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACg < 2:200565/108‑1 (MQ=255) ttGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGt > 1:54713/1‑101 (MQ=255) tgtatttAATCCCGGAGAGTAAAACGGGTAAGTGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATAGAGCCGAAAGGCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAAAGCCAACGTCGACGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGCACAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGTAACTCGGGgt < 1:521304/269‑1 (MQ=255) gACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAATATGGCAGCTGANGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGCTGACAGCGGAACGCGGGgtgg > 1:473066/1‑273 (MQ=255) gACATTAATCCCGGAAAGTAAACAAGGTGATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTCGTACGCCAGTATGGGCCGGTCAACGCCATCGTCGAGCCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGGATGCTGGGNAAATTGATCACCGGTGAtgt > 1:355779/1‑204 (MQ=255) cATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGc < 2:54713/101‑1 (MQ=255) atactCCCGGGTAGTACACCGGGTAATTGTAATGCGTTTTGTTTGGTCGGTATTGCGCCGAAAGACATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCAATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTtta < 2:473057/271‑1 (MQ=255) aaCCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGcc > 2:472864/1‑61 (MQ=255) gggTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGAt < 1:472873/61‑1 (MQ=255) gTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGGAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTgg > 2:373452/1‑125 (MQ=255) tAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGGAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTa > 1:114628/1‑81 (MQ=255) tGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGGAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGc < 1:373460/125‑1 (MQ=255) ggTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGGAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATggg < 2:114627/81‑1 (MQ=255) aaagaaaagattttGTCTGTATTGAATCGAAAGTCAGGCCTTTGCTATATGTGTAATAAGTTGTACGGCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAAAGTGGCAGTTGATGGAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAAATGAGCACCGGGGATGTGAAACTGAAAAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTTTATTACCTGCCGTTTCTTGCGCTTATTAGCGTg < 2:428284/265‑1 (MQ=255) aTTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACATCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTTTATTACCTGCCGTTTCTTGCGCTTATTAGCGTGAAc > 1:265190/1‑273 (MQ=255) aaaGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTTTATTACCTGCGGTGTGGTGCGCTtagtag > 2:488442/1‑242 (MQ=255) | ATGTGCAGCCAAACTCGGCGGCAAGCAAGGCAGGTTTGCAAGCAGGCGACAGGATCGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCAGTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTTTATTACCTGCCGTTTCTTGCGCTTATTAGCGTGAAC > CP009273/193715‑194199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |