New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 3409562 | 23 (0.570) | 4 (0.110) | 3/294 | NT | 13.6% | coding (1171/3105 nt) | acrF | multidrug efflux system protein |
? | CP009273 | = 3409649 | 29 (0.760) | coding (1258/3105 nt) | acrF | multidrug efflux system protein |
CGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTC > CP009273/3409299‑3409803 | cgAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCCTCAACACACTCACg > 2:672688/1‑275 (MQ=255) cccGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCaa < 2:381398/222‑1 (MQ=255) aTGACATCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGGAGTGTTAAAAACGCTGTTCGAAGTCATGATGCTGGTTTTCGTGGTGATGTATCTGTTCTTGCGGAATCTGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGAGTCGTTAGGGACGTATATCATCTCCGCCGCTCTTGTTATCTCCATCATCACACTAAACCGTTTCAGGACGTTGGTTGCCATCGGGCCACACGGCGGTGATGCGCGAGTGGGGGTGNNTaatggcggcc > 2:526772/1‑265 (MQ=255) gTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGAtgatgga < 1:140013‑M2/248‑8 (MQ=255) tGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGGGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACTATGTTCGTGATGTTGCTTGCCATCGGTCTGCTCGTCGATGCTGCGATAGGGGTGGTGGAGAACGTAGAGCGCGTGATGAGGGAGGATAAGCGCCCGCCAAATGACGCGACGGGNGAATcacgg > 2:279481/1‑271 (MQ=255) cGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTAGCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATACACACACTCACGATGTNCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCCATGATGCGAAAGCGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGTAGGATAAGCTCCCTCCAAAAAAAGGGCCGAAAAAAACAATGt > 1:612409/1‑272 (MQ=255) tGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACNCCATCAACACATTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCa < 1:672702/275‑1 (MQ=255) gtgtTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGtg > 2:270110/1‑207 (MQ=255) gtgtTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCACGTCGATGATGCGATAGTGNTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACt > 1:577053/1‑275 (MQ=255) ttaaaggTGATGTTTCTGTTCTTGATGTCTATGCGAGCAACGCTGATTCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCGTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACtggt < 2:577040/270‑1 (MQ=255) tCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGAtga > 1:270114‑M2/1‑204 (MQ=255) cTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCCCCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGCACGTTTGCCCTCCTCGCCGCTTTTCGTTACTCCCTCCACACACTACCGATTTTCGGGATGGTGCTTGCCATCTGGCTGCCCTTCGATGTTCCGCTCGTGGTGGTGGCGAACGTCgcg > 2:75538/1‑176 (MQ=255) cAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCt < 2:657574/122‑1 (MQ=255) cAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCtt > 2:700333/1‑110 (MQ=255) gCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCa < 1:700347/110‑1 (MQ=255) gCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGAGGATGGAGGGTAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAAAACAGGGGGAACTGGGGGGTATAGAGAGGGTGGGGTGAGGGGGATTTNTTcctgtct > 2:277793/1‑270 (MQ=255) ttCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGGGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc < 1:277798/253‑1 (MQ=255) ttGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAtcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatccc > 1:120599‑M1/1‑63 (MQ=255) ttGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAtcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcc > 2:732159‑M1/1‑63 (MQ=255) ggTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGTCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACtggt < 1:405367/216‑1 (MQ=255) ggTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAtcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcccgaac < 2:120598‑M1/133‑75 (MQ=255) ggTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAtcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcccgaa < 1:732173‑M1/132‑74 (MQ=255) tggtgTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAac < 1:637788/53‑1 (MQ=255) gACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTCACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATAGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGAGCGCGATGATGGCGGATATGCTCACGACAAAAGAAGCGACGGACACATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGCTGGAATTCTTCGGCGAGTTTACTTGGGNNACTTagctact > 2:526921/1‑267 (MQ=255) cGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTAACTCCATGAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGACGCAAATTCAGGNCGCACTGGNGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTtc > 1:491697/1‑275 (MQ=255) tttGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCaa < 1:35330/35‑1 (MQ=255) ttGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTTTCGCGATGGTGCTGt > 2:221533/1‑210 (MQ=255) ttGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTggg > 1:66216/1‑254 (MQ=255) tGCCATCCTCGCCGCGTTTGGGTGATCCACCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAg > 1:513261/1‑178 (MQ=255) cATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAGCACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCaa < 2:66215/254‑1 (MQ=255) cATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGc < 1:221535/210‑1 (MQ=255) aTCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCAGCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTGGATGATGAGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGAGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGgcg < 2:513252/178‑1 (MQ=255) tCCATCAtcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcccgaacatcgttagtgtgttgatggagtaaccaaaagcggcgaggatggcaaacgtccctaacaacaccacgggtaccgcaatggtggggatcagcgttgctcgcatattctgcaagaacagatacatcaccaggaacaccagcataatggcttcgaacagcgtttttaccac < 1:140013‑M1/248‑242 (MQ=255) catcatcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcccgaacatcg > 1:657768‑M1/1‑5 (MQ=255) tcatcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcccgaacatcgttagtgtgttgatggagtaaccaaaagcggcgaggatggcaaacgtccctaacaacaccacgggtaccgcaatggtggggatcagcgttgctcgcatattctgcaagaacagatacatcaccagga > 1:270114‑M1/1‑3 (MQ=255) atcacgcgctcgacgttctccaccaccactatcgcatcatcgacgagcagcccgatggcaagcaccatcccgaacatcgttag < 2:657754‑M1/83‑83 (MQ=255) | CGAAAGCCATTAAGGCAAAACTGGCGGAATTACAGCCATTCTTCCCGCAGGGAATGAAGGTTCTCTACCCTTATGACACCACGCCATTCGTCCAGCTTTCTATTCACGAAGTGGTAAAAACGCTGTTCGAAGCCATTATGCTGGTGTTCCTGGTGATGTATCTGTTCTTGCAGAATATGCGAGCAACGCTGATCCCCACCATTGCGGTACCCGTGGTGTTGTTAGGGACGTTTGCCATCCTCGCCGCTTTTGGTTACTCCATCAACACACTAACGATGTTCGGGATGGTGCTTGCCATCGGGCTGCTCGTCGATGATGCGATAGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGCGTGATGATGGAGGATAAGCTCCCGCCAAAAGAAGCGACGGAAAAATCGATGTCGCAAATTCAGGGCGCACTGGTGGGTATCGCGATGGTGCTGTCAGCGGTATTTATTCCGATGGCATTCTTCGGCGGTTCTACTGGGGCAATTTATCGCCAGTTCTC > CP009273/3409299‑3409803 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |