| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 378046 | NA (NA) | 41 (1.020) | 35/310 | NT | 100% | intergenic (+11/+1) | insD1/yaiX | IS2 transposase TnpB/pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase |
| ? | CP009273 | = 481167 | 0 (0.000) | intergenic (‑92/‑50) | acrA/acrR | multidrug efflux system/transcriptional repressor | |||||
AGCTCGGTTGTGATCTGCAGAGGTTCAGTTTTGACTGTTACTACGCCAACGGCGGGCATCTGCTGGCCACCTTGTTGGGCCTGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACATACATTCACAAATGTATGTAAATCTAACGCCTGTAAATTCACGAACATATGGCACGAAAAACCAAACAAGAAGCGCAAGAAACGCGCCAACACATCCTCGATGTGGCTCTACGTCTTTTCTCACAGCAGGGGGTATCATCCACCTCGCTGGGCGAGATTGCAAAAGCAGCTGGCGTTACGCGCGGTGCAATCTACTGGCATTTTAAAGACAAGTCGGATTTGTTCAGTGAGATCTGGGAACTGTCAGAATCCAATATTGGTGAACTAGAGC > CP009273/480909‑481439 | cctgggatggctgacgccagataaataactggctggctgctacaccatgttaccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACATACATTCACaa > 1:324330‑M1/255‑271 (MQ=255) gtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTACATACATTCACAAatgtatgt > 1:184359‑M1/251‑275 (MQ=255) gtgATCTGCAGAGGTTCAGTTTTGACTGTTACTACGCCAACGGCGGGCATCTGCTGGCCACCTTGTTGGGCCTGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACtgga < 1:276637‑M2/254‑5 (MQ=255) tCTGCAGAGGTTCAGTTTTGACTGTTACTACGCCAACGGCGGGCATCTGCTGGCCACCTTGTTGGGCCTGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACtggatttg > 2:276633‑M2/1‑246 (MQ=255) cgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcggttctccggccctaagacatcaatcctctgttctacactgactagtcaaaaaactagtattaagactatcacttatttaattgatattggttgtctggagattcagggggcaagtctaGGTAAATACATTAACAAATGTATGTAAATATAACg < 1:416242‑M1/35‑1 (MQ=255) aatgggttcaGTTTTGAGTGTTACTACGACACCGGCGGGCATCTGTTGGCTACCTTGTTGGGCCTGTTTGTCGTCACATCCTGTTAGGGCTAAGCTGCCTGAGAGCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAACCCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACtggatttgcccctatatttccagacatctgtta > 1:223147‑M2/5‑242 (MQ=255) agaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggaaattcagggggccagtataGTTACATAAATTatnaaatgtatttaaacttaataactatt < 2:490387‑M1/41‑14 (MQ=255) 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1:310659‑M1/159‑177 (MQ=255) ccggtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacattaatcatctgttcgccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacgtatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaGGTAAATACATTAACAAATGTATGTAAAGCTAACGACTGTAAATTCACGAACATATGGCACGAAAAACCAAACAAGAAGCGCAAGAAACGTGCCAACACATCCTCGATGTGGCTCTACGTCTTTTCTCAcagcag > 1:307794‑M1/141‑275 (MQ=255) gCATCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACtggatttgaccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataattctcgaacgcctctg < 1:639835‑M2/274‑137 (MQ=255) tCAGAACGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTACtggatttgcccctatatttcca < 2:433262‑M2/157‑23 (MQ=255) aaCGACCGCCAGAGGCGTAAACCCTCTGTTTTTGTTCATATGTAAACCTCGAGTGTCCGATTTCAAATTGGTCAATGGTCAAAAGTTAATAAACCCATTGCTGCGTTTATATTATCGTCGTGCTATGGTGCtggatttgcccctatatttccagaca > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |