| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 603489 = | NA (NA) | 9 (0.270) | 5/258 | NT | 33.0% | intergenic (+45/‑32) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase |
| ? | CP009273 | 604782 = | 22 (0.550) | intergenic (+149/+133) | insL1/entD | IS186 transposase/phosphopantetheinyltransferase component of enterobactin synthase multienzyme complex | |||||
AGGAACCTGAACTCGCGAAAGCGTGGATATTTGCTAATCTACTCGCCGCATTTTTAATTGACGACATAATCCAGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGA > CP009273/604509‑605029 | gccgcttcaggggagccaattcaggtaatgttgaaacgtcctggagctgagcccatgcagtgacttcacgtaatgacatccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaca < 2:302864‑M2/2‑1 (MQ=255) ccacgtcagataatgttgcaacgtcatggagctgagcccatgcagtgacttcacgtaatgacatccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAgc > 1:245894‑M2/259‑274 (MQ=255) gtcagataatgttgcaacgtcatggagctgagcccatgcagtgacttcacgtaatgacatccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTa < 1:295823‑M2/21‑1 (MQ=255) tcagaaaatgttgcaacggcatggagctgagcccctgcactaccttcacggactgacatccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagcgttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgtgttatagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAt < 2:245891‑M2/22‑1 (MQ=255) taatataatggtgcaacggcatggagctgagcccatgcagggccttcacgtaaggacatccccccggggccgtaagccatgcccagacgtagcagagttgcagcatcacgaattgcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcgtcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAt < 1:739578‑M2/22‑1 (MQ=255) aaaataatggtgcaacgtcatggagctgagcccatgccgtgacttcacgtaatgacatccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttggagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAt < 2:692156‑M2/22‑1 (MQ=255) ggagctgagccaatgcagtgactgcacgtaatgacagccccccggggccntaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcataccaggcgtaataccaca < 1:553250‑M2/2‑1 (MQ=255) cttcacgtaatgacagccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaca < 2:588473‑M2/2‑1 (MQ=255) ccccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTaa > 1:306256‑M2/195‑204 (MQ=255) ccccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccac < 2:8280‑M2/1‑1 (MQ=255) ccggggccgtaagccagccccagacgtagcagagttgcagcatcacgaatttcgcggcggcgggttagagccccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTa < 2:306251‑M2/14‑1 (MQ=255) 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ctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAgcg > 1:285593‑M2/61‑77 (MQ=255) ctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAgcg > 1:671232‑M2/61‑77 (MQ=255) gaagaaCGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAAt < 2:367943/173‑1 (MQ=255) accagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAt < 1:129479‑M2/22‑1 (MQ=255) ccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTa < 2:285588‑M2/21‑1 (MQ=255) ccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTa < 2:671218‑M2/21‑1 (MQ=255) cagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTg > 1:8105‑M2/56‑161 (MQ=255) cgcgAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTg > 1:122832/1‑197 (MQ=255) tatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCggg < 2:8105‑M2/110‑1 (MQ=255) aGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGcac < 2:122831/197‑1 (MQ=255) gtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAgcg > 2:549433‑M2/48‑64 (MQ=255) tgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaca < 1:42673‑M2/2‑1 (MQ=255) gagtaattcatcggcacgttgaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTa < 1:549444‑M2/21‑1 (MQ=255) agtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAgcgc > 1:663981‑M2/43‑60 (MQ=255) attcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAt < 2:663967‑M2/22‑1 (MQ=255) cggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAgcgc > 1:80728‑M2/33‑50 (MQ=255) gCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTACTCCCCGCATATCCGGTTgtc > 2:100237/1‑80 (MQ=255) acgttaaatcatatcaggcgtaataccaCAACCCTTAAGTTAGCGCTTAt < 2:80727‑M2/22‑1 (MQ=255) ccGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGATCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGa < 1:720195/275‑1 (MQ=255) cGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTgtcaggt < 1:100238/80‑1 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATc > 1:439594/1‑140 (MQ=255) tCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGc > 2:149083/1‑186 (MQ=255) | AGGAACCTGAACTCGCGAAAGCGTGGATATTTGCTAATCTACTCGCCGCATTTTTAATTGACGACATAATCCAGCCATCGCTGGATTTCCCCCCCAGAAGTGCCGGATCCGAAAAGAAGAACTAACTCGTTGTGGAGAATAACAAAAATGGTCATCTGGAGCTTACAGGTGGCCATTCGTGGGACAGTATCCCTGACAGCCTACAAAACGCAATTGAAGAACGCGAGGCATCGTCTTAACGAGGCACCGAGGCGTCGCATTCTTCAGATGGTTCAACCCTTAAGTTAGCGCTTATGGGAGTAATCCCCGCATATCCGGTTGTCAGGTCAGGATGGTAAGGCACCTGCTTTACACTTTCGCCCGTGGTCAGTGATGGCTGCGGGCGAATCGTACCAGATGTTGTCAATTAATCGTGTTGGCACAGCGTTATGACTATCTTTTCTTTTATCTGCCAGTGCACAGCAAACATCTCATTCTCACGATGAATGATGACCTGCTGTTTATTCCAGCTAATTATCTGA > CP009273/604509‑605029 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |