| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,684,840 | G→T | 8.7% | intergenic (‑141/+175) | glmY ← / ← purL | sRNA activator of glmS mRNA, glmZ processing antagonist/phosphoribosylformyl‑glycineamide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,684,840 | 0 | G | T | 8.7% | 152.4 / 2.5 | 46 | intergenic (‑141/+175) | glmY/purL | sRNA activator of glmS mRNA, glmZ processing antagonist/phosphoribosylformyl‑glycineamide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (19/23); new base T (2/2); total (21/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.16e-01 | |||||||||||
GACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCGGGCTGCAAAACCAATGGGCTGACGACTTACCCCAACTGCTTACGCGCATTGCGGAAAA > CP009273/2684569‑2685046 | gACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATa < 1:613434/275‑1 (MQ=255) taGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAAAGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACATATTAGATAATATTAAAAt > 1:216092/1‑275 (MQ=255) ttgttattctCAGAAGTTGGACGTAATGCACCTTGTTGTTCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCAGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAAt < 2:79993/265‑1 (MQ=255) ccgggatgtggaGAAGTGGGACGGTAGGAACCTGGTTGGGTGTAATTCGTATTGTATGTAGCACGTCCCGAAGGAGATGAAATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCAAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGAGTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGGTTGAATTTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAAt < 2:102360/263‑1 (MQ=255) 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1:98375/1‑196 (MQ=255) tAACTGTGCCAATAGAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGNCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCggg > 1:548855/1‑275 (MQ=255) tAACTGTGCCAATAAAGAATATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCGTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGATAAAAAGCGACAACTTAAGATAAACTTACTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCAACACGGAAAACCATACATTGACGTAAATTACAGACACAAAAAAACCCCCGGAGTAGGGAGCCTAGGATGGTGGAGGGAGATTAATGCCCTATccctg > 2:224377/1‑272 (MQ=255) tAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCggg > 1:90893/1‑275 (MQ=255) 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gcgttGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAGTGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAGGATAAAATTAGTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGAAAACCACCCATTGTCGGGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGATGGGAGATTATGATGATGGTTGGTGCTTAATGCATCATCCGGGCTGCAAAACAAATGGGCTGACGACTTACCCAAACTGCtgtccgttata > 2:703209/4‑264 (MQ=255) gCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTg > 1:181584/1‑185 (MQ=255) gCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAAACACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGAGGTTGGTGCTTAATGCCGAAACCGGGCAGAAAAACAAATGGGGTGACGAGTTCCCCCAACTGCTAACGCGCAtt > 2:721448/1‑274 (MQ=255) tGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAg < 2:181582/185‑1 (MQ=255) tttATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACttat > 1:485948/1‑75 (MQ=255) tGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGa < 2:485939/75‑1 (MQ=255) gCTGTTTNAATGTAAATCAGACACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACACATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGATTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGc < 1:478733/191‑1 (MQ=255) tGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCGGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCGGGCTGCAAAAc > 1:682048/1‑204 (MQ=255) tGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCGGGCTGCAAAACCAAt < 2:682034/204‑1 (MQ=255) aaTCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAg > 2:227072/1‑37 (MQ=255) tCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGa < 2:446460/36‑1 (MQ=255) aGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATaa < 1:227074/37‑1 (MQ=255) tgtgTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGa > 2:448876/1‑81 (MQ=255) tCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACg < 1:448883/81‑1 (MQ=255) aaGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCGGGCTGCAAAACCAATGGGCTGACGACTTACCCCAACTGCTTACGCGCATTGCGGaaaa > 1:350943/1‑209 (MQ=255) | GACGTTTCGCCCGATGGTTGATATAGCTACGCTGATATCAGAAGTTGGACGGCAGGCACCTTGTTGTGCGTCATTCGTATTTTATGTAGCACGTCCCGAAGGGGCTGACATAAGTCGGTGAATGAGCCACTGGTTACTATTATGCAGTAACTGTGCCAATAAAGAAAATAGTTTGGTAACGTACTGATTATACGTTGCTTTGAGGGGTTTATGTCTCCTCCGCTGTTTGAATGTAAATCAGCCACTGTGTCGCTAAAAAGAGACAACTTAAGATAAACTTATTAGATAATATTAAAATCAATGAGTTAAGTGTCGCCAGAAAGCGACACGGCAAACCACCCATTGTCGTGATTTACAGACACAAAAAAGCTCCCGGAGTTGGGAGCTTATGATAGTGGTTGGTGCTTAATGCCGCATCCGGGCTGCAAAACCAATGGGCTGACGACTTACCCCAACTGCTTACGCGCATTGCGGAAAA > CP009273/2684569‑2685046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |