| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,171,890 | G→A | 9.2% | L139L (TTG→TTA) | tolC → | transport channel |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,171,890 | 0 | G | A | 9.2% | 133.2 / 3.3 | 47 | L139L (TTG→TTA) | tolC | transport channel |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (22/20); new base A (2/2); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
TTAATGAAGCGCGCAGTCCATTACTGCCACAGCTAGGTTTAGGTGCAGATTACACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGACCGCACGTAATAACCTTGATAACGCGGTAGAGCAGCTGCGCCAGATCACCGGTAACTACTATCCGGAACTGGCTGCGCTGAATGTCGAAAACTTTAAAACCGACAAAC > CP009273/3171631‑3172155 | ttAATGAAGCGCGCAGTCCATTACTGCCACAGCTAGGTTTAGGTGCATATTACACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTACCTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAGACCTTGATCCTCAACTCCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGtt < 1:88462/275‑1 (MQ=255) aTGAAGCGCGCAGTCCATTACTGCCACAGCTAGGTTTAGGTGCAGATTAAACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGAGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCt < 1:374200/274‑1 (MQ=255) ccACAGCTAGGTTTAGGTGCAGATTACACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCACTCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGATGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGAACGTCACGTATCAGACCGATCAACAAACCTTGATACTCAAAACCGCGAACGCTTATTCAAAAGTATTGAATGCGATTGACGTTCATTACTATACCATTCCACAAAaaga > 2:140195/1‑275 (MQ=255) acaGCTAGGTTTAGGTGCAGATTACACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGCACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCt > 1:48052/1‑238 (MQ=255) acaGCTAGGTTTAGGTGCAGATTACACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCGATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGNAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAaagaag > 1:632768/1‑275 (MQ=255) taGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACTCTGCCGGAAAAAGCAGCCGGGCTTCAGGACGTCACGTCTCAGACCGATCAGCAACCCTTGCTCCTCAACCCCGCGACCTCTTCTTTCAACGTGTTCAATGCTATTGACg > 1:260206/1‑215 (MQ=255) taGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACg > 2:53846/1‑215 (MQ=255) aaCGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCt < 1:53847/215‑1 (MQ=255) aCGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACaa > 1:596195/1‑233 (MQ=255) aCGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTAAATGCTATTGACg > 2:294200/1‑210 (MQ=255) cTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTAAATGCTATTGACGTTCt < 1:294205/210‑1 (MQ=255) cTACCGCGAAGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAaag < 2:596182/233‑1 (MQ=255) cgcgacgcgaACGGTATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGt < 1:140196/275‑1 (MQ=255) aCCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCGACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGa > 2:707788/1‑274 (MQ=255) gaaattGCAGTTAAATCGATCCATTTTTGTTATGTCGAAATGGCTGGCGTTAAAGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCCGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCcgcg < 2:632754/271‑1 (MQ=255) 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tCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTCTTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACANAAAGCAGCGATCTACCGTCAATTAGATAAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGAAGTGCAGAACACCCGAGCACAGAACGATACCGAGATGGCGAACGAAga > 1:630371/1‑271 (MQ=255) gtgcgtTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTAAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTg > 1:224258/1‑200 (MQ=255) gtTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTAAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAg < 2:224256/200‑1 (MQ=255) aaaaaGCAGCAGGGAGTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGGTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCACCGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGca < 1:471665/215‑1 (MQ=255) 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aaCACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACg > 2:38873/1‑43 (MQ=255) aaCACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGACCGCACTTAATAACCTTGATAACGCGGTAGAGCAGCTGCGCCAGATCACCGGTAACTACTATCCGGAACTGGCTGCGCTGAATGTCGa > 1:117987/1‑275 (MQ=255) acCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTg < 1:722626/37‑1 (MQ=255) ccGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCt < 1:38874/43‑1 (MQ=255) actcgttctGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAAGCCAAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACAGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGACCGCACTTAATAACCTTGATAACGCGGTAGAGCAGCTGCGCCAGATCACCGGTAACTACTATCCGGAACTGGCTGCGCTGAATGTCGAAAACTTTAAAACCGACAAAc < 2:117986/267‑1 (MQ=255) aCGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCcg > 2:342434/1‑130 (MQ=255) cGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGa > 2:420896/1‑164 (MQ=255) cGTGTTGAATGCTATTGACGTTATTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGc > 2:309000/1‑51 (MQ=255) gtTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGca < 1:342440/130‑1 (MQ=255) ttGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATc < 1:309005/51‑1 (MQ=255) ttGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGACCGc < 1:420903/164‑1 (MQ=255) ttGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGACCGCACGTAATAAcc > 2:544791/1‑175 (MQ=255) | TTAATGAAGCGCGCAGTCCATTACTGCCACAGCTAGGTTTAGGTGCAGATTACACCTATAGCAACGGCTACCGCGACGCGAACGGCATCAACTCTAACGCGACCAGTGCGTCCTTGCAGTTAACTCAATCCATTTTTGATATGTCGAAATGGCGTGCGTTAACGCTGCAGGAAAAAGCAGCAGGGATTCAGGACGTCACGTATCAGACCGATCAGCAAACCTTGATCCTCAACACCGCGACCGCTTATTTCAACGTGTTGAATGCTATTGACGTTCTTTCCTATACACAGGCACAAAAAGAAGCGATCTACCGTCAATTAGATCAAACCACCCAACGTTTTAACGTGGGCCTGGTAGCGATCACCGACGTGCAGAACGCCCGCGCACAGTACGATACCGTGCTGGCGAACGAAGTGACCGCACGTAATAACCTTGATAACGCGGTAGAGCAGCTGCGCCAGATCACCGGTAACTACTATCCGGAACTGGCTGCGCTGAATGTCGAAAACTTTAAAACCGACAAAC > CP009273/3171631‑3172155 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |