| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,444,753 | G→A | 7.5% | G97G (GGC→GGT) | rplW ← | 50S ribosomal subunit protein L23 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,444,753 | 0 | G | A | 7.5% | 149.7 / 4.3 | 54 | G97G (GGC→GGT) | rplW | 50S ribosomal subunit protein L23 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/27); new base A (2/2); total (25/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
GTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTGAGTACGATGGTGTTGGATTTTTCCATCGCAGTAGACGCTTTTTCAGAAACGTGCGGTGCACG > CP009273/3444486‑3445010 | gTTCAACAACTGCCTGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACAGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACg < 1:390066/274‑1 (MQ=255)gTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACg > 1:127236/1‑274 (MQ=255) tCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTCCGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGACATGTCAGTTTACATTTAACAACCGCCCTTGTCTTACTCCTCCGACTTACCCACACCCGCCAACGACGCCCACATTTCGGCCTTCttt > 2:177298/1‑274 (MQ=255) aacaaTACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGTGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATCGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCtttttt > 1:732080/1‑275 (MQ=255) 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aGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGtt < 1:229916/205‑1 (MQ=255) ttGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGc > 2:169951/1‑171 (MQ=255) tGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCACCAACGAAGTCCAGa > 1:567260/1‑127 (MQ=255) ccTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTacg < 1:169953/171‑1 (MQ=255) cTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCACCAACGAAGTCCAGATTCt < 2:567247/127‑1 (MQ=255) 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aCTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGcc < 2:639326/103‑1 (MQ=255) tGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGACGTACAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTAGCTCCGACGACCGATACGCTGTCCGTGAAGTTTACATTTCCCTTTACCTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAAAAGTTTATTCAAAACCACCTTGAATTCTGCTTTGTTCGCTGCGTTTNCAACTTTTTGTAcc > 2:547610/1‑274 (MQ=255) tGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTg > 1:306885/1‑94 (MQ=255) tGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTGAGTACg > 1:232516/1‑275 (MQ=255) gacgacCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCct < 2:306880/94‑1 (MQ=255) cTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAAc > 2:655898/1‑156 (MQ=255) gccgtgttATTACCCCTCCGACTGACTCAGCGCCGCCAACGCAGGCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAATTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTGAGTACGATGGTGTTGGATTTTTCCATCGCAGTAGACGCTTTTTCa < 2:180043/268‑1 (MQ=255) gatgttGTATTACTCCTCCGACTTACTCCTCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGTGTGACGTAAGCTTTTTTCCATTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTGAGTACGATGGTGTTGGATTTTTCCATCGCAGTAGACGCTTTTTCa < 2:232514/271‑1 (MQ=255) cATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAAcgact < 1:655912/156‑1 (MQ=255) 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ccGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTACCTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTTAGTACGATGGTGTTGGATGTTTCTATCGCAGTACCCGCTTTTTCAGAAACTTggtagtatt > 2:107837/1‑266 (MQ=255) ccGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTcgcg > 2:81859/1‑198 (MQ=255) ccGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCAAAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCACATTTGAGTACGATGGTGTTGGATTTTTCCATCGCCGTAGACTCTTTTTCAGAAACGTTCGGt > 1:46658/1‑270 (MQ=255) ccGACTTACTCAGCGCCACCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCa > 2:369377/1‑49 (MQ=255) ccaCTTACTAAACGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTTAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACTCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTGAGTACGATGGTGTTGGATTTTTCCATCGCAGTAGACGCTTTTTCAGAAACGTGCGGTGCAc < 2:46657/271‑1 (MQ=255) aCTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCttttt > 2:478626/1‑64 (MQ=255) cTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCg < 2:432698/95‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTg < 2:425798/97‑1 (MQ=255) cTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCtt < 1:81860/198‑1 (MQ=255) 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GTTCAACAACTGCCGGGATACCGTCTTTGTTGCGTTTGAAGTCAACAATACGGTAAGCCTGCTTGTGGCCACCACCGATATGACGAGTGGTGATACGGCCATTGTTGTTACGACCACCGGATTTGCTGTTTTTTTCCAGCAACGGAGCAAAAGGTTTGCCCTTGTGCAGCTCAGGGTTAACCACTTTAACTACGTGGCGACGACCCGGAGATGTCGGTTTACATTTAACAACTGCCATTGTATTACTCCTCCGACTTACTCAGCGCCGCCAACGAAGTCCAGATTCTGGCCTTCTTTCAGGGTGACGTAAGCTTTTTTCCAGTCGCTACGACGACCGATACGCTGTCCGTGACGTTTAACTTTCCCTTTAACTACCAGGGTGTTAACGACTTCGACTTCGACTTCAAACAGTTTCTGCACAGCAGCTTTGATTTCTGCTTTGGTCGCGTCTTTAGCAACTTTGAGTACGATGGTGTTGGATTTTTCCATCGCAGTAGACGCTTTTTCAGAAACGTGCGGTGCACG > CP009273/3444486‑3445010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |