| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,979,794 | A→G | 5.8% | noncoding (3/207 nt) | glmZ → | sRNA antisense activator of glmS mRNA, Hfq‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,979,794 | 0 | A | G | 5.8% | 212.7 / 3.3 | 69 | noncoding (3/207 nt) | glmZ | sRNA antisense activator of glmS mRNA, Hfq‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (33/32); new base G (2/2); total (35/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.73e-01 | |||||||||||
AGGCAGGTTTATTATATCGCGTTGATTATTGATGCTGTTTTTAGTTTTAACGGCAATTAATATATGTGTTATTAATTGAATGAATTTTATCATTCATAATAAGTATGTGTAGGATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGACCTGTTTTAACGCCTGCTCCGTAATAAGAGCAGGCGTTTTTTTATGTATCAGGAAGGCCCCGGAGGTGCTTGCCTCCGGGTGAGAAGGAACTACTGTGGCGGG > CP009273/3979555‑3980058 | aGGCAGGTTTATTATATCGCGTTGATTATTGGTGCTGTTTTTAGTATTAACGGCAATTAATATATGTGTTATTAATTGAATGAATGTGATCATTCATAATAAGTATGTGTAGAATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCCGGAAGTTATTACTAAGGAAGAAAAGAGGATGACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTACCCGCTTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGATCATGCCTTCTCTTATATCCGCGTTATTGc > 2:30545/1‑275 (MQ=255)aGGCAGGTGTATTATATCGCGTTGATTATTGATGCTGTTTTTAGTTTTAACGGCAATTAATATATGTGTTATTAATTGAATGAATTTTATCATTCATAATAAGTATGTGTAGGATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTCATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGc > 1:644981/1‑275 (MQ=255) aTTGAATGAATTTTATCATTCATAATAAGTATGTGTAGGATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTa < 1:167352/166‑1 (MQ=255) aGTATGTGTAGGATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGTGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAg < 2:552204/140‑1 (MQ=255) tgtgTAGGATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCAtt > 2:729674/1‑145 (MQ=255) 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> 1:435531/1‑156 (MQ=255) aGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTGGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGTTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCCCATCAGACACCATGGACCCAACGTTGAGTGAAGCACCCTCtttcct > 2:87948/1‑271 (MQ=255) aGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTGGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACttgttg < 1:87949/275‑1 (MQ=255) aGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCa > 2:124809/1‑136 (MQ=255) aGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGt < 2:435524/156‑1 (MQ=255) 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cAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTcc < 1:540427/114‑1 (MQ=255) cAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTcc < 1:374941/114‑1 (MQ=255) aaGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTc < 2:134963/109‑1 (MQ=255) attaCTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGacac > 2:639341/1‑218 (MQ=255) cTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACg < 1:639355/218‑1 (MQ=255) 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ttAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGa > 2:28188/1‑183 (MQ=255) tAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTa > 1:189454/1‑146 (MQ=255) aaGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCa > 1:703566/1‑83 (MQ=255) gggATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCa < 1:28189/183‑1 (MQ=255) ggATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGcc < 2:189452/146‑1 (MQ=255) gATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATaaa < 2:703552/83‑1 (MQ=255) tGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTGGATGCTCa > 1:559255/1‑46 (MQ=255) tGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCAtt > 2:543978/1‑48 (MQ=255) tGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCAt > 2:651616/1‑47 (MQ=255) ttATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCt > 1:640530/1‑73 (MQ=255) aTTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTGGATGCTCATTcc < 2:559243/46‑1 (MQ=255) aTTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCa < 1:651630/47‑1 (MQ=255) aTTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCAt < 1:543989/48‑1 (MQ=255) ttCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATa < 2:640516/73‑1 (MQ=255) ccGATTCTCTGGTGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCCTCTCTTATGTTCGCCTTAGTTCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATTTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTTTTGTCATACAGACCTGTTTTAACGCCTGCTCCGTAATAAGAGCAGGCGTTTTTTTATGTATCAGGAAGGCCCCGGAGGTGCTTGCCTCCGGGTgaga < 1:30546/275‑1 (MQ=255) aTTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTa > 2:574114/1‑46 (MQ=255) tctGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGtt < 1:574127/46‑1 (MQ=255) tgtgGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCt > 2:613792/1‑57 (MQ=255) gCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATa < 1:613805/57‑1 (MQ=255) gCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGACCTGtttt < 1:26421/185‑1 (MQ=255) caaaataaACGAGTAGAGGCTCCTTTCACTTGTTTGGTTCGCCTTAGTTCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGACATGTTTTAACGCCTGCTCCGTAATAAGAGCAGGCGTTTTTTTATGTAGCAGGAAGGCCCCGGAGGTGCTTGCCTCCGGGTGAGAAGGAACTACtgtg < 2:644967/271‑1 (MQ=255) cATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTc > 1:36232/1‑97 (MQ=255) taataaACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCtca > 2:684887/1‑121 (MQ=255) aataaACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATAc > 1:657229/1‑170 (MQ=255) attaaCTAGTAGATTCTCTTTCCATCTCTTATTTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATTACGCAAAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGACCTGTTTTAACGCCTGCTCCGTAATAAGAGCAGGCGTTTTTTTATGTATCAGGAAGGCCCCGGAGGTGCTTGCCTCCGGGTGAGAAGGAACTACTGTGGCggg < 1:261615/272‑1 (MQ=255) ataaACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACt < 2:36231/97‑1 (MQ=255) aaCGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGAc < 2:657215/170‑1 (MQ=255) gTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGACCTGTTTTAACGCCTGCTCCGTAATAAGAGCAGGCGTTTTTTTATGTATCATGAAGGCCCCGGAGGGGCTTGCCTCCg > 1:209268/1‑242 (MQ=255) tAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTcc > 1:245730/1‑49 (MQ=255) | AGGCAGGTTTATTATATCGCGTTGATTATTGATGCTGTTTTTAGTTTTAACGGCAATTAATATATGTGTTATTAATTGAATGAATTTTATCATTCATAATAAGTATGTGTAGGATCAAGCTCAGGTTAAATATTCACTCAGGAAGTTATTACTCAGGAAGCAAAGAGGATTACAGAATTATCTCATAACAAGTGTTAAGGGATGTTATTTCCCGATTCTCTGTGGCATAATAAACGAGTAGATGCTCATTCCATCTCTTATGTTCGCCTTAGTGCCTCATAAACTCCGGAATGACGCAGAGCCGTTTACGGTGCTTATCGTCCACTGACAGATGTCGCTTATGCCTCATCAGACACCATGGACACAACGTTGAGTGAAGCACCCACTTGTTGTCATACAGACCTGTTTTAACGCCTGCTCCGTAATAAGAGCAGGCGTTTTTTTATGTATCAGGAAGGCCCCGGAGGTGCTTGCCTCCGGGTGAGAAGGAACTACTGTGGCGGG > CP009273/3979555‑3980058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |