| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 130,455 | Δ1 bp | 11.8% | coding (2354/2598 nt) | acnB → | bifunctional aconitate hydratase 2/2‑methylisocitrate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 130,455 | 0 | T | . | 11.8% | 75.0 / 8.1 | 34 | coding (2354/2598 nt) | acnB | bifunctional aconitate hydratase 2/2‑methylisocitrate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/15); new base . (2/2); total (17/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
GGTGAGAAGATCGACGAAGTGTTTATCGGTTCCTGCATGACCAACATCGGTCACTTCCGTGCTGCGGGTAAACTGCTGGATGCGCATAAAGGTCAGTTGCCGA‑CCCGCCTGTGGGTGGCACCGCCAACCCGTATGGACGCCGCACAGTTGACCGAAGAAGGCTACTACAGCGTCTTCGGTAAGAGTGGTGCGCGTATCGAGATCCCTGGCTGTTCCCTGTGTATGGGTAACCAGGCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGGTGGTTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCCGGAAGAGTACCAGACCTACGTGGCGCAGGTAGATAAAACAGCCGTTGATACTTACCGTTATCTGAACTTCAACCAGCTTTCTCAGTACACCGAGAAAGCCGATGGGGTGATTTTCCAGACTGCGGTTTAAAAAGTCAGCGCACGCGCTG > CP009273/130196‑130718 | cgTGAGAAGATCGACGCCCTGTCTGTCGGTTCCTGCATGACCAACATCCGTCACTTCGGTACTCCGGGTAAACTCCTTGTCGTGCATAAATCTCACTCTCCGA‑CCGGCCTGTTGGTGGTACCGCCAACCCGTATGGACGCCACCAAATTGACCGAAGACGGCAATCACAACGTCTTCGTGAAGAGTGGTGCGCGTAAAGAGATACCTAGCTGTTCCCTGGGTAGGGGTAAGCAGGCGCGGGTGGGGGACTGTGCAAGGGTGGGTTctgcccaag > 2:127335/2‑266 (MQ=255) 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(MQ=255) tATGGACGCCGCACAGTTGACCGAAGAAGGCTACTACAGCGTCTTCGGTAAGAGTGGTGCGCGTATCGAGATCCCTGGCTGTTCCCTGTGTATGGGTAACCAGGCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGGTGGTTTCCACCTCTACCCGTAACTGCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCCGGAAGAGTACCAGACCTACGTGGCGCAGGTAg > 1:437396/1‑275 (MQ=255) gccgcACAGTTGACCGAAGAAGGCTAGTACAGCGCCTTCGGTAAGAGTGGTGCGCGTATCGAGATCCCTGGCTGTTCCCTGTGTATGGGTAACCAGGCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGGTGGTTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCTAATGTCTTCCTGNCTTCTGCGNAACTgg > 1:330592/1‑199 (MQ=255) ccgcACAGTTGACCGAAGAAGGCTACTACAGCGTCTTCGGTAAGAGTGGTGCGCGTATCGAGATCCCTGGCTGTTCCCGGTGTATGGGTAACCAGGCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGGTGGTTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCCGGAAGAGTACCAGACCTACGTGGCGCAGGTAGATAAAACa < 1:292247/275‑1 (MQ=255) 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ggCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGGTGGTTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGa < 2:333973/122‑1 (MQ=255) ggCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGG‑GGTTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCCGGAAGAGt < 2:289519/148‑1 (MQ=255) tGCAACGGTGGTTTCCACCGCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCCGGAAGAGTACCAGACCTACGTGGCGCATGTAGATAAAACAGCCGTTGATACTTACCGTTATCTGAACTTCAACCAGCTTTCTCAGTACCCCGAGAAAGCCGATGGGGTGATTTTCCAGACTGCGGTTTAAAAAGTCAACACCCGCGCTg > 1:402204/1‑272 (MQ=255) tggtTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCAGGAAGAGTACCAGAcc > 1:13895/1‑131 (MQ=255) | GGTGAGAAGATCGACGAAGTGTTTATCGGTTCCTGCATGACCAACATCGGTCACTTCCGTGCTGCGGGTAAACTGCTGGATGCGCATAAAGGTCAGTTGCCGA‑CCCGCCTGTGGGTGGCACCGCCAACCCGTATGGACGCCGCACAGTTGACCGAAGAAGGCTACTACAGCGTCTTCGGTAAGAGTGGTGCGCGTATCGAGATCCCTGGCTGTTCCCTGTGTATGGGTAACCAGGCGCGTGTGGCGGACGGTGCAACGGTGGTTTCCACCTCTACCCGTAACTTCCCGAACCGTCTGGGTACTGGCGCGAATGTCTTCCTGGCTTCTGCGGAACTGGCGGCTGTTGCGGCGCTGATTGGCAAACTGCCGACGCCGGAAGAGTACCAGACCTACGTGGCGCAGGTAGATAAAACAGCCGTTGATACTTACCGTTATCTGAACTTCAACCAGCTTTCTCAGTACACCGAGAAAGCCGATGGGGTGATTTTCCAGACTGCGGTTTAAAAAGTCAGCGCACGCGCTG > CP009273/130196‑130718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |