| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 879032 = | 1 (0.040) | 34 (1.310) | 28/294 | NT | 97.1% | intergenic (‑188/‑97) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
| ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E | |||||
CGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG > CP009273/878797‑879302 | ggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCt < 1:23897‑M1/39‑1 (MQ=255) cgTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAAGTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 1:488157‑M2/273‑36 (MQ=255) gaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCt > 1:246236‑M1/191‑200 (MQ=255) aaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTgc < 2:217775‑M1/53‑1 (MQ=255) agctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgagacagcacctcgcacggctgggacggaagacgctgtcgtgctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtaatcgggcagtatctgaacataacacactatcaataagatggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGAGGTTTCAGCTAAAAAATTCGCTGTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGAgtatttntggagtaggaa < 2:44396‑M1/93‑9 (MQ=255) ctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCtt > 1:217782‑M1/181‑237 (MQ=255) cgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaaaataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATtgcatg < 1:138575‑M1/100‑1 (MQ=255) 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atctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGATTTCATCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGc < 1:441666‑M1/141‑1 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATtg < 1:165926‑M1/96‑1 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaaaataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTc > 2:138569‑M1/124‑274 (MQ=255) 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agcctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGAATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCctct > 1:261975‑M1/118‑273 (MQ=255) tggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCg > 1:467477‑M1/114‑150 (MQ=255) accggcttggacgtaagtcgctgtctttttcaaaatcggttgagcttcatgacaaagtcctcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGt > 1:44398‑M1/111‑275 (MQ=255) aaGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGTTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTaa < 2:351268/110‑1 (MQ=255) 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tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCgg < 1:175027‑M1/213‑1 (MQ=255) gCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAAtgtg > 2:129561/1‑60 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaaccctatcaatcagttggtgtcattaccATAATGTGCTTAACTGTTGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCTCTTTTATTAACCTCTGCGCGATTATTATTGGAGTAGAAATTGCATGCACAATAAATTAGCTTCCGGTTCCAGTCTTTGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTCCTTTACGAATTTTCCACCTATCTCTGCAACGATATGATTCAACCCGGTATg > 2:175021‑M1/50‑266 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCt < 1:348420‑M1/51‑1 (MQ=255) aGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtg > 1:129567‑M2/1‑56 (MQ=255) attatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTgcgc > 2:348408‑M1/45‑99 (MQ=255) tatctgaccaccacatactatcaaaaagttggatgcattaccAGCATGTGCTTAATATTGGTTTCAGCTATAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGAGTATTGTTGGAGAATAAATTGCATTCAAAATAAATTAGCTGCCGCTGCTAGGCTTGGACCTCAGGCGTTACCTTTCCCTCTCTGTCTGGTTCTTTACGAATTTTCACCCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGgag > 2:23896‑M1/43‑273 (MQ=255) aaCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg < 1:281291‑M2/78‑34 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTatat < 1:228423‑M1/189‑1 (MQ=255) aCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcc < 2:297698‑M2/129‑86 (MQ=255) tAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatgg > 2:281283‑M2/1‑41 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGc > 2:228416‑M1/33‑225 (MQ=255) aaagaaagCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt > 1:297707‑M2/1‑40 (MQ=255) aagCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattgatatggccatgaa > 1:397542‑M2/1‑35 (MQ=255) aCTCGTAATAATGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac < 1:134202‑M2/123‑101 (MQ=255) ggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTa < 1:87857‑M1/48‑1 (MQ=255) 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attaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGCTTATTATTGGAGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTCTGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCattgatt < 1:226412‑M1/254‑1 (MQ=255) atTTAAGAATGTGggtgatgcttccaacttacttatttagtgtatgatggtgttttttaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggcgtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattgatatggccatgaatggcgttggatgccg > 1:465558‑M2/1‑13 (MQ=255) atGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt > 2:488451‑M2/1‑13 (MQ=255) atGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgattta > 1:260190‑M2/1‑13 (MQ=255) taccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTAAGGCGTTACTTTTCCATCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGCCAACGAAATGATTCAACCCAGTAGGGTGGCGGTGGTGGACCAATATAAGGCTGGCATTGATTGGGTTCCTACttcgggg < 2:155920‑M1/271‑4 (MQ=255) tGTAAGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgac < 1:72135‑M2/112‑101 (MQ=255) aaGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt < 1:217914‑M2/52‑44 (MQ=255) aGAATGTGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgggg > 2:72133‑M2/1‑8 (MQ=255) | CGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATG > CP009273/878797‑879302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |