Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 512,167 | G→T | 12.1% | A43A (GCG→GCT) | fetB → | iron exporter permease subunit, ABC transporter FetAB; peroxide resistance protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 512,167 | 0 | G | T | 12.1% | 99.3 / 2.4 | 33 | A43A (GCG→GCT) | fetB | iron exporter permease subunit, ABC transporter FetAB; peroxide resistance protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/13); new base T (2/2); total (18/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.43e-01 |
AAGACGAAATTAATCATGCGGATAAAGTGATTACACTGCAACCGCATGCCGGAGAAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTTATCTCATCGTTTATTGCCATTACGGTCGGGGCGGGAATTACCCTGGCGGTGCTGATTCTCTCAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGA > CP009273/511967‑512423 | aaGACGAAATTAATCATGCGGAGAAAGTGATTACACTNCAACCGCATGCCGGAGAAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAAGATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAATACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTAAGGCGTGAGATAATTCAGCTGATTATTGt < 1:353194/221‑1 (MQ=255) aTTAATCATGCGGATAAAGTGATTACACTGCAACCGCATGCCGGAGAAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGTGCGAGCGATAATTCAg > 2:1910/1‑202 (MQ=255) 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gAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTTATCTCATCGTTTATTTCCATTACGGTCGGGGCGGGAATTACCCTGGCGGTGc > 1:172131/1‑215 (MQ=255) | AAGACGAAATTAATCATGCGGATAAAGTGATTACACTGCAACCGCATGCCGGAGAAATGCAGGAAGCACGCTATGAACTCGCATAATATTACTAACGAATCATTAGCACTGGCATTAATGCTGGTGGTGGTGGCAATCTTAATTAGCCATAAAGAAAAACTGGCGCTGGAGAAAGATATTCTCTGGAGCGTCGGGCGAGCGATAATTCAGCTGATTATTGTCGGCTATGTGCTGAAGTATATTTTCAGCGTGGATGATGCCAGCCTGACATTATTGATGGTGTTATTTATCTGCTTTAATGCGGCGTGGAACGCGCAAAAACGCAGTAAATATATTGCTAAAGCTTTTATCTCATCGTTTATTGCCATTACGGTCGGGGCGGGAATTACCCTGGCGGTGCTGATTCTCTCAGGGTCGATTGAATTTATCCCGATGCAGGTGATCCCTATCGCCGGGA > CP009273/511967‑512423 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |