New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 879032 = | 20 (0.730) | 6 (0.220) | 5/226 | NT | 23.1% | intergenic (‑188/‑97) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E |
AAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGAT > CP009273/878759‑879301 | ctggggcgtcttatgagcctgctgtcaccctttgacgtggtgatatggatgacggatggctggccgctgtatgaatcccgcctgaagggaaagctgcacgtaatcagcaagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacctgaagctgaggcagcanctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAg < 1:611149‑M1/2‑1 (MQ=255) cgTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTACCGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCg > 1:308757/1‑275 (MQ=255) agaATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCggtgataatgccaacttactgatttagtgtatgactgtctcttctac < 1:291449‑M2/274‑48 (MQ=255) cgtaatcagagagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacgtgaatctgaggcagaccctggcacggctgggaccgcaggcgccgtcgtactcaacatcggtggagctgcatggcaacgtcatcgggcatcaaccgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAACTTCGCTTTCTCGTTAGCTGCCCTTTTATTAAACTCTGCGCGCTTATTATTGGCGAAGAACTtgca < 2:213800‑M1/98‑1 (MQ=255) 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aataaaACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGCTTTCAGCt < 2:529924/69‑1 (MQ=255) aaaaCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGATTCCAGTGCCAGTCTTGGACGTCAGGCg < 1:458414/181‑1 (MQ=255) aaaCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCaaa < 2:478719/142‑1 (MQ=255) aCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTa > 2:267542/1‑48 (MQ=255) aCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAatat < 1:99128/274‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAAc > 1:519244/1‑69 (MQ=255) aGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCtt < 1:558950/57‑1 (MQ=255) | AAAATCGCCAACGAGATCATCCACGGAGCCGAGTCTGGCGTCGCGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGAT > CP009273/878759‑879301 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |