New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | = 20563 | NA (NA) | 12 (0.440) | 11/226 | NT | 30.8% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
? | CP009273 | = 879040 | 27 (0.990) | intergenic (‑196/‑89) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
CGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTG > CP009273/878802‑879314 | cgTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTACCGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCg > 1:308757/1‑275 (MQ=255) agaATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCggtgataatgccaacttactgatttagtgtatgactgtctcttctac < 1:291449‑M2/274‑48 (MQ=255) cgtaatcagagagcgatatacgcagcgaattgagcggcataacgtgaatctgaggcagaccctggcacggctgggaccgcaggcgccgtcgtactcaacatcggtggagctgcatggcaacgtcatcgggcatcaaccgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAACTTCGCTTTCTCGTTAGCTGCCCTTTTATTAAACTCTGCGCGCTTATTATTGGCGAAGAACTtgca < 2:213800‑M1/98‑1 (MQ=255) gtgcggaaaNTCGTTGAGAATAAAGTGCATGTTAATCTGGGTACTGCGTCTTCTTCTTATTTCCCGCAAGCGGACTTTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATTAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc < 2:261866/268‑1 (MQ=255) tCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttggaggtgttctagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttaagttacggacggggggggtcggaaggggaaaaga < 2:621810‑M2/275‑125 (MQ=255) aaGTGCAGGTTAAACTGGGTAAATCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGTATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTATTAATGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacat > 1:621821‑M2/1‑139 (MQ=255) cacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCg < 2:512239‑M1/119‑1 (MQ=255) tggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGc > 1:512249‑M1/114‑236 (MQ=255) cTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTCTTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCTCTACTTGTCTGGTGCTTTACGACttggaaatggat > 2:99128/1‑265 (MQ=255) gtgggtgATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATCATGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtcactcctgttaagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgtcggaaatcagcgctatctatgctctccatgccgtaaaacatggctcatgcagttcaattacaacgct < 1:48847‑M2/274‑197 (MQ=255) gtgATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCt > 2:410624/1‑116 (MQ=255) ttGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTgcgc < 1:410629/116‑1 (MQ=255) gCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATATTGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATtgcatg > 1:627865/1‑152 (MQ=255) cATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGcc > 1:325123/1‑274 (MQ=255) aGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCaaa < 2:627854/152‑1 (MQ=255) gTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGCTTTc > 1:529935/1‑69 (MQ=255) 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aCTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAatat < 1:99128/274‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAgg > 1:213804‑M1/33‑274 (MQ=255) aaagaaagCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagct < 2:609420‑M2/118‑78 (MQ=255) aaagaaagCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCg < 1:267546/48‑1 (MQ=255) aaagCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtcc > 1:609431‑M2/1‑37 (MQ=255) 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gTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTAc > 1:149298/1‑275 (MQ=255) aataatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAActc > 1:654330/1‑77 (MQ=255) ataatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTATCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAActc > 1:625135/1‑76 (MQ=255) taatGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagct > 2:85087‑M2/1‑16 (MQ=255) taatGTAAGAATGTGCggtgatgctgccaacttactgatttagtgta > 1:131129‑M2/1‑16 (MQ=255) atGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTgcg < 2:654319/77‑1 (MQ=255) tttAAGAATGGGTGTAGCCGTGTTTTAAGTTAAAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTCCTCTTTTATTAAACTCTGCGCGATGATTATTGGCGAAGAAATTGCCTTCAAAATAAATTAGCTTCCTGTGCCATGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGAt < 2:325118/272‑1 (MQ=255) tGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTgc > 2:558939/1‑57 (MQ=255) tGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTgcg < 2:625124/76‑1 (MQ=255) gTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAAc > 1:519244/1‑69 (MQ=255) aGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCtt < 1:558950/57‑1 (MQ=255) gAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTg < 2:519233/69‑1 (MQ=255) aaTGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCt > 1:16457/1‑49 (MQ=255) tgtgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGa > 2:656073/1‑129 (MQ=255) tgCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 2:109185‑M2/47‑45 (MQ=255) tgCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 2:485677‑M2/47‑45 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTgcgc < 2:16457/49‑1 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATACGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAActc > 1:284413/1‑62 (MQ=255) gCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTATCAACCt > 1:413138/1‑178 (MQ=255) cggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgta > 1:318516‑M2/1‑1 (MQ=255) cggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctact < 2:651067‑M2/98‑98 (MQ=255) cTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTc < 1:656084/129‑1 (MQ=255) cTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTGTCTGTCTGGTGNTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATAACAGGCGGGCATTGATTGGGTTGCTACTTCGATGACCGCGTATCTg > 1:602954/1‑275 (MQ=255) | CGTTAATAAGAGAGAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTG > CP009273/878802‑879314 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |