| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | CP009273 | 4,285,799 | Δ452 bp | 100% | intergenic (+77/+3) | gltP → / ← yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | CP009273 | 4285799 | 4286250 | 452 | 42 [0] | [0] 43 | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter/Sel1 family TPR‑like repeat protein |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4285798 | 0 (0.000) | 26 (1.460) | 25/148 | NT | 100% | noncoding (76/530 nt) | RIP321 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 9 REP sequences | RIP321 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 9 REP sequences |
| ? | CP009273 | 4286251 = | 0 (0.000) | noncoding (529/530 nt) | RIP321 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 9 REP sequences | RIP321 (repetitive extragenic palindromic) element; contains 9 REP sequences | |||||
TGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTA > CP009273/4285560‑4286064 | tgtTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTTCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACTCAAATTTGACCGTAAGACAGCGCTGGATTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCCATAATTGACGAATGCCGGGGGTAGCCAGCCGGCACTGTGTGAATGCCTGATGAGTCTCTTGCCGCGTCATGTCAGTGCTAtcttatccgttggttcatttttgaaaccctttca > 2:89010‑M1/1‑239 (MQ=255) 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(MQ=255) gCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggttaatttttcaaactcttcacacacg > 2:644672‑M1/1‑127 (MQ=255) aTGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTTAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggttaatttttcaaactcttcacacccggtat < 1:644683‑M1/166‑44 (MQ=255) gTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGCTATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggttaatttttcaaactcttcacacccggtatcaaacccttccatacagctc > 1:505078‑M1/1‑117 (MQ=255) tGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggttaatttttcaaactcttcacacgcggtatcaaacccttc > 1:621987‑M1/1‑116 (MQ=255) aGTGCTGGTCAAATTTGATAACACGGCGGATCAATAATTGATGATGGCCGGGGATGTCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggttaatttttcaaactcttcacacccggtatcaaaccctcccatacagctcaggt < 2:505068‑M1/180‑68 (MQ=255) gTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggttaatttttcaaactcttcacacccggtatcaaacccttccata < 2:621976‑M1/169‑58 (MQ=255) ggCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTGtattaaccgttggttaatttttcaaaatcttcaaacccggtatcaaacccttccatacagctccggatcaaccagtgcagcgccttttgattgttcttctcgataaaaccttcttaaccgtttacgacaatcattcccgccaagtactcagaataaccagctcgggaca > 1:619064‑M1/1‑106 (MQ=255) cAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttg > 2:419509‑M1/1‑104 (MQ=255) tttGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTAtcttaaccgttggtta < 1:419514‑M1/116‑17 (MQ=255) 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TGTTGACCGTATCCTCGACATGGCGCGTACTGCGCTGAACGTGGTGGGTAATGCGCTGGCGGTGCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTATGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTAACGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGACATCAACGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTACGCCAGACAGCGCAATAGCCTGATTTAGCGTGATTTTGTA > CP009273/4285560‑4286064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |