Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 2,693,265 | C→A | 24.1% | H82N (CAC→AAC) | yfhL → | putative 4Fe‑4S cluster‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 2,693,265 | 0 | C | A | 24.1% | 45.9 / 2.2 | 20 | H82N (CAC→AAC) | yfhL | putative 4Fe‑4S cluster‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/8); new base A (3/2); total (10/10) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 |
ATCAATTGTGATATGTGTGAACCCGAATGCCCGAATGAGGCGATTTCAATGGGAGATCATATCTACGAGATTAACAGCGATAAGTGTACCGAATGCGTAGGGCACTACGAGACACCAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAATTTATATAGTATCTGCCCAGACACTTATTTATAGTTATTAAAGGTGCGTCCGACTGGTTCACCGGACGCACCTTAAGTACGTTTCCTTGTGTTATAAGAACAGAAGGATC > CP009273/2693049‑2693494 | aTCAATTGTGATATGTGTGAACCCGAATGCCCGAATGAGGCGATTTCAATGGGAGATCATATCTACGAGATTAACAGCGATAAGTGTACCGAATGCGTAGGGCACTACGAGACACCAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCAcg > 1:15000/1‑220 (MQ=255) aTTGTGATATGTGTGAACCCGAATGCCCGAATGAGGCGATTTCAATGGGAGATCATATCTACGAGATTAACAGCGATAAGTGTACCGAATGCGTAGGGCACTACGAGACACCAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGa < 2:15000/220‑1 (MQ=255) tgtgAACCCGAATGCCCGAATGAGGCGATTTCAATGGGAGATCATATCTACGAGATTAACAGCGATAAGTGTACCGAATGCGTAGGGCACTACGAGACACCAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTAATGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGCCAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACAACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGACATAATTATATTACTGGGANGCCTTaatacacta > 2:487739/1‑268 (MQ=255) gaCACCAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACAACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAATTTATATAGTATCTGCCCa > 1:157864/1‑245 (MQ=255) ccAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACAACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAATTTATATAGTATCTGCCCAGaca < 2:157861/245‑1 (MQ=255) tgCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACAtt > 2:514182/1‑181 (MQ=255) cGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCa < 1:514192/181‑1 (MQ=255) ttGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAata > 2:130373/1‑85 (MQ=255) ttGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGa > 2:87662/1‑97 (MQ=255) gAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCt < 1:130374/85‑1 (MQ=255) gAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTa < 1:87662/97‑1 (MQ=255) ggCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTAtatttat > 2:448639/1‑134 (MQ=255) ggCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAAt > 1:279716/1‑139 (MQ=255) cATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTaa < 1:448645/134‑1 (MQ=255) cATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATtgat < 2:279711/139‑1 (MQ=255) tGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAAtt > 2:151514/1‑168 (MQ=255) gTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATNATATTACTGGGAAGCCTTCACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAATTTATATAGTATCTGCCCAGACACTTATTTATAGTTATTAAAGGTGCGTCCGACTGGTTCACCGGACGCACCTTAAGTACGTTTCCTTGTGTTATAAGAACAGAAGGATc < 1:487747/275‑1 (MQ=255) gagaCAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAATTtata < 1:151517/168‑1 (MQ=255) aaCAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACAACGCGGATaa > 2:640578/1‑43 (MQ=255) gTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACAACGCGGATAAAAtt < 1:640589/43‑1 (MQ=255) | ATCAATTGTGATATGTGTGAACCCGAATGCCCGAATGAGGCGATTTCAATGGGAGATCATATCTACGAGATTAACAGCGATAAGTGTACCGAATGCGTAGGGCACTACGAGACACCAACCTGCCAGAAGGTGTGCCCGATCCCCAATACTATTGTGAAAGATCCGGCGCATGTCGAGACAGAAGAACAGTTGTGGGATAAATTTGTGCTGATGCACCACGCGGATAAAATTTAATATTCTACTCTGGAAGTAGAGTATTAATTATATTACTGGGAAGCCTTAACGCCATTATATTTATTTAATTGATGACATTAGCATAATCATTCACTAAGTTAATTTATATAGTATCTGCCCAGACACTTATTTATAGTTATTAAAGGTGCGTCCGACTGGTTCACCGGACGCACCTTAAGTACGTTTCCTTGTGTTATAAGAACAGAAGGATC > CP009273/2693049‑2693494 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |