Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 466,588 | G→T | 14.8% | R166L (CGA→CTA) | mdlB → | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, ATP‑binding component |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 466,588 | 0 | G | T | 14.8% | 138.2 / 5.2 | 47 | R166L (CGA→CTA) | mdlB | putative multidrug transporter subunit of ABC superfamily, ATP‑binding component |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (21/19); new base T (4/3); total (25/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.94e-01 |
GCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGTTTCGTCAGCAGGCGCGATTTGGCGAACGTATGGGGGAGGCCAGTCGTTCACACTATATGGCGAGGATGCAAACCCTGCGCCTC > CP009273/466410‑466832 | gctgcGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTgcgcgc > 1:140278/1‑275 (MQ=255) cGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTgcgcgc < 1:106911/234‑1 (MQ=255) gAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCAc > 2:21308/1‑109 (MQ=255) gAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCACGGTGGTGCtggtgg > 2:511897/1‑145 (MQ=255) tGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACtggt < 1:21308/109‑1 (MQ=255) tGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCACGGTGGTGCTGGTGGTAAt < 1:511907/145‑1 (MQ=255) tGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCCCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGACGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGCCACTGGTGGCGATAATGATTTTca > 2:442310/1‑125 (MQ=255) aTCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGATGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGTTAATGGTGATATANCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGTTTCGTCAGCAGGCGCGAtt > 1:572135/1‑275 (MQ=255) ccGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGTGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCggt < 1:442316/126‑1 (MQ=255) gTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTATTGGTGatat > 1:185255/1‑127 (MQ=255) cAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTATTGGTGATATACCa < 2:185251/127‑1 (MQ=255) aaCTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATAcc > 2:274214/1‑125 (MQ=255) aaCTGTCCTGCGCAGCGCCGCCCGGGTGCGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATaa > 1:457822/1‑86 (MQ=255) tGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTgc > 2:619121/1‑155 (MQ=255) gTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGAt < 2:457816/86‑1 (MQ=255) gTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCg < 1:274219/125‑1 (MQ=255) tCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGgtggtg > 1:413980/1‑98 (MQ=255) cTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTgcgcgc < 1:619132/155‑1 (MQ=255) gcgcAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg < 2:413975/98‑1 (MQ=255) cgcAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCGGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtggtg > 1:472677/1‑99 (MQ=255) tGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGAtata > 2:35274/1‑108 (MQ=255) cgcgCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtggtgg > 2:636275/1‑92 (MQ=255) gcgcTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAg < 1:35274/108‑1 (MQ=255) cgcTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGa > 1:453700/1‑123 (MQ=255) cTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAAt < 1:636286/92‑1 (MQ=255) ggtggGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGt < 2:453694/123‑1 (MQ=255) gtggGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATg > 1:211366/1‑181 (MQ=255) gtggGCGCGACGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATTGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCcgt > 1:637298/1‑126 (MQ=255) gcgcGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATTGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCgtg < 2:637287/126‑1 (MQ=255) aTGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACGGGTGGCGATAATGATTATCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGaa < 1:21971/162‑1 (MQ=255) tGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCAc > 2:8682/1‑39 (MQ=255) tGCTCGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGTTTCATCAGCAGGCGCGATTTGGCGAACGTCTGGGGGAGGCCAGTCGTTCAAACTATATGGCGAGGATGCAAAcctgactctaa > 1:644904/1‑266 (MQ=255) ggtggCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACtggt < 1:8682/39‑1 (MQ=255) gCGATGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGc > 2:511733/1‑38 (MQ=255) gATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtgg > 1:32104/1‑62 (MQ=255) gATGTTCAGCCCAGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGGTAATGATTTTCCCGATGGTGCTGGTGGTAATGGTGAtata > 2:629402/1‑78 (MQ=255) tGTTCAGCCTCGACTGGCTAATGGCACTGGTGGCGATa < 1:511743/38‑1 (MQ=255) ttCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTggtggt < 2:32104/62‑1 (MQ=255) ttCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGCCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAg < 1:629413/78‑1 (MQ=255) cAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCtggtgg > 2:644028/1‑59 (MQ=255) cTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAAt < 1:644039/59‑1 (MQ=255) gACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGAt > 1:170075/1‑86 (MQ=255) aCTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGGTGGTGGTAATGGTGat > 1:499509/1‑61 (MQ=255) aCTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCg > 1:87635/1‑113 (MQ=255) ggCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTc < 2:170072/86‑1 (MQ=255) gCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGTTGGTGGTAATGGTGATATAc < 2:499500/61‑1 (MQ=255) gCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGata < 2:87635/113‑1 (MQ=255) | GCTGCGTTACGCCAGCCATTAAGCGAGTTTGATACCCAACCCGTCGGGCAGGTGATTTCCCGCGTCACTAATGACACTGAAGTGATCCGCGATCTCTACGTTACCGTAGTGGCAACTGTCCTGCGCAGTGCCGCGCTGGTGGGCGCGATGCTGGTGGCGATGTTCAGCCTCGACTGGCGAATGGCACTGGTGGCGATAATGATTTTCCCGGTGGTGCTGGTGGTAATGGTGATATACCAGCGTTACAGCACGCCGATTGTCCGTCGTGTGCGCGCCTATTTGGCGGATATCAACGACGGCTTTAACGAAATCATCAATGGCATGAGCGTTATCCAGCAGTTTCGTCAGCAGGCGCGATTTGGCGAACGTATGGGGGAGGCCAGTCGTTCACACTATATGGCGAGGATGCAAACCCTGCGCCTC > CP009273/466410‑466832 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |