Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,584,335 | G→T | 17.3% | R69S (CGT→AGT) | yjjL ← | L‑galactonate transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,584,335 | 0 | G | T | 17.3% | 96.8 / 3.0 | 33 | R69S (CGT→AGT) | yjjL | L‑galactonate transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/14); new base T (3/3); total (16/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.70e-01 |
CGATACGCACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTAC > CP009273/4584125‑4584589 | ttaaaaataacAAANCGACCTGCTTAAAGTTGTTCCCCATGCCAGACATCGTCTGGAACAATGACCAGAAGAACATCCCCACTCCCAGAATCAGGCCTGGGCCTTTACGATCCTAGAGTGAGCCGAAAAGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTCAAAACACGTAGATCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAAGCCCAATTCTTCACTAATCATTAAATTTGCTACCGACAGCGAGCTGCGGTCGAGATCATGGATTACCGCCGCAAAAcat < 2:495348/265‑1 (MQ=255) cGTAAATTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCCGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCNTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTAATTACCGCCGCAAAAAATAATaacaaaaaaagtctctaa > 1:495356/1‑261 (MQ=255) tgtgCACCATTCCAGACATTTCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCAGCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGt < 1:40192/275‑1 (MQ=255) gCCTTGAACAGTGACCAGAAGAACACCCCCATGCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTg < 1:181856/275‑1 (MQ=255) cATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCg > 1:311071/1‑143 (MQ=255) cccAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTaa < 2:311066/143‑1 (MQ=255) tggaTCGGGGGTTGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCGGAAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCNGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATATGCcga < 1:500054/272‑1 (MQ=255) gggCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACg > 2:543396/1‑113 (MQ=255) cTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTACTCCCAATTCTTCACGAATc < 1:543407/113‑1 (MQ=255) ggCCGCAAGGAATTTGCGCAATCCCGTAATCGAGTGAAAACACGGAGTGCAAATCGCCGATTTCGGTGTCACTTAATCCCAATTCTTCACGAAt > 2:583504/1‑94 (MQ=255) ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCgag > 2:625492/1‑130 (MQ=255) ggCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGAGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGGTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGAAAAAAATAATAACAACATGGCGTTGGTTTGAATGCNTTTAATGCNGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGCAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGAGCGATg > 1:455063/1‑275 (MQ=255) ccGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATATGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGttg > 1:177422/1‑174 (MQ=255) gCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGtt < 1:583515/94‑1 (MQ=255) gCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATaa < 1:625503/130‑1 (MQ=255) gCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTc < 1:90769/188‑1 (MQ=255) cgcAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCg > 1:369854/1‑108 (MQ=255) aTCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCg < 2:369849/108‑1 (MQ=255) gTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACTAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTAccgc > 2:452255/1‑112 (MQ=255) aaaCACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACTAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCa < 1:452261/112‑1 (MQ=255) ggAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGtt > 2:419946/1‑55 (MQ=255) ggAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTa > 2:296652/1‑145 (MQ=255) agCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAAt < 1:419951/55‑1 (MQ=255) agCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTc < 1:296657/145‑1 (MQ=255) cGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCATCACTAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTCGCACGGGAATATCTGCCGNCGAAGATTGAGTAAATgaag > 1:491140/1‑204 (MQ=255) cGATTTCGGTGGCACTTAATCACAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTg > 1:10049/1‑65 (MQ=255) ttCGGTGGCACTTAATCACAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGt < 2:10049/65‑1 (MQ=255) aCTTAATCCCAATTCTTCACTAATCGTTAAATTTGCTACCGAc > 1:104544/1‑43 (MQ=255) aCTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTAGTTATAATTNTAATTGTTTATNNAATTTTTCATTaa > 2:459230/1‑274 (MQ=255) aaTCCCAATTCTTCACTAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCg < 2:104543/43‑1 (MQ=255) aTTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCgg > 1:202086/1‑44 (MQ=255) ttcttaACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCtggt > 2:652980/1‑139 (MQ=255) ttcACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCga < 2:202082/44‑1 (MQ=255) taaCGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCa < 1:652991/137‑1 (MQ=255) | CGATACGCACCAACACGAACTGCGTAAAGTTGTGCACCATGCCAGACATTGCCTGGAACAGTGACCAGAAGAACATCCCCAGTCCCAGCATCAGGCGTGGGCCTTTACGATCCAATAGTGGGCCGCAAGGAAGTTGCGCAATCCCGTAAGCGAGTGAAAACACGGAGAGCAAAGCGCCGATTTCGGTGGCACTTAATCCCAATTCTTCACGAATCGTTAAATTTGCTACCGACAGCGAACTGCGGTCGAGATAATTGATTACCGCCGCAAAAAATAATAACAACATGGCGGTGGTTTGAATGCGTTTAATTCGGGTACTGCGTTGAACTAATCCATCTGGTGGCACGGGAATATCTGCCGACGAAGATGGAGTAAATGAAGAACGCGGATCGATGGTGATATTTTCTTTTTCCACGCCGGACTCCTGTATTTATAATTTTAATTGTTTACGTAATTGTGCATTAC > CP009273/4584125‑4584589 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |