Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 879,076 | G→T | 100% | intergenic (‑232/‑53) | ybjG ← / → mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 879,076 | 0 | G | T | 100.0% | 90.0 / NA | 29 | intergenic (‑232/‑53) | ybjG/mdfA | undecaprenyl pyrophosphate phosphatase/multidrug efflux system protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (15/14); total (15/14) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
GAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCG > CP009273/878815‑879317 | gaATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGTATAACTTTCCGACGCAAAGTGATGAAAAGGGAGCCAAGACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGNGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTGAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCTTGGTTTCAGCTAGAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCtt < 1:308098/274‑1 (MQ=255) gTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTATATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATCCTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGATTTTATTAAACTCTGCGCGCTTCTTATTGGCGAAGAAATTGAATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTGCTTTTtccgcctctcttt > 2:54323/1‑265 (MQ=255) aGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCACTGTCTGGTGc > 1:142642/1‑275 (MQ=255) cTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAActc > 2:47571/1‑156 (MQ=255) aGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTgcg < 1:47572/156‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCgtgg > 2:20900/1‑241 (MQ=255) gTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTcc > 2:223564/1‑163 (MQ=255) gTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTAAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAActc > 2:72443/1‑79 (MQ=255) taataaTGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGa < 1:20901/241‑1 (MQ=255) taatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCctct < 1:223569/163‑1 (MQ=255) taatGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTAAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTgcg < 1:72446/79‑1 (MQ=255) atGTAAGAATGTTCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGNGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCGGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCGCGCGTCCATTGATGGGGTTCCTACTTCGa < 1:281975/274‑1 (MQ=255) tGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGa > 2:318231/1‑137 (MQ=255) tGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCGGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATAGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGATCATTGATTGGATTCCTACTTctg > 2:281970/1‑271 (MQ=255) aGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTc < 1:318237/137‑1 (MQ=255) tgtgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATtg > 2:233429/1‑92 (MQ=255) tgCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGcc > 1:367216/1‑217 (MQ=255) cTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATtgcatg < 1:233434/92‑1 (MQ=255) tAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCgtgg < 2:367210/217‑1 (MQ=255) aaCCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGAAACGATATGATTGAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATGGATTGGGTTACAACTTCGATGAACGCGTATCTggcg > 1:201937/1‑275 (MQ=255) aCCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGattatta > 2:311308/1‑69 (MQ=255) tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTgg < 1:311314/69‑1 (MQ=255) tGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTatat > 2:126269/1‑173 (MQ=255) ttCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCTTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGc < 1:126273/173‑1 (MQ=255) | GAATAGAGAGAGATTCAAATTTTCCAGCATAACTTCCCGACGCAAAGTGATTAAAAGGGAGCCAATACAGGCAAGTCGTTGAGAATAAAGTGCAGGTTAAACTGGGTAAAGCGGCATCGTCTTATTTCCCTCAAGCGGCCTGTTTACGGTGGGTGATTGTAACGGGCATAGGTTAAATAAAACTTAAAGAAAGCGTAGCTATACTCGTAATAATGTAAGAATGTGCTTAACCGTGGTTTCAGCTACAAAATTCGCTTTCTCGTTAGCTGCGCTTTTATTAAACTCTGCGCGATTATTATTGGCGAAGAAATTGCATGCAAAATAAATTAGCTTCCGGTGCCAGGCTTGGACGTCAGGCGTTACTTTTCCCTCTCTGTCTGGTGCTTTACGAATTTTCAACCTATATCGGCAACGATATGATTCAACCCGGTATGTTGGCCGTGGTGGAACAATATCAGGCGGGCATTGATTGGGTTCCTACTTCGATGACCGCGTATCTGGCG > CP009273/878815‑879317 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |