New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 1387008 = | 17 (0.500) | 6 (0.180) | 4/314 | 2.4 | 20.9% | coding (761/900 nt) | pgrR | murein peptide degradation regulator |
? | CP009273 | 1387230 = | 29 (0.870) | intergenic (+83/‑254) | pgrR/mppA | murein peptide degradation regulator/murein tripeptide (L‑ala‑gamma‑D‑glutamyl‑meso‑DAP) transporter subunit |
GATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGCATTTTGGAGACTATTATTTACACTAAATCTGATTTGATATATTGATACTTAAAACATTTGATGCTTCCTTTGTCACTTTTTTGATGGAAGTTGTTTGCATTTCTTTAAGGCGAAACAAATAATTACGCATCAATTTTAATGTCGGTTAGAGGGAAACTTATGAAGCACTC > CP009273/1386966‑1387494 | gtttgtgttATTTAACTTTTGTTTAGTTTGAGCGTGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGANATGCTGGCTCGGAATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGc < 1:563101/267‑1 (MQ=255) tGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTGGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGttggtag > 2:592395/1‑270 (MQ=255) cGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGa > 2:103841/1‑158 (MQ=255) aTGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGa < 1:103842/158‑1 (MQ=255) tttttaattattTATAGATAGGCTTAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGTTACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGCATTTTGGAGACTATTATTTACACTAAATCTGATTTGATATATTGATACTTaa < 2:114487/269‑1 (MQ=255) 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cTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGt < 1:276922/139‑1 (MQ=255) aTACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATg < 1:263508/89‑1 (MQ=255) taatttaattCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGCGCGAAGCCCGACCGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGAATTTTGGAGACTATTATTTACACTAAATCTGCTTTGATATATTGATCCTTACAACATTTGATGCTTCCTTTGTCACTTTTTTTATGGAAGTTGTTTGCATTTCTTTAAGGCGaaa > 1:138760/1‑274 (MQ=255) atttaattCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACg > 2:321859/1‑112 (MQ=255) aattCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCg < 1:321863/112‑1 (MQ=255) tctcTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGa > 2:573768/1‑69 (MQ=255) 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2:517257‑M2/265‑1 (MQ=255) tCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGCATTTTGGAGACTATTATTTACACTAAATCTGATTTGATATATTGATACTTAAAACATTTGATGCTTCCTTTGTCACTTTTTTGATGGAAGTTGTTTGCATTTCTTTAAGGCGAAACAAATAATTACGCATCa > 1:603363‑M2/2‑228 (MQ=255) cGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGCATTTTGga > 2:129066/1‑103 (MQ=255) cGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGCATTTTGGAGACTATTATTTACACTAAATCTGATTTGATATATTGATACTTAAAACATTTGATGCTTCCTTTGTCACTTTTTTGATGGAAGTTGttt > 1:495241/1‑191 (MQ=255) | GATTGGCGTATCTACCTTATGATCAGGTTGAGCGGGCTATTAAAGAAAAAAAACTGATACGTGTTTTGGATAAATTCACACCAGATTTACCCGGTTATCACCTGTACTATCCACACCGTCGACATGCTGGCTCGGCATTCTCATTATTTATAGATAGGCTGAAGTATAAAGGTGCTGTTTAGCACTACTTGCTGATACATTAATTTAATTCTTCTCTTAACGTATTCTCAGTTCCTTTCAACGTTTTGGTCATTTTTTATTCTTCGTACAATGGCGACAGATGCTGATTATGATACCGAAAACGGGTTTGAACGTGCGAAGCCCGAACGTAGTGTTCGGAGTTCTATGTGCTTTACCGCATTTTGGAGACTATTATTTACACTAAATCTGATTTGATATATTGATACTTAAAACATTTGATGCTTCCTTTGTCACTTTTTTGATGGAAGTTGTTTGCATTTCTTTAAGGCGAAACAAATAATTACGCATCAATTTTAATGTCGGTTAGAGGGAAACTTATGAAGCACTC > CP009273/1386966‑1387494 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |