| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | 112 (1.170) | 64/234 | 0.1 | 95.7% | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E |
| ? | CP009273 | 4232204 = | 5 (0.050) | intergenic (‑22/+350) | xylE/malG | D‑xylose transporter/maltose transporter subunit | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TTGAGTGACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACT > CP009273/4232067‑4232339 | ataacctgaatctgcggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:4952638‑M2/2‑1 (MQ=255) tgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCtt < 1:5132703‑M2/8‑1 (MQ=255) cTCCACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGACAAATAATAAAACACCTAATGTAGCGACTAAGGGAAACGAAAATATATAAAAGGAAATATACTGGGGATTCATTAAGACCTGCCCTAAACCAATTTGATCtttg > 1:3006270/1‑138 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTTGCAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGTGACGAAGGGTACTGGAAATCTAAAACACGGAATATACTGGGGATTAATTCAGAACTGCCTTAAACCAATTTGAtttttt > 1:1465202/1‑139 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGAAGCGACTAAGGTAATCTAAAATATATAAATGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGAACATTCTGATCTTTg < 1:2058784‑M2/139‑2 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGGAGCCAAATAATAAACCACCAAATTAAGGGACAAGGGAAATCGAAAAAAAAAAATTGGAATTAAATTGGGATTTAATTAAGACCTGCCTTAAACAATTCTGATttttg > 1:164488/1‑138 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggactgaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttgtagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:4847464‑M2/12‑1 (MQ=255) tgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCa < 1:4495801‑M2/14‑1 (MQ=255) ccGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgc > 1:1938535‑M2/1‑128 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCa < 1:1111588‑M2/19‑1 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCa < 1:3074199‑M2/19‑1 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAtt < 1:4156959‑M2/21‑1 (MQ=255) aaTAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaact > 1:279267‑M2/1‑123 (MQ=255) aaTAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGGAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGGATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTtgggatgctgccaact < 1:1210243‑M2/139‑17 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:624977‑M2/1‑121 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:423763‑M2/1‑121 (MQ=255) gcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTg > 1:3431654‑M2/112‑139 (MQ=255) acggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTgg < 1:1032067‑M2/29‑1 (MQ=255) ggTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2935702‑M2/1‑114 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcactaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTg > 1:2324241‑M2/101‑122 (MQ=255) cggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAgg < 1:375248‑M2/39‑1 (MQ=255) 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1:2377141‑M2/139‑55 (MQ=255) cggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTAc < 1:60200‑M2/65‑1 (MQ=255) cggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTAc < 1:384830‑M2/65‑1 (MQ=255) ggtggagctgcatgacaaagacatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACa < 1:2277702‑M2/66‑1 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:2200252‑M2/1‑81 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg < 1:4022993‑M2/114‑34 (MQ=255) gACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:3036282‑M2/139‑62 (MQ=255) gACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:4410168‑M2/106‑29 (MQ=255) gtaAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAGTTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 1:4638471‑M2/2‑76 (MQ=255) ctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt > 1:3957828‑M2/67‑78 (MQ=255) tgcatgacaaggtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGtt > 1:3237789‑M2/66‑109 (MQ=255) tCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttcta < 1:1349786‑M2/138‑72 (MQ=255) aaTATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca < 1:3733325‑M2/136‑75 (MQ=255) 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1:2242627‑M2/1‑42 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGCTCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCtgtg > 1:3606075‑M2/33‑125 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt > 1:82286‑M2/1‑39 (MQ=255) ggTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctg < 1:931589‑M2/104‑66 (MQ=255) tcattcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggt < 1:811967‑M2/139‑106 (MQ=255) tcattcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggt < 1:1723898‑M2/139‑106 (MQ=255) tcattcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:3792181‑M2/62‑29 (MQ=255) ttcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagt > 1:1537061‑M2/1‑31 (MQ=255) 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1:873330‑M2/1‑21 (MQ=255) gACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa < 1:4185305‑M2/138‑123 (MQ=255) gACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagct < 1:2146118‑M2/110‑95 (MQ=255) gACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagc > 1:1322919‑M2/1‑16 (MQ=255) cattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGtt < 1:3349430‑M2/44‑1 (MQ=255) cattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACaa < 1:1505834‑M2/132‑1 (MQ=255) attaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATg > 1:667732‑M2/7‑88 (MQ=255) ttaccCTTATCTTTTATCAGTTCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATa < 1:925817‑M2/134‑1 (MQ=255) taccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAAt > 1:2312097‑M2/5‑137 (MQ=255) taccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAAt > 1:4336823‑M2/5‑137 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:1248646‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:1906520‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgtt < 1:3340658‑M2/100‑90 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatca < 1:1991166‑M2/85‑75 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg < 1:481110‑M2/44‑34 (MQ=255) | TTGAGTGACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACT > CP009273/4232067‑4232339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |