| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,224,841 | C→T | H386Y (CAC→TAC) | pgi → | glucosephosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,224,841 | 0 | C | T | 98.9% | 302.6 / NA | 92 | H386Y (CAC→TAC) | pgi | glucosephosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (52/38); minor base G (1/0); total (54/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATATGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGCACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGCCCAGACCGA > CP009273/4224707‑4224971 | atatGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTAcgc < 1:771173/139‑1 (MQ=255)aaatGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCCCTAACGGTCAGTAcgc < 1:4304134/137‑1 (MQ=255) tGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGtt < 1:1830499/139‑1 (MQ=255) gCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGt > 1:4770738/1‑137 (MQ=255) aCCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCt > 1:248548/1‑138 (MQ=255) aCCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCt > 1:1891505/1‑138 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:3149923/1‑139 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:3353207/1‑139 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:3533059/1‑139 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:3891199/1‑139 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:2418538/1‑139 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:1361616/1‑139 (MQ=255) gTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGCGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGtt > 1:5047296/1‑133 (MQ=255) gTTTCGCGGCGGACTTCCAGCAGGGCAAAATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTGGACAGTACCGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGAGTATCTGGGGGGAACAAGGAACTAACGGGCAGGACGCGttagggc > 1:4977898/1‑133 (MQ=255) tttCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:835946/1‑138 (MQ=255) ttCGCGGCGTACTCCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGc < 1:4238158/139‑1 (MQ=255) 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tCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCg > 1:3572583/1‑139 (MQ=255) aaCGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGAtt > 1:900304/1‑139 (MQ=255) aaCGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGAtt > 1:3218431/1‑139 (MQ=255) aaCGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGGGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGAACCGTGCGAtt > 1:3595613/1‑139 (MQ=255) gTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCa > 1:599643/1‑138 (MQ=255) tAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTGCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATc > 1:4128613/1‑139 (MQ=255) aTGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCt < 1:1639664/137‑1 (MQ=255) aTGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCt < 1:1013872/137‑1 (MQ=255) aTGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTc < 1:1448669/138‑1 (MQ=255) tGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCg > 1:2978505/1‑139 (MQ=255) tGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCt > 1:4570320/1‑139 (MQ=255) gACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTa > 1:1066373/1‑139 (MQ=255) 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gtaacggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCa > 1:316219/1‑138 (MQ=255) gtaacggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCa > 1:4121334/1‑138 (MQ=255) taacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTAc > 1:2212414/1‑64 (MQ=255) taacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGt > 1:2078851/1‑68 (MQ=255) taacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATaa > 1:522621/1‑138 (MQ=255) tgtgGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGct < 1:585060/138‑1 (MQ=255) tgGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGctc > 1:3966850/1‑137 (MQ=255) ttACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGat < 1:2898900/139‑1 (MQ=255) tACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGc < 1:4581050/64‑1 (MQ=255) tACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTAt < 1:1358753/116‑1 (MQ=255) tACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGatc > 1:4763196/1‑139 (MQ=255) tACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGGGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTACGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGatc < 1:4876121/139‑1 (MQ=255) aCCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGatca < 1:109827/139‑1 (MQ=255) 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gCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGaa > 1:4909159/1‑139 (MQ=255) gCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGaa > 1:3018433/1‑139 (MQ=255) gCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGaa > 1:330039/1‑139 (MQ=255) gCCCGATTATCTGGGGAGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATaaa > 1:3939918/1‑115 (MQ=255) cccGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGa > 1:702324/1‑137 (MQ=255) aTTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAGCGGTCAGTACGCGTGCTACCAGCTGATCCACCAGGGAAGCAAAAGGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTACCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAAct > 1:4240033/1‑137 (MQ=255) aTTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAAct > 1:2367691/1‑137 (MQ=255) ttATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAActgc < 1:1547836/138‑1 (MQ=255) aTCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCt < 1:2825648/40‑1 (MQ=255) tCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGctctc < 1:393751/115‑1 (MQ=255) tGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTa < 1:1770048/139‑1 (MQ=255) ggggTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTaa < 1:1846926/139‑1 (MQ=255) tGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAAct > 1:3565496/1‑137 (MQ=255) aaCCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGAt > 1:242839/1‑40 (MQ=255) aaCCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAActg < 1:92944/125‑1 (MQ=255) aCCAGTCACTAACCGTGAGTACGCGTTCTACCCGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTACGATTTCATCGCTCCGTCCACAACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAActtctt > 1:3966314/1‑138 (MQ=255) aCCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAAc < 1:814189/97‑1 (MQ=255) aCCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCAc > 1:2976315/1‑115 (MQ=255) gCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAActg < 1:2057708/119‑1 (MQ=255) aCTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAAc < 1:3697099/44‑1 (MQ=255) tAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAAct > 1:2675986/1‑125 (MQ=255) aaCGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTg > 1:3396172/1‑97 (MQ=255) aCGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGCCCAGACCGa < 1:3648000/139‑1 (MQ=255) gTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGAtcatca < 1:3140242/100‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCg < 1:3174166/67‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCg < 1:1639555/85‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAAct > 1:4637398/1‑119 (MQ=255) | ATATGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGCACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGCCCAGACCGA > CP009273/4224707‑4224971 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |