| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3577555 | NA (NA) | 91 (1.300) | 54/230 | 0.1 | 95.8% | intergenic (+15/‑1) | insB1/yrhA | IS1 transposase B/pseudogene, interrupted by IS1E |
| ? | CP009273 | 4232204 = | 4 (0.060) | intergenic (‑22/+350) | xylE/malG | D‑xylose transporter/maltose transporter subunit | |||||
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
TTGAGTGACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTA > CP009273/4232067‑4232340 | ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:2307378‑M2/2‑1 (MQ=255)ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:4174394‑M2/2‑1 (MQ=255)ataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCt < 1:2987321‑M2/2‑1 (MQ=255) cctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccc < 1:1329876‑M2/1‑1 (MQ=255) aCTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGGGGCGTAGACAAAGAAAAAAACACCTAAGGTAACGACTAAGGGAGTCGAAAATATATAACAGGAATTATACGGGGGATTCATTCAAAACTGCCTTGAACCATTCTGATCttt > 1:3259276/1‑139 (MQ=255) cTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGGAATCGAAAATATATAAATGGAATTATACTTGGGATTCATTCCGAACTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTg < 1:1174998‑M2/139‑2 (MQ=255) atctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtagctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTa > 1:3551034‑M2/129‑139 (MQ=255) tctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTAt < 1:1293907‑M2/12‑1 (MQ=255) cAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGGAATCGAAAATATATAAATGGAATTATACTGGGGATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgat < 1:2630427‑M2/139‑7 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggcagtcgctatcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtaatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGGATCTTTTAt > 1:1843769‑M2/124‑135 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTa > 1:3501120‑M2/124‑134 (MQ=255) aggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGt > 1:1581492‑M2/124‑139 (MQ=255) gTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGGAATCGAAAATATATAACTGGAAATAAACTGGGAATTCATTCAGACCTGCCCTAGAACATTCTGATCTTTg < 1:964824‑M2/132‑2 (MQ=255) gcctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAtt < 1:2816418‑M2/21‑1 (MQ=255) gAAATAACGGCGGGGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATTGAAAATATATAACTTGAATTATAATGGGGATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccc < 1:4228926‑M2/138‑14 (MQ=255) acctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCAt < 1:3456101‑M2/20‑1 (MQ=255) ctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATg < 1:3654087‑M2/25‑1 (MQ=255) tAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:2770937‑M2/1‑121 (MQ=255) ggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGACCTTTTATCAGTGCAt < 1:3025419‑M2/20‑1 (MQ=255) gctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAAtt > 1:1631118‑M2/107‑139 (MQ=255) ggTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatt > 1:457781‑M2/1‑114 (MQ=255) gtgtCGTAGCCCAATAATAAACCACCTAATGTAACGACTAAGGTAAACGAAAAAATATAACTGGAATTATACCTGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgtagctgccaacataatgattta < 1:3047094‑M2/139‑27 (MQ=255) ggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGa > 1:853342‑M2/103‑132 (MQ=255) gacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCa < 1:603330‑M2/37‑1 (MQ=255) gacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAg > 1:899303‑M2/102‑139 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAg < 1:1989675‑M2/38‑1 (MQ=255) acggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAg < 1:3553303‑M2/38‑1 (MQ=255) cggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAgg < 1:3666261‑M2/39‑1 (MQ=255) ccAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgcc > 1:2173197‑M2/1‑104 (MQ=255) aaCCACCGAAGGGAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATAATGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactga < 1:4342683‑M2/116‑23 (MQ=255) ccaccTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:2024482‑M2/1‑92 (MQ=255) ctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaactctatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTgg < 1:2497786‑M2/29‑1 (MQ=255) ccTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:2545958‑M2/138‑50 (MQ=255) tAATGTAGCGACTAAGGTAATGGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTAATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgcaaacttactgatttagtgtatgatggtgttttggaggggc < 1:1927515‑M2/138‑52 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:2963696‑M2/1‑81 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:3346510‑M2/1‑81 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagt > 1:3720015‑M2/1‑81 (MQ=255) aGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggggctccagtg < 1:3803368‑M2/139‑59 (MQ=255) tggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACaa < 1:3071297‑M2/67‑1 (MQ=255) gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGt < 1:3782860‑M2/72‑1 (MQ=255) caaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAAt > 1:2853392‑M2/59‑139 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCtt > 1:2474479‑M2/54‑139 (MQ=255) tatataACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgt > 1:1012853‑M2/1‑60 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACa < 1:127656‑M2/66‑1 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCtgt < 1:3752215‑M2/92‑1 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> 1:4198493‑M2/1‑21 (MQ=255) ccTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgattta > 1:2038590‑M2/1‑21 (MQ=255) ccTTAGACCATTCTGATCTTTggtgatgctgccaactta > 1:4251742‑M2/1‑21 (MQ=255) tcattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAAc < 1:2669705‑M2/130‑1 (MQ=255) cattaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATc < 1:1152657‑M2/114‑1 (MQ=255) attaccCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAAt > 1:553899‑M2/7‑139 (MQ=255) ttaccCTGATCTTTTATCAGGGCATTGATGGTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTGACAATGCGTTTACGTa > 1:2730562‑M2/6‑84 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccg > 1:2679114‑M2/1‑11 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:3535422‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:490811‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:497224‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:4314915‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:4271733‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:2160089‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:2867376‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc < 1:1028093‑M2/138‑128 (MQ=255) ttCTGATCTTTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggctt > 1:4193447‑M2/1‑11 (MQ=255) | TTGAGTGACTCAACAGTACCGGAAATAACGGCGGTGTCGTAGCCAAATAATAAACCACCTAATGTAGCGACTAAGGTAATCGAAAATATATAACTGGAATTATACTGGGTATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTA > CP009273/4232067‑4232340 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |