New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 4532499 = | 37 (0.740) | 14 (0.300) | 13/216 | 1.8 | 24.8% | intergenic (+49/‑433) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
? | CP009273 | 4532813 = | 51 (1.100) | intergenic (+363/‑119) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
GTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCT > CP009273/4532362‑4532637 | gTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGACGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATT < 1:2508131‑M1/139‑1 (MQ=255) taCCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACTAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGG > 1:9204‑M1/1‑138 (MQ=255) taCCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGG < 1:520398‑M1/139‑1 (MQ=255) cGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGctgtct > 1:2205614‑M1/1‑133 (MQ=255) cGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCA > 1:525663‑M1/1‑139 (MQ=255) taattttcatgctgctttcctttcaaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCaa > 1:1336649‑M1/130‑139 (MQ=255) ccAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCaa > 1:1084760/1‑138 (MQ=255) gTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCaa < 1:670059/135‑1 (MQ=255) aaTGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTc < 1:2760055/139‑1 (MQ=255) catgctgctttcctttcaaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTcc < 1:2759588‑M1/17‑1 (MQ=255) tgctCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCata < 1:541822/138‑1 (MQ=255) ctCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑a > 1:1337116/1‑139 (MQ=255) tCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCata > 1:2094083/1‑135 (MQ=255) ctttcctttcaaaaaactagttctaaatcgacaagggcagtcgttctttccaccttgtgttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTcc > 1:1541974‑M1/116‑132 (MQ=255) ttttGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGC > 1:1056056‑M1/1‑119 (MQ=255) tttGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ataaa < 1:72413/138‑1 (MQ=255) aaaaaactatttctaaatcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ataaa < 1:117393‑M1/27‑1 (MQ=255) aTTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATAAAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACg > 1:1399332/1‑139 (MQ=255) tGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATAAC‑ATAAATAAGTTACGAAtt > 1:2219960/1‑139 (MQ=255) aataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCa < 1:779380/138‑1 (MQ=255) aataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGACGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTtctc < 1:6750/137‑1 (MQ=255) atcgacatgggcagtcgttctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTggg < 1:2363365‑M1/5‑1 (MQ=255) ataatCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCaa > 1:1431472/1‑138 (MQ=255) aaaCGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgt < 1:2377036‑M1/139‑52 (MQ=255) aaaTTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggctta < 1:355297‑M1/139‑59 (MQ=255) tctgtacactttgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcccagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTaaaaa > 1:2136109‑M1/72‑138 (MQ=255) aaaaaGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatatt < 1:1345664‑M1/139‑64 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaa < 1:796123/139‑1 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaa < 1:2564159/139‑1 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaa < 1:228102/139‑1 (MQ=255) aagagaagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaa < 1:2356051/139‑1 (MQ=255) tgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTc > 1:179568‑M1/61‑76 (MQ=255) tgttttgtaaacgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaaaa < 1:2158716‑M1/78‑1 (MQ=255) aagagGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCa > 1:1477492/1‑139 (MQ=255) ggTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttat < 1:838335‑M1/137‑74 (MQ=255) ggTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCt < 1:1331886/138‑1 (MQ=255) gTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTa > 1:2189943/1‑138 (MQ=255) tGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTa > 1:1084515/1‑135 (MQ=255) acgagtttgactgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ataa < 1:1604080‑M1/26‑1 (MQ=255) tttggctgccaacactgcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGat < 1:2700460‑M1/94‑1 (MQ=255) aaCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATAAAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGATACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGat > 1:552813/1‑139 (MQ=255) aCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGt < 1:1560006/133‑1 (MQ=255) aCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGata > 1:220448/1‑139 (MQ=255) aCTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGata > 1:1537172/1‑139 (MQ=255) ttATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaacttttt < 1:1639047‑M1/90‑40 (MQ=255) ttGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTaa > 1:2748176/1‑139 (MQ=255) aataaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTa > 1:135451/1‑133 (MQ=255) taaAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttattt > 1:214589‑M1/1‑41 (MQ=255) gcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTa < 1:2118959‑M1/110‑1 (MQ=255) gcacagttttcccccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGCTTGATATGTAACTTATTTCTa < 1:2434445‑M1/110‑1 (MQ=255) aGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttatattgcatg > 1:2434620‑M1/1‑38 (MQ=255) aGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTa > 1:1883524/1‑139 (MQ=255) acagttttcacccaaaagatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGATTGATATGTAAATTATTTCTAtt < 1:1745336‑M1/112‑1 (MQ=255) aaataaatACAAGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatatt < 1:123485‑M1/89‑64 (MQ=255) ataaataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTtctc < 1:2069803/62‑1 (MQ=255) aataCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcac < 1:1110809/139‑1 (MQ=255) agatgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATCCATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTcac > 1:734749‑M1/12‑139 (MQ=255) taCAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGCTTGATATGTAAATTATTTCTACTGTAAATTAATTTCACAt < 1:1433924/139‑1 (MQ=255) tgaaacatTTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACAt > 1:694954‑M1/9‑137 (MQ=255) aaGACAATTGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttat > 1:1548058‑M1/1‑16 (MQ=255) aGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATATTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCAcc < 1:2507886/139‑1 (MQ=255) gACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATaaaa > 1:645750/1‑62 (MQ=255) gACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCAcc > 1:2534133/1‑138 (MQ=255) cAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCt < 1:1949840/137‑1 (MQ=255) cAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCt < 1:52853/137‑1 (MQ=255) cAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCt < 1:742158/137‑1 (MQ=255) cAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTc < 1:1268968/138‑1 (MQ=255) ttGGGGCCAttttgactcatagaggaaagcatcgcggacaaactttttcagtttatttgttggcttaatattctattgttatctttatttatagatgtttatattgcatgaggtggtttttggagagaagaatgaggaa > 1:2315793‑M1/1‑9 (MQ=255) TTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCGTAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCt < 1:896567‑M1/139‑1 (MQ=255) TTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACaaa > 1:1458503‑M1/1‑75 (MQ=255) TTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCt < 1:13336‑M1/139‑1 (MQ=255) TTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCt < 1:2692025‑M1/139‑1 (MQ=255) TTGGGCCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCGATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCt > 1:2733732‑M1/1‑139 (MQ=255) | GTTATACCGCCAGTAATGCTGCTCGTTTTGCCGGATTATGGGAAAGAAATAATCTCATAAACGAAAAATTAAAAAGAGAAGAGGTTTGATTTAACTTATTGATAATAAAGTTAAAAAAACAAATAAATACAAGACAATTGGGGCCAAACTGTCCATATC‑ATAAATAAGTTACGTATTTTTTCTCAAGCATAAAAATATTAAAAAACGACAAAAAGCATCTAACTGTTTGATATGTAAATTATTTCTATTGTAAATTAATTTCACATCACCTCCGCT > CP009273/4532362‑4532637 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |