| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,224,841 | C→T | H386Y (CAC→TAC) | pgi → | glucosephosphate isomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,224,841 | 0 | C | T | 98.4% | 215.3 / NA | 63 | H386Y (CAC→TAC) | pgi | glucosephosphate isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (35/27); minor base G (1/0); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TATGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGCACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGCCCAGACCGAAGC > CP009273/4224708‑4224974 | tatGCACCGTTTCGCGACGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTAcgcg < 1:2418708/139‑1 (MQ=255) gTTTCGCGACGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:995193/1‑139 (MQ=255) gcagGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAAcc > 1:2394035/1‑139 (MQ=255) gggCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCaaa > 1:1430573/1‑139 (MQ=255) 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1:1488455/1‑101 (MQ=255) cGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTa < 1:2361676/127‑1 (MQ=255) tAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAAc < 1:1452026/114‑1 (MQ=255) gTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGa < 1:2350928/129‑1 (MQ=255) tATGTTGGCCGTAACGGGAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAAc < 1:2282205/110‑1 (MQ=255) aTGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCt < 1:2496156/137‑1 (MQ=255) gTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGAtt > 1:938079/1‑127 (MQ=255) 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cGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCt > 1:927308/1‑129 (MQ=255) gtaacggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTAc > 1:2264326/1‑80 (MQ=255) gtaacggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTa > 1:858468/1‑110 (MQ=255) gtaacggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCa > 1:800983/1‑138 (MQ=255) aacggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTAcg < 1:2109161/70‑1 (MQ=255) acggtaacgTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACC‑AAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCAt > 1:1377001/1‑139 (MQ=255) ttGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCa > 1:685146/1‑70 (MQ=255) 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cAGCCTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGatcatc < 1:862262/139‑1 (MQ=255) gACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTg > 1:2250103/1‑131 (MQ=255) gACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGAtcatca > 1:418401/1‑138 (MQ=255) gACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGAACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTg > 1:1884426/1‑131 (MQ=255) gCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGaa > 1:1350751/1‑139 (MQ=255) gCCCGATTATCTGGGGCGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTAc > 1:2491903/1‑50 (MQ=255) ccGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGaa > 1:1589974/1‑137 (MQ=255) ttATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAActgc < 1:2224810/138‑1 (MQ=255) tCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCg < 1:1395311/110‑1 (MQ=255) cTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCGGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATTGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGGTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCt > 1:1250328/1‑139 (MQ=255) tGAACCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAAct > 1:517863/1‑137 (MQ=255) aCCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAAc < 1:658777/97‑1 (MQ=255) aCCAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGatc > 1:2818197/1‑110 (MQ=255) ccAGGCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCt < 1:2419190/78‑1 (MQ=255) ggCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGccc > 1:99045/1‑139 (MQ=255) ggCACTAACGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCACCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGct < 1:553891/98‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTg > 1:2082814/1‑97 (MQ=255) aCGGTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGAACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCa > 1:995674/1‑78 (MQ=255) gTCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGatcat > 1:1978032/1‑98 (MQ=255) tCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTAt < 1:1033832/72‑1 (MQ=255) tCAGTACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGCCCAGACCGAAgc > 1:357729/1‑138 (MQ=255) | TATGCACCGTTTCGCGGCGTACTTCCAGCAGGGCAATATGGAGTCCAACGGTAAGTATGTTGACCGTAACGGTAACGTTGTGGATTACCAGACTGGCCCGATTATCTGGGGTGAACCAGGCACTAACGGTCAGCACGCGTTCTACCAGCTGATCCACCAGGGAACCAAAATGGTACCGTGCGATTTCATCGCTCCGGCTATCACCCATAACCCGCTCTCTGATCATCACCAGAAACTGCTGTCTAACTTCTTCGCCCAGACCGAAGC > CP009273/4224708‑4224974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |