| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 188,740 | C→G | I133M (ATC→ATG) | pyrH → | uridylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 188,740 | 0 | C | G | 100.0% | 94.9 / NA | 27 | I133M (ATC→ATG) | pyrH | uridylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (15/12); total (15/12) | |||||||||||
GCGTGATGCACTGCACCGCGCCTATGTGAACGCTCGTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATCCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACGGCGTGTTTACCGCTGAT > CP009273/188614‑188863 | gCGTGATGCACTGCCCCGCGCCTATGTGAACGCTCGTCTGATGGCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGt < 1:1635255/139‑1 (MQ=255) tgcactccacCGCGCCTATGTGAACGCTCGTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCgg < 1:2811259/132‑1 (MQ=255) actgcacCGCGCCTATGTGAACGCTCGTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTaa > 1:842876/1‑138 (MQ=255) cgcgCCTATGTGAACGCTCGTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAAc > 1:1388368/1‑132 (MQ=255) gtgAACGCTCCGCTGATGTCCGCTATTCCATTTAATGGCGTGTTCTACAGCTACAGCTGGGCATAAGCTATCAGCCTGTTGCCCATCAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGCTACAGGTAAc < 1:2020918/123‑1 (MQ=255) aaCGCTCGTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGAc > 1:15434/1‑138 (MQ=255) gTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGGGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGGTCTTTa > 1:596798/1‑123 (MQ=255) gATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGc < 1:588761/139‑1 (MQ=255) tgtgCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGa > 1:1107094/1‑139 (MQ=255) gctacagctGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCt < 1:152651/101‑1 (MQ=255) gggCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCaa > 1:860504/1‑138 (MQ=255) ggCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTa < 1:2045107/56‑1 (MQ=255) ggCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCt < 1:2286933/71‑1 (MQ=255) ggCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAAcc > 1:200364/1‑139 (MQ=255) cAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCaa > 1:2025115/1‑139 (MQ=255) aaGCTATCAGCCTGTTGCGCCACAACCGTGTGGTGTTGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCg < 1:368175/94‑1 (MQ=255) cgaTCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTGCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGa < 1:1253448/104‑1 (MQ=255) aTCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAAccc > 1:621015/1‑56 (MQ=255) aTCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGa > 1:863207/1‑71 (MQ=255) aTCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGCGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACg > 1:1825134/1‑139 (MQ=255) cggCCTGTTGCGAAACAACCGTGGGGTGATGCTCCCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCGTTACCACCGACTCAGCAGCTGGCCGGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACGGc < 1:2518336/137‑1 (MQ=255) ccTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGGAACCCGTTCTTTACCACGGACTCAGCAGCTTGCCTGCGGGGTATCGaa > 1:1792445/1‑94 (MQ=255) tGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGCAAGCAACCACAGTTGACGGCGTGtt > 1:1094986/1‑139 (MQ=255) gTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACGGCGTGttt < 1:906343/139‑1 (MQ=255) gTTGCGCAACAACCGTGTGGGGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGAtggg > 1:2676529/1‑104 (MQ=255) ttGCGCAACAACCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACGGCGTGttt > 1:2329999/1‑138 (MQ=255) caacCGTGTGGTGATGCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACGGCGTGTTTACCGCTGAt < 1:2266635/139‑1 (MQ=255) | GCGTGATGCACTGCACCGCGCCTATGTGAACGCTCGTCTGATGTCCGCTATTCCATTGAATGGCGTGTGCGACAGCTACAGCTGGGCAGAAGCTATCAGCCTGTTGCGCAACAACCGTGTGGTGATCCTCTCCGCCGGTACAGGTAACCCGTTCTTTACCACCGACTCAGCAGCTTGCCTGCGTGGTATCGAAATTGAAGCCGATGTGGTGCTGAAAGCAACCAAAGTTGACGGCGTGTTTACCGCTGAT > CP009273/188614‑188863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |