| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 4532507 | 9 (0.160) | 49 (1.020) | 22/116 | 0.5 | 86.9% | intergenic (+57/‑425) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) |
| ? | CP009273 | = 4532803 | 7 (0.150) | intergenic (+353/‑129) | fimE/fimA | tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA/major type 1 subunit fimbrin (pilin) | |||||
ATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAA > CP009273/4532737‑4532870 | aTAGAATATTAAGCCAACAGATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:3498578‑M2/68‑2 (MQ=255)aTAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAt < 1:4726468‑M2/68‑2 (MQ=255) aGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAATGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgg < 1:4010927‑M2/68‑4 (MQ=255) aGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgg < 1:67771‑M2/68‑4 (MQ=255) aGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgg > 1:2022918‑M2/1‑65 (MQ=255) gatattAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc > 1:3155275‑M2/2‑63 (MQ=255) aaTATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc > 1:4054118‑M2/1‑63 (MQ=255) aaTATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTATGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcc > 1:3015875‑M2/1‑63 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:2580524‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:1308679‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:3807866‑M2/68‑7 (MQ=255) atatTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccc < 1:4415064‑M2/68‑7 (MQ=255) atTAAGCCCACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca > 1:4505052‑M2/1‑60 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAATAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGTGTCAAAAtgggccca < 1:3852509‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTGTATGAGTCAAAAtggcccca > 1:963566‑M2/1‑60 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:4239096‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:4682930‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca < 1:2349745‑M2/68‑9 (MQ=255) atTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggcccca > 1:3521292‑M2/1‑60 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:1741901‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:1675404‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:2155111‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:3591951‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:527749‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:795452‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:2672148‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:1133449‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt < 1:3053163‑M2/68‑14 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgt > 1:2760168‑M2/1‑55 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGt < 1:1027013/68‑1 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGt > 1:2313193/1‑68 (MQ=255) gCCAACAAATAAACTGAAAAAGATTGTCCGAGAAGCTTTCCTCTATGAGACAAAAAGGCCCCAAATGt > 1:1268790/1‑68 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:3834818‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:692548‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:434744‑M2/1‑50 (MQ=255) caaATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgt > 1:2627693‑M2/1‑50 (MQ=255) aCTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtattgtatttatt < 1:300223‑M2/68‑26 (MQ=255) cTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttattt < 1:243219‑M2/68‑27 (MQ=255) aGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttt < 1:3041581‑M2/68‑34 (MQ=255) gTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:847698‑M2/1‑30 (MQ=255) gTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:3509134‑M2/1‑30 (MQ=255) gTCCGCGATGCGTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:3151957‑M2/1‑30 (MQ=255) gTCCGCGACGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtgtccccaatcgtcttgtatttatttgtttttttaact > 1:3508037‑M2/1‑30 (MQ=255) tCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactt > 1:897920‑M2/1‑29 (MQ=255) gccgCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactt > 1:1179705‑M2/2‑29 (MQ=255) ccGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttt < 1:3262122‑M2/68‑41 (MQ=255) cgcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttta < 1:3626199‑M2/68‑42 (MQ=255) cgcgATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaacttta < 1:4741656‑M2/68‑42 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:3995475‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag > 1:4046659‑M2/1‑16 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag < 1:1826261‑M2/68‑53 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag < 1:4148005‑M2/68‑53 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag < 1:861802‑M2/68‑53 (MQ=255) ccTCTATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataag < 1:703979‑M2/68‑53 (MQ=255) tctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgttttttttactttattatcaataagtt < 1:1187242‑M2/68‑55 (MQ=255) tctATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCaaa > 1:1620420/1‑68 (MQ=255) ctATGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagtta < 1:1938558‑M2/68‑56 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:3612393‑M2/1‑11 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:1512037‑M2/1‑11 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:4571722‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:3305729‑M2/1‑11 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa < 1:4456468‑M2/68‑58 (MQ=255) aTGAGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaa > 1:1788389‑M2/1‑11 (MQ=255) tGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCg < 1:1985732/68‑1 (MQ=255) gAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGt > 1:1826212/1‑68 (MQ=255) aGTCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatca < 1:2569847‑M2/68‑61 (MQ=255) tCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaa < 1:1750111‑M2/68‑63 (MQ=255) tCAAAAtggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaa > 1:269552‑M2/1‑6 (MQ=255) aaaatggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:2702320‑M2/1‑4 (MQ=255) aaaatggccccaattggcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:2697060‑M2/1‑4 (MQ=255) aaaaaggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacc > 1:328581‑M2/1‑4 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:4386166‑M2/68‑68 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct > 1:3016568‑M2/1‑1 (MQ=255) atggccccaattgtcttgtatttatttgtttttttaactttattatcaataagttaaatcaaacctct < 1:1007790‑M2/68‑68 (MQ=255) aTGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTacaaaa > 1:331095/1‑68 (MQ=255) | ATAGAATATTAAGCCAACAAATAAACTGAAAAAGTTTGTCCGCGATGCTTTCCTCTATGAGTCAAAATGGCCCCAAATGTTTCATCTTTTGGGGGAAAACTGTGCAGTGTTGGCAGTCAAACTCGTTTACAAAA > CP009273/4532737‑4532870 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |