| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 407,471 | C→T | W156* (TGG→TAG) | araJ ← | arabinose‑inducible putative transporter, MFS family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 407,471 | 0 | C | T | 94.0% | 206.3 / 3.6 | 67 | W156* (TGG→TAG) | araJ | arabinose‑inducible putative transporter, MFS family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base T (44/19); total (48/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.53e-01 | |||||||||||
CCAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATCCCG > CP009273/407407‑407536 | ccAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGTGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGc < 1:4126600/68‑1 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt > 1:939992/1‑68 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt > 1:1279183/1‑68 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt > 1:3614536/1‑68 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt > 1:1620893/1‑68 (MQ=255) agagCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTcc < 1:747566/68‑1 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTACCGCTAGCTAAATTCCTg > 1:4249587/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:2992858/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:3955070/1‑68 (MQ=255) ccGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGa > 1:4598741/1‑68 (MQ=255) ccGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGa > 1:2238010/1‑68 (MQ=255) gttGCCATCACCGCAATATTATAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:2162413/66‑1 (MQ=255) gaagCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4648514/65‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCTATATAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:408952/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:461558/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:1068733/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:280139/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:926752/68‑1 (MQ=255) gATCCCATCTCCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:2271079/68‑1 (MQ=255) ccATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAATAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTaaa < 1:1639188/68‑1 (MQ=255) gCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTcc > 1:3147327/1‑68 (MQ=255) tatTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGc < 1:796490/68‑1 (MQ=255) tatTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGc < 1:3860832/68‑1 (MQ=255) atTAAAAACAGCGATCTATAAAAAGGTGTTTCGGTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAggg > 1:981710/1‑66 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAATAACGTTCCCTGCGGAATg > 1:4012185/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:3917557/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCTGCGGAATg > 1:621097/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGGTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:2897327/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:2902116/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:4373088/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3338439/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:901085/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3409148/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3937640/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:1290175/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTGAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3423790/1‑68 (MQ=255) aGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCa < 1:2883356/68‑1 (MQ=255) cGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGc < 1:2265758/68‑1 (MQ=255) gATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCa > 1:2366801/1‑68 (MQ=255) aTCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCaa < 1:3401512/68‑1 (MQ=255) aTAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTg > 1:1442580/1‑68 (MQ=255) aaaaaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGc < 1:1522822/68‑1 (MQ=255) aaaaaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGc > 1:1900651/1‑68 (MQ=255) aaaaGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCg > 1:2423799/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:119108/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:1544074/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:183316/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:4287219/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:3111870/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:3132605/1‑68 (MQ=255) ggTGTATCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:3335982/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:4223052/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:391709/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:1237840/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:352732/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:898910/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:814867/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:335518/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:682686/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:482043/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:4737918/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:2994964/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:341680/1‑68 (MQ=255) aaCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATc > 1:1586538/1‑68 (MQ=255) aCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATcc < 1:1663457/68‑1 (MQ=255) aCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATcc < 1:2577614/68‑1 (MQ=255) gCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATCCCg > 1:4347222/1‑68 (MQ=255) | CCAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATCCCG > CP009273/407407‑407536 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |