| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 407,471 | C→T | W156* (TGG→TAG) | araJ ← | arabinose‑inducible putative transporter, MFS family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 407,471 | 0 | C | T | 92.8% | 249.8 / 7.1 | 84 | W156* (TGG→TAG) | araJ | arabinose‑inducible putative transporter, MFS family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/3); new base T (54/23); total (57/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
CCAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATCCC > CP009273/407407‑407535 | ccAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGc < 1:1871346/68‑1 (MQ=255) cAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCt < 1:4334795/68‑1 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAATGTGTAACGCTACCTAAAta > 1:2133057/1‑67 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt < 1:613341/68‑1 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt > 1:5024918/1‑68 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAAtt > 1:5303539/1‑68 (MQ=255) aGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTcc > 1:2817044/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:2967237/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:3877458/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATAAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:5495859/1‑68 (MQ=255) ccGATGCCCTCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGa > 1:1026474/1‑68 (MQ=255) ccGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGa < 1:4381844/68‑1 (MQ=255) cGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGAc < 1:2054646/68‑1 (MQ=255) tctGCCATCACCGCAATATTAAAACCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCAAGCTAAATTCCTGACt < 1:2141920/66‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGTTCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4423161/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAATAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:1524828/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4025677/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4418410/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATACCTGACt < 1:2224228/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAACGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4155788/68‑1 (MQ=255) aTGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACtt < 1:985260/68‑1 (MQ=255) gCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTaa > 1:5953802/1‑68 (MQ=255) gCCATCACCGCAAAATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTaa < 1:3749713/68‑1 (MQ=255) cACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACg > 1:4006454/1‑68 (MQ=255) aCCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGt > 1:5704215/1‑68 (MQ=255) gCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTcc < 1:5239433/68‑1 (MQ=255) tatTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGc < 1:4911778/68‑1 (MQ=255) ttAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCgg < 1:3292051/68‑1 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAGGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:3719066/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACTCTAGGTAAATTGGTGACTTAAATACGTTGCCATCGGAATg > 1:2697393/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:4970095/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:5041169/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:4048292/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:496756/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:1576369/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGGTAAATTCCTGACTTAGATACGGTCCCAGGGGAATg > 1:1232741/1‑68 (MQ=255) aaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGc < 1:2813639/68‑1 (MQ=255) aaCAGCGATCAATAAAAACGAGAAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGc < 1:5043349/68‑1 (MQ=255) aCAGCGATCTATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAATTACGTTCCGAGCGGAATGcc > 1:5944100/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTGCTGACTTAAATACGTTCGCCGCGGAATGcc > 1:962810/1‑68 (MQ=38) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:2425294/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:1693216/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:5373646/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:5616294/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:809675/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:876664/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:913329/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:4335590/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:2425293/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:1986604/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:2097122/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:1728682/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3698373/1‑68 (MQ=255) aGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCa > 1:4801739/1‑68 (MQ=255) cGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGc < 1:5204658/68‑1 (MQ=255) aTCACTAAAAAGGTGTAACGCTACCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCaa < 1:3204254/68‑1 (MQ=255) tCATTAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCaaa < 1:2601629/68‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCTGCAAATTGGCGAc > 1:4970676/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAATTTGGCGAc > 1:2694241/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:1271734/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:941560/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:6029862/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:2183768/1‑68 (MQ=255) aGGGGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAAATGGCGACt < 1:5510102/68‑1 (MQ=255) ggTGTATCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAGTg > 1:3956251/1‑68 (MQ=255) ggTGTATCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:1005271/1‑68 (MQ=255) ggTGTATCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCACAGCAAATTGGCGACTg > 1:5000615/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTGCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:2471941/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAATTACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:1338166/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:1982506/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:941167/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:4997584/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:3975978/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:2070438/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCAAGCAAATTGGCGACTg > 1:1429945/1‑68 (MQ=255) gtgtAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGt < 1:2667185/68‑1 (MQ=255) tgtAACGCTAGCTAAATTGCTGTCTTAAATCCGTTCCCAGAGGAATGCCCAGCAATTTGGCGACTgac > 1:5571982/1‑66 (MQ=255) tgtAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTc < 1:2510982/68‑1 (MQ=255) gtAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCa > 1:5968930/1‑68 (MQ=255) aaCGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATc > 1:4819463/1‑68 (MQ=255) cGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATccc < 1:682291/68‑1 (MQ=255) cGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATccc > 1:751663/1‑68 (MQ=255) cGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATccc > 1:4273695/1‑68 (MQ=255) cGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATccc < 1:1938/68‑1 (MQ=255) | CCAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTCATCCC > CP009273/407407‑407535 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |