| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 407,471 | C→T | W156* (TGG→TAG) | araJ ← | arabinose‑inducible putative transporter, MFS family |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 407,471 | 0 | C | T | 98.4% | 208.0 / ‑5.2 | 63 | W156* (TGG→TAG) | araJ | arabinose‑inducible putative transporter, MFS family |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (46/16); minor base A (1/0); total (47/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
CCCAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTC > CP009273/407406‑407530 | cccAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAg < 1:2159210/68‑1 (MQ=255) ccAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAATAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGc < 1:2179478/68‑1 (MQ=255) ccAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGc < 1:1571278/68‑1 (MQ=255) cAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCt < 1:1687178/68‑1 (MQ=255) aTAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt > 1:1150308/1‑68 (MQ=255) aTAGACCGATGCCAACACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAAtt < 1:3654278/68‑1 (MQ=255) aGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTcc > 1:889987/1‑68 (MQ=255) aGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTcc > 1:69979/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:493369/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:1909287/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:1982632/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:161938/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:3824961/1‑68 (MQ=255) aCCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTg > 1:3165325/1‑68 (MQ=255) cGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGAc < 1:4799225/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAAGAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4410782/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:1982879/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:4706700/68‑1 (MQ=255) gATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACt < 1:3579984/68‑1 (MQ=255) cACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACg > 1:1530601/1‑68 (MQ=255) aCCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGt > 1:1905515/1‑68 (MQ=255) cAATATTAAAAACAGCGATCTATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTccc < 1:3636184/68‑1 (MQ=255) tatTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGc < 1:3085972/68‑1 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATGAAAAGGTGTAACACAAGCTAAATTCCTGACGTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:1009818/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAGGGTGTAACGGTACGTAATTTCAGGCCTTAAATCCGTACCCGGGGGAATg > 1:366602/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGAGTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:387707/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:2986136/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:4421784/1‑68 (MQ=255) aaaCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATg > 1:3777540/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGTATGcc > 1:193362/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATggc > 1:4851715/1‑66 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3882946/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:449949/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:4504232/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:4760591/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:1057028/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:2712927/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:3438574/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:576706/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:1298971/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGcc > 1:4703029/1‑68 (MQ=255) aCAGCGATCAATAAAAAGGAGTAACGATAGCGAAATTCCTGACTAAAATACGTTCCCAGCTGAATGca > 1:5067725/1‑67 (MQ=255) cAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGccc < 1:3913309/68‑1 (MQ=255) aGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCTAGCGAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCa > 1:5220279/1‑68 (MQ=255) tAAAAAGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTgg < 1:4219434/68‑1 (MQ=255) taaacGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGc < 1:3934359/67‑1 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:335962/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:2049786/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:5106656/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:2951253/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:3441411/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:3354725/1‑68 (MQ=255) aaGGTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACATAAATAGGTTCCCTGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGAc > 1:5130278/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:4659770/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:2630326/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:4326174/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:432580/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:1783557/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:2832723/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:3360524/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATAGGCGACTg > 1:3736612/1‑68 (MQ=255) ggTGTAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTACCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTg > 1:5149781/1‑68 (MQ=255) tgtAACGCTAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTc < 1:4027937/68‑1 (MQ=255) | CCCAAAAATAGACCGATGCCATCACCGCAATATTAAAAACAGCGATCAATAAAAAGGTGTAACGCCAGCTAAATTCCTGACTTAAATACGTTCCCAGCGGAATGCCCAGCAAATTGGCGACTGTC > CP009273/407406‑407530 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |