New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 688330 | 0 (0.000) | 15 (0.240) | 15/388 | 2.5 | 100% | noncoding (716/1195 nt) | IS5 | repeat region |
? | NC_000913 | 688334 = | NA (NA) | noncoding (712/1195 nt) | IS5 | repeat region |
GAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCG‑TTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCG‑AAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCG‑AAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑AAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGA > NC_000913/687871‑688633 | gAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCGTTTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAG‑TTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCG‑AAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGC‑TTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCG‑AAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCCGGGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGG‑CAGCTCCTCGCGCTGTGGCG‑CCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctc > 1:78221‑M1/1‑459 (MQ=255) tttAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCGAAAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCG‑AAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCG‑CCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑Atgctcctctccatgcagcagattaccccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccagg > 1:90197‑M1/1‑335 (MQ=255) aTCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCG‑AAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCACGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctcc > 1:156112‑M1/1‑254 (MQ=255) aCGAAGCCGAACTGTCGCTTGATG‑TGCG‑AAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGC‑TTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTGTTTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑‑GGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑Attgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttgcatcgacaccatgtgggcctcatgccaagtgccactgatttgcctt > 1:575511‑M1/1‑217 (MQ=255) cGCTTGATGATGCGAAAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttggcatcgacaccaatgtgggcctcatgccaaagtgccactgattgcctttcttggtctgatgcatctccggatcgcgttgctgctctttgt > 1:29542‑M1/1‑206 (MQ=255) gCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGG‑CAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑Attcgctcctctccat > 1:413538‑M1/1‑170 (MQ=255) tGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttggcatcgacaccaatgt > 1:575517‑M1/1‑144 (MQ=255) aTGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGG‑CAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctgcccatgccagagattacccag > 1:90214‑M1/1‑138 (MQ=255) ttGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGG‑CAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttggcatcgacaccaatgtgggccttcatgccaaagtgccactgattgcctttctt > 1:413544‑M1/1‑129 (MQ=255) cTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtggggtca > 1:413546‑M1/1‑125 (MQ=255) ttCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgcgtcctctccagtgcagcagattcccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttggcatcgacaccaatgtgggcctcatgccaaagtgccactgattgccttttcttggtctgatgcatctccggatcgcgttgctgctcttttgttcttggtcgagctgggtgcctcaatgtggtggcatcgaccaggtgcttgagtcatcatgacgctgcttcggccagccagcgattgatggtcttgaacattggcggccagttgatgctgct > 1:544744‑M1/1‑109 (MQ=255) gCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGG‑CAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑Atgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggc > 1:90221‑M1/1‑90 (MQ=255) cACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgctgggtggtgaccagggctgtgggtcaggccac > 1:544751‑M1/1‑59 (MQ=255) gcgcTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑Atgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttgcatcgacaccatgtggcctcatgccaagtg > 1:167139‑M1/1‑40 (MQ=255) gcgcCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGACAAtgctcctctccatgcagcagattacccagctgattgaggtcatgctcgttggccgcggtggtgaccaggctgtgggtcaggccactcttggcatcgacaccaatgtg > 1:392934‑M1/1‑33 (MQ=255) | GAAATTCTTCTCGGCTGACTCAGTCATTTCATTTCTTCATGTTTGAGCCGATTTTTTCTCCCGTAAATGCCTTGAATCAGCCTATTTAGACCG‑TTTCTTCGCCATTTAAGGCGTTATCCCCAGTTTTTAGTGAGATCTCTCCCACTGACGTATCATTTGGTCCGCCCG‑AAACAGGTTGGCCAGCGTGAATAACATCGCCAGTTGGTTATCGTTTTTCAGCAACCCCTTGTATCTGGCTTTCACGAAGCCGAACTGTCGCTTGATGATGCG‑AAATGGGTGCTCCACCCTGGCCCGGATGCTGGCTTTCATGTATTCGATGTTGATGGCCGTTTTGTTCTTGCGTGGATGCTG‑TTTCAAGGTTCTTACCTTGCC‑GGGGCGCTCGGCGATCAGCCAGTCCACATCCACCTCGGCCAGCTCCTCGCGCTGTGGCGCCCCTTGGTAGCCGGCATCGGCTGAGAC‑AAATTGCTCCTCTCCATGCAGCAGATTACCCAGCTGATTGAGGTCATGCTCGTTGGCCGCGGTGGTGACCAGGCTGTGGGTCAGGCCACTCTTGGCATCGACACCAATGTGGGCCTTCATGCCAAAGTGCCACTGATTGCCTTTCTTGGTCTGATGCATCTCCGGATCGCGTTGCTGCTCTTTGTTCTTGGTCGAGCTGGGTGCCTCAATGATGGTGGCATCGACCAAGGTGCCTTGAGTCATCATGACGCCTGCTTCGGCCAGCCAGCGATTGATGGTCTTGAACAATTGGCGGGCCAGTTGA > NC_000913/687871‑688633 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |