Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 618,084 | 0 | T | . | 61.1% | ‑1.8 / 10.1 | 18 | intergenic (+46/‑170) | entF/fepE | apo‑serine activating enzyme/polysaccharide co‑polymerase family protein FepE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (6/1); new base . (3/8); total (9/9) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.84e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
ACGCTGATGCTGTGCGCCTGCTGACGACTGCTCATAGCGTACCGTTTGACGGTAAAGCGACGCTGTTTGTTGCTGAACGCACACTTCAGGAAGGTATGAGTCCCGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACG‑TTTG‑AAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATT‑AATATTATTTAT‑AAACCCAT‑AATTAC‑AGAAAATAATTATGGG‑TTTTTTA‑TTTG‑TTTG‑A‑TTTA‑TAGGTTTGATGAATATTTCTCTT‑AAATAGAGTGAATGTTGCATTCAGTGGAAGGAATTTAC‑AAACTTCAGCTTCGGATAATTATCACCAACTGGTAAAGTGAGCGCCGTGGAGATTTCCCCCTATTGGACTCATTTTCAGGTTATACCCCATGTCATCACTGAATATTAAACAGGGAAGTGACGCTCATTTTCCCGATTATCCTCTGGCGT > NC_000913/617806‑618314 | aCGCTGATGCTGTGCGCCTGCTGACGACTGCTCATAGCGTACCGTTTGACGGTAAAGCGACGCTGTTTGTTGCTGAACGCACACTTCAGGAAGGTATGAGTCCCGAACGCGCCTGGTCGCCGTGGATAGCGGAGCTGGATATCTATCGTCAGGATTGTGCGCATGTGGATATTATCTCTCCAGGGACGTTTTG‑AAAAAATTGGGCCGATTATTCGCGCAACGCTAAACAGGTAAATT‑AATATTATTTAT‑AAACCCAT‑AATTAC‑AGAAAATAATTATGGG‑t > 1:818187/1‑280 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |