| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,650,461 | C→A | 39.1% | pseudogene (384/921 nt) | ydfE → | Qin prophage; protein YdfE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,650,461 | 0 | C | A | 39.1% | 32.1 / 29.2 | 31 | pseudogene (384/921 nt) | ydfE | Qin prophage; protein YdfE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/12); new base A (5/6); total (12/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
GGACTGCGCTTATAAATTTATTGTCTGCGAGGATAAACCTGGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGACGGACATATCGTTGAAGCGTTGATGAAAATGCCAGAAGTTAACGCCATGTATCCGGAGCTTAAGTTGCACGCCATTGGGTGGGTTAAGCATAAATGTATTCCTGGTGCTAAATGGCCCGAAATTCAGGCAGAGATGCGCATCTGGAAAAAACGTCGCGAAGGTGAACGCAAGGAAACCGGAAAATACACGTCT > NC_000913/1650233‑1650710 | ggACTGCGCTTATAAATTTATTGTCTGCGAGGATAAACCTGGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGtt < 1:428394/232‑1 (MQ=255) tataAATTTATTGTCTGCGAGGATAAACCTGGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGtt < 1:71447/222‑1 (MQ=255) tataAATTTATTGTCTGCGAGGATAAACCTGGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACAGtt < 1:127598/222‑1 (MQ=255) aTTTATTGTCTGCGAGGATAAACCTGGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACAtt < 1:249733/267‑1 (MQ=255) tggttctgggggggATAAACCGTGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGACGGAc < 2:92897/260‑1 (MQ=255) 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ttGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGa > 1:410449/1‑124 (MQ=255) tGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGAc < 2:410449/124‑1 (MQ=255) gCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGACGGACATATCGTTGAAGCGTTGATGAACATGCCAGAAGTTAACGCCATGTATCCGGAGCTTAAGTTGCACGCCATTGGGTGGGTTAAGCATAAATGTATTCCTGGTGCTAAATGGCCCGAAATTCAGGCAGAGAAGCGCAACTGGAAAAAACGt > 1:126025/1‑267 (MQ=255) cATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACAGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGACGGACATATCGTTGAAGCGTTGATGAAAATGCCAGAAGTTAACGCCATGTATCCGGAGCTTAAGTTGCACGCCATTGGGTGGGTTAAGCATAAATGTATTCCTGGTGCTAAATGGCCCGAAAtt > 1:73173/1‑214 (MQ=255) 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2:311553/111‑1 (MQ=255) | GGACTGCGCTTATAAATTTATTGTCTGCGAGGATAAACCTGGCATACCCCGCCCTGCCCTCGATTCATGGGATGCTGAATATATGCAGGAAAACCGCTGGGATGAGGAGTCTGCTTCTTTTGTCCCGGTTGAGACTGAATCCGATCCGATGAACGTCACTTTTGACAAGCTGGCCCCTGAAGTACAGAACGCTGTCATGGTTAAGTTCGACACATGTGAAAACATCACCGTTGATATGGTTATTAGCGCACAGGAATTGTTGCAGGAAGACATGGCAACATTCGACGGACATATCGTTGAAGCGTTGATGAAAATGCCAGAAGTTAACGCCATGTATCCGGAGCTTAAGTTGCACGCCATTGGGTGGGTTAAGCATAAATGTATTCCTGGTGCTAAATGGCCCGAAATTCAGGCAGAGATGCGCATCTGGAAAAAACGTCGCGAAGGTGAACGCAAGGAAACCGGAAAATACACGTCT > NC_000913/1650233‑1650710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |