| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,547,239 | T→A | 6.3% | intergenic (‑70/‑162) | yddG ← / → fdnG | aromatic amino acid exporter/formate dehydrogenase N subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,547,239 | 0 | T | A | 6.3% | 216.6 / 4.4 | 63 | intergenic (‑70/‑162) | yddG/fdnG | aromatic amino acid exporter/formate dehydrogenase N subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/29); new base A (2/2); total (32/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.40e-01 | |||||||||||
GGCGAGTAAATAGCCTTTCGGGATTTGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATACCCCTGAAAAAAGAGGAAAGCAATGGACGTCAGTCGCAGACAATTTTTTAAAATCTGCGCGGGCGGTATGGCTGGAACAACAG > NC_000913/1546969‑1547461 | cggaggtaaaagcccTTTCGGGATTTACCGAAAACGCGGAAATCCAACCGGGGAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAAACGATGGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTc < 2:451891/259‑1 (MQ=255) gATTTGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTc < 1:298323/270‑1 (MQ=255) ttGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCAGCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCg < 1:468985/272‑1 (MQ=255) cagcCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGGTCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTTCAATTT‑CGAAgggcggtgattttt > 2:287279/1‑260 (MQ=255) 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atcaatcCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGGTGTTCTTTTTGATTTCACGCAAAAAAATTTAAAATTTTAATTTTAGTTTTCtt > 2:461391/1‑268 (MQ=255) atcaatcCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTc > 1:253413/1‑266 (MQ=255) tcaatcCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTc < 1:58138/160‑1 (MQ=255) tACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAgtgg > 2:724658/1‑143 (MQ=255) tACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGGGCAAAAAATTTCAGCAATTTAATGTTAGTTTCCTCCCTCCGTaaaa > 2:1070381/1‑270 (MQ=255) aCCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAgtggt < 1:724659/143‑1 (MQ=255) tGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTGTTTCTACCGCTATTGAGGCAGG‑TCAATTTGCGATGGCGGATTATTTTTTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCCAAAAGATTACGAATTTTATTTTTAATTTTCTCTGGCAGTAAAAcaccgtaa > 1:1037231/1‑268 (MQ=255) cacaGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAATCGGTGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAATTTCAGAATTTTAATTTTAGTTTTCTCCGCCAGTACAACCCCTTaaaaaaa > 2:494228/1‑271 (MQ=255) caGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAAtt > 1:418693/1‑162 (MQ=255) aGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAAttt < 2:418692/162‑1 (MQ=255) gACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCg > 2:975326/1‑140 (MQ=255) 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cATTTTTTTAACTGGCCTGACAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATACCCCTGaaaaa > 1:584491/1‑170 (MQ=255) aTTTTTTTAACTGGCCTGACAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATACCCCTGaaaaaa < 2:584490/170‑1 (MQ=255) | GGCGAGTAAATAGCCTTTCGGGATTTGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGG‑TCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATACCCCTGAAAAAAGAGGAAAGCAATGGACGTCAGTCGCAGACAATTTTTTAAAATCTGCGCGGGCGGTATGGCTGGAACAACAG > NC_000913/1546969‑1547461 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |