| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,011,665 | G→T | 100% | pseudogene (687/1129 nt) | yedN ← | putative type III secreted effector, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,011,665 | 0 | G | T | 100.0% | 269.9 / NA | 71 | pseudogene (687/1129 nt) | yedN | putative type III secreted effector, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (37/34); total (37/34) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGACAACCTCAATATCACACTCCATACGTGCTTTCTCCAGATGATTTGGGAAGTATTGAATTTCTTTTATCTTATTATCGCCACAATTAAACAGCTTAGTAGTCTCAGGCATTGCTGGTATTTACCATATTTTATTGCGATAAATAGAAATTGTCATAGCCTTTGACGGAGATGAGTCAACACGCGATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGGAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTAAACAATCTCACCAATGCTATATCCACATTTTTTTTGAAGTCATTCGATGCGCCTTCTTTTACTGAATTAGCCC > NC_000913/2011428‑2011916 | agaCAACCTCAATATCACACTCCATACGTGCTTTCTCCAGATGATTTGGGAAGTATTGAATTTCTTTTATCTTATTATCGCCACAATTAAACAGCTTAGTAGTCTCAGGCATTGCTGGTATTTACCATATTTTATTGCGATAAATAGAAATTGTCATAGCCTTTGACGGAGATGAGTCAACACGCGATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGaa > 2:710564/1‑259 (MQ=255) 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atatTTTATTGCGATAAATAGAAATTGTCATAGCCTTTGACGGAGATGAGTCAACACGCGATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAAATCTGTTAAGTCAAGTTTACTaaat > 2:65324/1‑269 (MQ=255) tatTTTATTGCGATAAATAGAAATTGTCATAGCCTTTGACGGAGATGAGTCAACACGCGATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTAtt < 1:65324/270‑1 (MQ=255) aTTGCGATAAATAGAAATTGTCATAGCCTTTGACGGGGATGAGTCAACACGCGATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGtt < 2:182197/272‑1 (MQ=255) 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1:49064/1‑150 (MQ=255) cgATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTAAACAATCTCACCAATGCTATATCCACATTTTTTTTGAAGt > 1:627376/1‑272 (MQ=255) gATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCa < 2:49064/150‑1 (MQ=255) tatCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCACAGACCCCAAGTGAAGATCTTTTAAGTCAATTTTACTTTTGTGGAATTCAAAACATTTAAACCATCTCAACAATGAAATAACTCCACTTTTTTTGCAGtaca > 2:454386/1‑269 (MQ=255) tCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGc > 1:913191/1‑140 (MQ=255) 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gagaCCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTAAACAATCTCACCAATGCTATATCCACATTTTTTTTGAAGTCATTCGATGAGACTTCTTTTa > 1:284392/1‑271 (MQ=255) agaCCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCa < 2:62291/123‑1 (MQ=255) agaCCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGtt < 2:971695/198‑1 (MQ=255) ccTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGAt > 1:694571/1‑114 (MQ=255) cTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATa < 2:694570/114‑1 (MQ=255) 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gATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTc > 2:302660/1‑107 (MQ=255) gATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTaaa > 1:422257/1‑191 (MQ=255) gATACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTaaa > 1:375333/1‑191 (MQ=255) aTACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTAt < 2:783941/87‑1 (MQ=255) aTACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTAt < 2:141736/87‑1 (MQ=255) aTACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATa < 1:778559/97‑1 (MQ=255) aTACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCa < 1:302661/107‑1 (MQ=255) aTACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTAAAc < 2:375332/191‑1 (MQ=255) aTACTTTTGTAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTAAAc < 2:422256/191‑1 (MQ=255) | AGACAACCTCAATATCACACTCCATACGTGCTTTCTCCAGATGATTTGGGAAGTATTGAATTTCTTTTATCTTATTATCGCCACAATTAAACAGCTTAGTAGTCTCAGGCATTGCTGGTATTTACCATATTTTATTGCGATAAATAGAAATTGTCATAGCCTTTGACGGAGATGAGTCAACACGCGATATCAGATTATTATCTACGGAGACCTGGGTAATTCCATCGGATACTTTTGGAAATACCATATAATTATTGAAATCGAGCTCTAATTCTTTGCAGAATTTGGGAATTTGTATTGTGGCAAGGCCATTATGACGAAGATAAAGCACCTCAATCCAGGATGGAAGAGGTGGCAAAGACCCCAAGTGAAGATCTGTTAAGTCAAGTTTACTATTGTGGAGTTCAACACATTTAAACAATCTCACCAATGCTATATCCACATTTTTTTTGAAGTCATTCGATGCGCCTTCTTTTACTGAATTAGCCC > NC_000913/2011428‑2011916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |