| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 131,353 | A→G | 5.2% | intergenic (‑93/‑262) | yacH ← / → acnB | DUF3300 domain‑containing protein YacH/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 131,353 | 0 | A | G | 5.2% | 255.1 / 3.4 | 77 | intergenic (‑93/‑262) | yacH/acnB | DUF3300 domain‑containing protein YacH/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/39); new base G (2/2); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 | |||||||||||
AACGTAACCGCGGCAGCGTCAGACACAGCCAGTTGTGTCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAG‑CCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTAC‑GGA‑GGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCACTATGACAATG > NC_000913/131097‑131596 | aaCGTAACCGGTGAAGCGTACGAAACAGTGTGTTGTGGCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGGGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCTGCACAAAG‑CCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTc < 2:162499/272‑1 (MQ=255) 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gggAATCCGGGTTAAAAGAGGAGGTATTTTAAATTTTGACTAATCTGGGGTTTCTGTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTAC‑GTA‑GGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCAc < 2:642723/270‑1 (MQ=255) tataAAGGTGGGGTTGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAAGGGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTAC‑GGA‑GGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCACTATGACAATg < 2:792425/271‑1 (MQ=255) ataAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTgag > 2:995944/1‑48 (MQ=255) ataAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTAC‑GGA‑GGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTaa > 1:326156/1‑161 (MQ=255) 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AACGTAACCGCGGCAGCGTCAGACACAGCCAGTTGTGTCGATTGCGGTTCCACAGGCGCTTCCACTGTGCGGCTTTTTATATATAGCCCGGTAGAGGCGGCACAAAG‑CCCGGCACTGCAAATTAGCGCCAGCACATGGGGTTTAAACGGCAAAGTCATTTTCATAATTCGGATCTCAAGGAAATCGCAATGGTCGGCGAACTGCCACCCGCAGGTGCTGTGAATCCGAGTATAAAGAGGCGGTAGTTTAAATTTTGACTAATCTTGGGATTCGTTGAGAAAGGTGATTATCACCATGCGAATTAACGAAGTTTTTAC‑GGA‑GGGAAACAATCTCTAGACCATCCTTAACGATTCAGCCACTTTTTTATGTTGCTTTTTTGTAAACAGATTAACACCTCGTCAAAATCCTGCTATTCTGCCCGTTGCGGTACTGGGCATTTACCCTACAAACTGCTGTCTCACAGGAGCGTGAAGAGAATCGCCTGCCGCACTATGACAATG > NC_000913/131097‑131596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |