| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 515,859 | C→G | 100% | intergenic (‑86/‑60) | qmcA ← / → fetA | PHB domain‑containing protein/putative iron ABC exporter ATP‑binding subunit FetA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 515,859 | 0 | C | G | 98.4% | 214.3 / ‑6.2 | 62 | intergenic (‑86/‑60) | qmcA/fetA | PHB domain‑containing protein/putative iron ABC exporter ATP‑binding subunit FetA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base G (32/28); total (32/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GCGACCAATGCGATCCATAAACGGCACCACCAGACTGAGCCCCGGCTGTAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCATTGATCAGCCCAACCAGCGGAACGTTACTGTTTGAAGGT > NC_000913/515603‑516122 | gCGACCAATGCGATCCATAAACGGCACCACCAGACTGAGCCCCGGCTGTAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGCATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCACCTTATTCCTGCg > 1:473769/1‑272 (MQ=255) cccccAGTGCGCCCCATAAACGGCCCCACCGGACTGGGCCCCGGCTGGAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGa < 2:473768/269‑1 (MQ=255) tAAACGGCACCACCAGACTGAGCCCCGGCTGTAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGAATACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTACTGCGAAGGATAAACTGttttt > 1:1004634/1‑272 (MQ=255) accaGACTGAGCCCCGGCTGTAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTAATTCCCGCGAAGGAAAAACTGTGTTTAGTAAAAATCa > 2:89491/1‑272 (MQ=255) cccGGCTGTAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAAc > 1:131375/1‑272 (MQ=255) aacccttttGGTGATCGAGACCAAACCGTTCTCCTGTCCACGGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGAAAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGGTAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATg < 2:1004633/267‑1 (MQ=255) aaaGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTcc > 1:1014596/1‑199 (MQ=255) aaaGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACACGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATACAGATAAGCATCGGAAAAACCTACTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCACCTTATTACTGCGAAGGAAAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAAAAGCGATGCAGCAAAATAgaaatatgcatc > 1:174349/1‑261 (MQ=255) aaGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCt < 2:1014595/199‑1 (MQ=255) cTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTCCCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCgg > 1:1056866/1‑272 (MQ=255) cTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCg > 1:180762/1‑271 (MQ=255) tACGATTTTGACTCCCGCTCCGACAATGACCAGCTCGAATAAAAGGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATg < 1:913892/272‑1 (MQ=255) cGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCt > 1:661645/1‑147 (MQ=255) gACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTg < 2:661644/147‑1 (MQ=255) 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aCAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGt < 2:1064720/192‑1 (MQ=255) cAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTTCTGTTGTACCGTCCATAAGCAGCAAAATTTCTTCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGATAGTTGCCTCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGaaaa < 1:903013/187‑1 (MQ=255) ggagaATGGTGATACAGTATAGCTTCGTAACATCCTCCTGTTGTCCCGTCCATAATCAGCAAAATTGTTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGaa < 2:174349/271‑1 (MQ=255) tCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAACCCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTaa < 1:89491/271‑1 (MQ=255) ataTAAGCATCGGAAAAACCTCCAGTTTTACCGTCCCTAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTAcc < 2:131375/270‑1 (MQ=255) aTAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGAt > 2:124737/1‑155 (MQ=255) tAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATg < 1:124737/155‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tgtACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAAt < 1:111727/242‑1 (MQ=255) cATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGa > 1:70378/1‑106 (MQ=255) aTAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTTCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAACACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATACTTAATAACATCACTTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACAGGACCTTCTGGTTGT‑GGCAAAATAACGCTACTaaaa > 1:1084244/1‑272 (MQ=255) aTAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGaa < 2:70378/106‑1 (MQ=255) aTAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAgg > 1:97544/1‑126 (MQ=255) 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aTAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTaaaa > 2:965658/1‑272 (MQ=255) aTAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCAGGTTGTGGGCAAAAgaaagggtcaaaa > 2:1067195/1‑260 (MQ=255) tAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGa < 2:97544/126‑1 (MQ=255) tAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCt < 2:877336/147‑1 (MQ=255) 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tacttttttatgaaaaGGGAGTTCCCCCTTTTTCCTGCGAAGGTTAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGAGTCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATACTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCATTGATCAGCCCAACCAGCGGAACg < 2:1084243/259‑1 (MQ=255) taagagttaggagTTGCTCCTTTTTCCGTAGAAGTATAACTTGTTATTAGTAAAAATAAAAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTGCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACGTCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCTAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCATTGATCAGCCCAACCAGCGGAACGTTACTGtt < 1:1045683/262‑1 (MQ=255) aCTGAAAGAGATTTGCCCCCTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGAt > 1:302481/1‑131 (MQ=255) aCTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCa > 1:392146/1‑239 (MQ=255) cTGAAAGAGATTTGCCCCCTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATg < 2:302480/131‑1 (MQ=255) cTGAAAGAGAGTTGCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCAt < 2:392145/239‑1 (MQ=255) gtaggtttCCCCTTTTTTCGGGAGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCATTGATCAGCCCAACCAGCGGAACGTTACTGTTTGAAGGt < 2:1056865/266‑1 (MQ=255) | GCGACCAATGCGATCCATAAACGGCACCACCAGACTGAGCCCCGGCTGTAACGTTTTGGT‑ATAGCGACCAAAGCGTTCTACTGTCCACTGATAGCCCTGCGGTACGATTTTGACACCCGCGCCGACAATGACCAGCGCGACAAAAATGAGAATCGGGATAAAGATAAGCATCGGAAAAACCTCCTGTTGTACCGTCCATAATCAGCAAAATTGCTGCTTGATTAAACAAATTATACCTGATTACTGAAAGAGAGTTCCCCCTTATTCCTGCGAAGGATAAACTGTTTTTAGTAAAAATCAGAAAAAGGGAACAGCGATGCAGGAAAATAGTCCTTTGCTTCAGCTACAAAACGTAGGATATCTGGCGGGTGATGCGAAGATTCTTAATAACATCAATTTTTCGCTGCGTGCTGGCGAATTTAAGTTAATTACCGGTCCTTCTGGTTGT‑GGCAAAAGTACGCTGCTAAAAATAGTTGCTTCATTGATCAGCCCAACCAGCGGAACGTTACTGTTTGAAGGT > NC_000913/515603‑516122 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |