| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 263,603 | G→A | 18.8% | Q23* (CAA→TAA) | ykfI ← | CP4‑6 prophage; toxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 263,603 | 0 | G | A | 18.8% | 47.9 / 2.4 | 21 | Q23* (CAA→TAA) | ykfI | CP4‑6 prophage; toxin of the YkfI‑YafW toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/9); new base A (2/2); total (10/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCCTGTCGATACGAACCAGCTCGTATTTTTCTACCAGAAAATTCACGGCATCGGCTAGGGTGATACCGGCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGC > NC_000913/263438‑263791 | tCCTGTCGATACGAACCAGCTCGTATTTTTCTACCAGAAAATTCACGGCATCGGCTAGGGTGATACCGGCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACg > 1:159303/1‑179 (MQ=255)gcgtatCGGTATGAACCGGCTGGTGTTTTTTTACCGTAAATTTCACGTGGTCGGCTTGAGTTGTACCGGCATCATGGTGTTCCTGAATCCCGGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATGGTCATACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACTGGTAACAGGCAGTGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCACGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGTGGTAAATgg < 2:37086/270‑1 (MQ=21) gTCGATACGAACCAGCTCGTATTTTTCTACCAGAAAATTCACGGCATCGGCTAGGGTGATACCGGCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTg < 2:159303/179‑1 (MQ=255) aTACCGGCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGAcaggc > 1:157055/1‑127 (MQ=255) cGGCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAggg < 2:157055/127‑1 (MQ=255) gCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTg < 2:86694/98‑1 (MQ=255) tgtTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTACCAGACAGCCAc > 2:14295/1‑101 (MQ=255) ccTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTACCAGACAGCCACGGGt < 1:14295/101‑1 (MQ=255) tAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGa > 1:6606/1‑100 (MQ=255) cacaGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGAcagg < 2:6606/100‑1 (MQ=255) ttCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGc > 1:257500/1‑151 (MQ=255) ttCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGtt > 1:242501/1‑183 (MQ=255) agcagACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCa < 2:257500/151‑1 (MQ=255) agcagACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAAt < 2:242501/183‑1 (MQ=255) gcagACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTaa > 1:261063/1‑127 (MQ=255) gcagACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGGTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTaa > 1:290454/1‑112 (MQ=255) gcagACGTGTCAGTAACATTTACCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGt > 1:109103/1‑206 (MQ=255) aCGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCt < 2:290454/112‑1 (MQ=255) aCGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATgg < 2:261063/127‑1 (MQ=255) aCGTGTCAGTAACATTTACCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGc < 2:109103/206‑1 (MQ=255) cGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTtgt > 1:318185/1‑183 (MQ=255) tCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTa < 2:318185/183‑1 (MQ=255) | TCCTGTCGATACGAACCAGCTCGTATTTTTCTACCAGAAAATTCACGGCATCGGCTAGGGTGATACCGGCATCGATGTGTTCCTTAATCACAGCCTCATTGCAGAATGGCGTGTCGTTTATTGTCAGACCATAGTGCTGTTCCAGCAGACGTGTCAGTAACATTTGCCAGACAGCCACGGGTGACAGGCAGGGCTTCACCGCCCGCTGAGTTATTGCAGGTAAAGTTTTCATGTTTGCTCTCGTGTAGGTAATTAACGCTGAGTGGGGTAAATGGCGATGTATACGTAGCCGCAACTGCCAAGGGTGTCGGCTTCGCAGGTTAAATCGTTGTGGTACAGGGTAACGCAGTGGGC > NC_000913/263438‑263791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |