Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,547,149 | C→T | 17.4% | T7T (ACG→ACA) | yddG ← | aromatic amino acid exporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,547,149 | 0 | C | T | 17.4% | 53.3 / 6.3 | 23 | T7T (ACG→ACA) | yddG | aromatic amino acid exporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/9); new base T (2/2); total (12/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01 |
GGATTTGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATACCCCTGAAAAAAG > NC_000913/1546989‑1547391 | ggATTTGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCg < 2:249343/162‑1 (MQ=255) gcCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGttttt > 1:281924/1‑225 (MQ=255) gCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTAc < 2:281924/225‑1 (MQ=255) tCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGtt > 1:347269/1‑96 (MQ=255) tGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGt < 2:347269/96‑1 (MQ=255) cgAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCAtttttt > 1:117842/1‑132 (MQ=255) cgAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGttttt > 1:157817/1‑163 (MQ=255) tcaatcCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAAc < 2:117842/132‑1 (MQ=255) tcaatcCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTAc < 2:157817/163‑1 (MQ=255) ccATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGttttt > 1:220470/1‑150 (MQ=255) cGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTAc < 2:220470/150‑1 (MQ=255) gTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGTGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGCGAAgg > 2:62551/1‑178 (MQ=255) cTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCAttttt > 2:68127/1‑110 (MQ=255) cTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAATTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGCGAAGGCGGATTATTGTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCACAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATAACCCTGAAAAAag > 1:107008/1‑275 (MQ=255) cTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGAATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGTGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGAAGTTCTTTTTGTTTTCGCGCAAAAAGATACAGAATTTTATTGTTAGTTTCCTCGTGCTGTACTAACCCTGAAAAAag > 1:145437/1‑275 (MQ=255) tCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGTGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGCGAAGGCGGa < 1:62551/178‑1 (MQ=255) acaGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTaa < 1:68127/110‑1 (MQ=255) tCGCTATCAGCCCTATGAGTGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAAtt > 1:16503/1‑154 (MQ=255) tATCAGCCCTATGAGTGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGCg < 2:16503/154‑1 (MQ=255) aTCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAgt > 2:175364/1‑113 (MQ=255) gCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAgtggtg < 1:175364/113‑1 (MQ=255) aTGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTa > 1:113249/1‑86 (MQ=255) gCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTg < 2:113249/86‑1 (MQ=255) | GGATTTGCCGAATACGCGGAAATCCAACCGTGAAGATTAACAGCAGCCCGCTTAATGAATAGATAGCAGCTGCGCCGCCGACCGGGCCGAGCCCCTCACTGACACCGCGAATCAATCCTACCATCGTGCTCCACAGGACGATCGCTATCAGCCCTATGAGCGTTGCTTTTTGTCGTGTCATGCTCGCTGTTTTGTCTCTCTTGCCGTTAAAAATTAAGCTGAATTTTATAGCATTTTTTTAACTGGCCTGTCAGGCAGTGGTGCGTTTTTCTACCGCTATTGAGGTAGGTCAATTTGCGAAGGCGGATTATTTTGTGGCAAACAGATGTTCTTTTTGATTTCGCGCAAAAAGATTCAGAATTTTACTGTTAGTTTCCTCGCGCAGTAATACCCCTGAAAAAAG > NC_000913/1546989‑1547391 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |