| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,183,379 | C→T | 62.6% | S712F (TCC→TTC) | rpoB → | RNA polymerase subunit beta |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,183,379 | 0 | C | T | 62.6% | 36.7 / 40.0 | 40 | S712F (TCC→TTC) | rpoB | RNA polymerase subunit beta |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/8); new base T (13/12); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGATGAAGAAGGCCAC‑TTCGTAGAAGACCTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACC > NC_000913/4183112‑4183615 | caaagagtaaagGCCACATTCGTGAAAGACCTTGAAACTGGCCGTAGCAACGGCGAACCCGCCTGGTTCAGCCGCGACCCGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTGCCTGGAACACGATGCCGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCgg < 2:66282/263‑1 (MQ=255) gCCAC‑TTCGTAGAAGACCTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTa < 1:99823/272‑1 (MQ=255) agaCCTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCg > 1:66282/1‑245 (MQ=255) aCCTGGTAACTTGACGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCATGTTGACTAAATTGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACgtggtg < 1:34387/270‑1 (MQ=255) tGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGACTCCAACTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCAACCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTc < 1:64031/272‑1 (MQ=255) aaCTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCAGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACATCGAGGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTc > 1:52941/1‑272 (MQ=255) gTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGAATACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGCTGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCATTActt > 1:388387/1‑269 (MQ=255) 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cGTGCTGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGa > 2:104504/1‑101 (MQ=255) gTGCTGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGAc < 1:104504/101‑1 (MQ=255) tGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTAc > 2:22613/1‑133 (MQ=255) tGTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGa > 2:209934/1‑182 (MQ=255) gTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACa < 1:22613/133‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTaa > 1:50699/1‑158 (MQ=255) gTTGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGAt < 1:209934/182‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTGTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGgtccgt < 1:5512/241‑1 (MQ=255) ttGCCGTTGACTTCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAAc < 2:50699/158‑1 (MQ=255) ttGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACTCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGgtccgt < 1:405106/234‑1 (MQ=255) | TGGATGAAGAAGGCCAC‑TTCGTAGAAGACCTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTG‑CGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACAACCTGACCAAATACACCCGTTCTAACCAGAACACCTGTATCAACCAGATGCCGTGTGTGTCTCTGGGTGAACCGGTTGAACGTGGCGACGTGCTGGCAGACGGTCCGTCCACCGACC > NC_000913/4183112‑4183615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |