Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,712,451 | A→G | 9.7% | I105T (ATT→ACT) | yfiC ← | tRNA m(6)A37 methyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,712,451 | 0 | A | G | 9.7% | 123.9 / 2.8 | 41 | I105T (ATT→ACT) | yfiC | tRNA m(6)A37 methyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/15); new base G (2/2); total (24/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.54e-01 |
GCCAGCTCCGTAAAACC‑ATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAGCCACCGGTGCCCATGCGCCCAATAAAATACCATCCGTTCCCACTTTCATCGCACAGCGATCGTGAGCA‑ACAAAAAACTGTTT > NC_000913/2712223‑2712719 | tccaaactctgaaaaCCTATTACCATTCTTCCCTGGCAGCACAACGCAGGAAAGTCCCCCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCGACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGAGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACt < 2:103079/261‑1 (MQ=255) cAGCTCCGTAAAACC‑ATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGt > 1:153435/1‑272 (MQ=255) cAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGGCCCTGCGCGGCCACTTCACTTTcccggtc > 2:258461/1‑267 (MQ=255) gAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCAGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGAAGCTTAACTTTCCAGTTCaa > 1:314464/1‑272 (MQ=255) aaTCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGcc > 1:294425/1‑210 (MQ=255) aTCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGccc < 2:294425/210‑1 (MQ=255) tagcagggaaggccgccgCAAGGGGCGGAAACGATGGGTGTTCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAGTATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAatcatc < 2:167833/260‑1 (MQ=255) cggtactggctcccgccgCACAGGTACGCAAGGAGGGGGGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGGGCCTGTTCCCGTTGGGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAatcatc < 2:153435/260‑1 (MQ=255) gTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAACTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAatcatc < 1:258461/270‑1 (MQ=255) cgcACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAGTATCCGCCGTATGGACGTTAATc > 1:41842/1‑175 (MQ=255) cgcACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCCGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGCATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTGTCATGCGCCAGCGCTGAAGCTTCACTTTCCAGTTCAAATGCATCAATCATCAAGCTGTCATAGGtta > 1:142172/1‑271 (MQ=255) gcACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAGTATCCGCCGTATGGACGTTAATcc < 2:41842/175‑1 (MQ=255) cacaGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCTTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTAGc > 1:259107/1‑272 (MQ=255) 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cTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACg > 2:297504/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAatcat > 2:351902/1‑207 (MQ=255) tGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACgg < 1:297504/140‑1 (MQ=255) tGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAatcatc < 1:351902/207‑1 (MQ=255) gTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACg > 1:424127/1‑138 (MQ=255) gTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCatcaa > 1:186361/1‑201 (MQ=255) gTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGCTATCAAgg > 1:291952/1‑272 (MQ=255) ttCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACgg < 2:424127/138‑1 (MQ=255) ttCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCatcaat < 2:186361/201‑1 (MQ=255) tctACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCTTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCAc > 1:416206/1‑157 (MQ=255) ctACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCTTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACt < 2:416206/157‑1 (MQ=255) tCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGAAGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTGCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATAGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGACAGCAACCAGCTACACGCGCCGATATCAAGGCCACGTTTTACCCCAgtctcttataca > 1:435152/1‑260 (MQ=255) gctgATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCAtt > 1:128618/1‑203 (MQ=255) ctgATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTa < 2:128618/203‑1 (MQ=255) gATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCcg > 1:338632/1‑222 (MQ=255) gATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCaa > 1:317465/1‑234 (MQ=255) aTAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCcgc < 2:338632/222‑1 (MQ=255) cTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAg < 1:202405/218‑1 (MQ=255) cGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAGCCACCGGTGCCCATGCGCCCAATAAAATACCATCCGTTCCCACTTTCATc < 1:10504/272‑1 (MQ=255) tgctgAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGc > 2:390084/1‑77 (MQ=255) gctgAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCa < 1:390084/77‑1 (MQ=255) tgAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCCACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAGCCACCGGTGCCCATGCGCCCAATAAAATACCATCCGTTCCCACTTTCATCGCACAGCGATCGTGAGCA‑ACCAAACAATGttt > 1:75702/1‑272 (MQ=255) tgAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAg > 1:262943/1‑190 (MQ=255) tgAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAGCCAACCGTGCCCATTCGCCCAAAAAAATACCATCCGTTCCCACTTTCATCGCACCGCGACCGTGAGAACACAAAAAACTGta > 1:382539/1‑271 (MQ=255) gAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTTGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAGc < 2:262943/190‑1 (MQ=255) aaTATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCaa > 1:183897/1‑170 (MQ=255) atatCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAg < 2:183897/170‑1 (MQ=255) | GCCAGCTCCGTAAAACC‑ATTACCAATCTGCTCTGGCAGCACTACGCAGAAAAATCCCTCTTCGGTAATGCACTCCGCCGCACAGGTCAGCAACGATGGGTGATCAAGCGTAGTGGTATAGCGAGCCTGTTCCCGTTGAGGTGTCGAGCACTCTACTCCCTGCTGATAGTAAGGTGGGTTACTGATGATTAAATCGAAGCGTACTGTCTGCTGTGTGATCCACTGCTGAATATCCGCCGTATGGACGTTAATCCGCTCTGCCCACGGGGACTGGTTGATATTTTCCTGCGCCTGCGCGGCAGCTTCACTTTCCAGTTCAACTGCATCAATCATCACGCTGTCATCGGTTCGCTGCGCCAGCATTAATGCCAGCAACCCGCTACCCGCGCCGATATCAAGGCAACGTTTTACCCCAGCCACCGGTGCCCATGCGCCCAATAAAATACCATCCGTTCCCACTTTCATCGCACAGCGATCGTGAGCA‑ACAAAAAACTGTTT > NC_000913/2712223‑2712719 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |