Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+172) | iraM ← / ← ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 97.4% | 1118.0 / 16.6 | 271 | intergenic (‑77/+180) | iraM/ymgK | anti‑adaptor protein IraM, inhibitor of sigma(S) proteolysis/protein YmgK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/6); new base C (129/135); total (130/141) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
CGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAT > NC_000913/1211980‑1212175 | tgtCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cc > 2:1783764/1‑101 (MQ=255) tgtCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cc < 1:1783359/101‑1 (MQ=255) tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cccc < 1:1782918/101‑1 (MQ=255) tCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGCATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑cccc > 1:1783768/1‑101 (MQ=255) cAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccc > 2:1783769/1‑101 (MQ=255) aTTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccc < 1:1783259/101‑1 (MQ=255) tACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccc > 2:1783774/1‑100 (MQ=255) aCTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccct < 2:1783190/101‑3 (MQ=255) cTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccctc < 2:1783322/101‑4 (MQ=255) cTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccctc > 1:1783777/1‑98 (MQ=255) cTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccct < 2:1783368/100‑3 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccctca < 2:1783434/101‑5 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccctca < 2:1783172/101‑5 (MQ=255) tATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccctca > 2:1783781/1‑97 (MQ=255) aTCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑ccccccccctcaa > 1:1783782/1‑96 (MQ=255) ccACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCaaaa < 1:1783380/101‑1 (MQ=255) cACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCaaaaa < 1:1783270/101‑1 (MQ=255) cACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCaaaaa > 2:1783786/1‑101 (MQ=255) cTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCaaaaaaa > 1:1783789/1‑101 (MQ=255) cATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAaaataa > 2:1783794/1‑101 (MQ=255) 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2:1783808/1‑80 (MQ=255) tGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAAttaattaa > 1:1783809/1‑101 (MQ=255) gTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaa < 1:1783115/101‑1 (MQ=255) tCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaaa > 1:1783812/1‑101 (MQ=255) cTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat < 1:1783219/101‑1 (MQ=255) cTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAat < 1:1783192/101‑1 (MQ=255) ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg > 2:1783816/1‑101 (MQ=255) ttATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatg < 1:1783147/101‑1 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat > 2:1783822/1‑101 (MQ=255) aTCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgat > 1:1783821/1‑101 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTaaaa > 1:1783826/1‑96 (MQ=255) tCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgatg < 1:1783331/101‑1 (MQ=255) ccACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGc > 1:1783831/1‑101 (MQ=255) ccACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCt > 2:1783830/1‑101 (MQ=255) cACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCt < 2:1783330/101‑1 (MQ=255) 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1:1783559/101‑1 (MQ=255) tGATTTTGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGa > 1:1783888/1‑101 (MQ=255) ttttGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGt < 1:1783161/101‑1 (MQ=255) tttGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGtt < 2:1783280/101‑1 (MQ=255) tttGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGtt > 2:1783894/1‑101 (MQ=255) ttGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTa < 1:1783454/101‑1 (MQ=255) tGCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTaa < 2:1783295/101‑1 (MQ=255) gCATATGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTaaa < 1:1783405/101‑1 (MQ=255) 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tGAGTATATT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACaaaa < 1:1783424/101‑1 (MQ=255) tataTT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAatgatg < 1:1783312/44‑1 (MQ=38) tataTT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgag < 1:1783520/101‑1 (MQ=255) atatT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATgaga > 1:1783917/1‑101 (MQ=255) tatT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATg < 2:1783247/81‑1 (MQ=255) tatT‑ACCCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAt < 2:1783586/101‑1 (MQ=255) | CGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATT‑A‑CCCCCCCCTCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGAT > NC_000913/1211980‑1212175 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |