| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,585,257 | G→A | G410G (GGC→GGT) | ydeP ← | putative oxidoreductase YdeP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,585,257 | 0 | G | A | 99.2% | 998.0 / NA | 249 | G410G (GGC→GGT) | ydeP | putative oxidoreductase YdeP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (110/137); minor base C (0/2); total (110/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGACCAGTTGCTGTACGT > NC_000913/1585160‑1585354 | caTGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCAccc > 2:2321892/1‑101 (MQ=255) aTGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCt > 2:2321895/1‑101 (MQ=255) tGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTg < 1:2321656/101‑1 (MQ=255) gTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGt > 2:2321898/1‑101 (MQ=255) cAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACa > 1:2321900/1‑101 (MQ=255) cAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACa < 1:2321875/101‑1 (MQ=255) aGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACAt > 2:2321904/1‑101 (MQ=255) ggTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACAtt < 2:2321529/101‑1 (MQ=255) ggTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACAtt < 1:2321447/101‑1 (MQ=255) ggTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACAtt > 2:2321906/1‑101 (MQ=255) gTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTa < 1:2321167/101‑1 (MQ=255) gTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTa > 1:2321909/1‑101 (MQ=255) tGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTag < 1:2321261/101‑1 (MQ=255) tGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTag > 2:2321911/1‑101 (MQ=255) tGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTag < 1:2321583/101‑1 (MQ=255) tGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTag < 1:2321505/101‑1 (MQ=255) gCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTaga > 1:2321913/1‑101 (MQ=255) cATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTagag < 2:2321331/101‑1 (MQ=255) aTGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAgt > 1:2321917/1‑101 (MQ=255) tGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAgtg < 1:2321433/101‑1 (MQ=255) tGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAgtg > 2:2321918/1‑101 (MQ=255) tGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAgtgt < 1:2321296/97‑1 (MQ=255) gggTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAgtgt < 2:2321417/95‑1 (MQ=255) ggTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTa < 1:2321559/101‑1 (MQ=255) gTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAg < 1:2321323/101‑1 (MQ=255) aaGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTgg < 2:2321483/101‑1 (MQ=255) aaGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTgg > 1:2321923/1‑101 (MQ=255) aGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTa < 2:2321458/96‑1 (MQ=255) aGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTggg > 2:2321927/1‑101 (MQ=255) aGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTggg > 1:2321926/1‑101 (MQ=255) cATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAg > 2:2321932/1‑101 (MQ=255) tAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGAt > 1:2321933/1‑101 (MQ=255) aGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTg < 1:2321592/93‑1 (MQ=255) aGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATa < 2:2321401/101‑1 (MQ=255) cgcTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATAcc > 1:2321937/1‑101 (MQ=255) tCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGc > 2:2321939/1‑101 (MQ=255) cACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATa < 1:2321649/95‑1 (MQ=255) cACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCa > 2:2321941/1‑101 (MQ=255) aCCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCt < 2:2321487/62‑1 (MQ=255) aCCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCAc < 2:2321507/101‑1 (MQ=255) cAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCACACCAg < 1:2321490/101‑1 (MQ=255) aGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAgg < 2:2321696/101‑1 (MQ=255) aGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAgg > 2:2321947/1‑101 (MQ=255) gACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATAcc < 1:2321474/91‑1 (MQ=255) aCGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATAc < 1:2321499/89‑1 (MQ=255) gAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTg > 2:2321950/1‑101 (MQ=255) gAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTg > 1:2321949/1‑101 (MQ=255) aGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGc < 2:2321569/101‑1 (MQ=255) gCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGcc > 1:2321954/1‑101 (MQ=255) ccAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAg < 1:2321521/93‑1 (MQ=255) ccAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCa < 1:2321410/101‑1 (MQ=255) ccAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCa < 1:2321681/101‑1 (MQ=255) ccAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCa < 2:2321430/101‑1 (MQ=255) cAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGc < 1:2321535/98‑1 (MQ=255) aGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCCCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGt < 2:2321326/69‑1 (MQ=255) aGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAAt > 1:2321957/1‑101 (MQ=255) aGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAAt > 1:2321959/1‑101 (MQ=255) aaaCTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCCCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTgg < 1:2321511/72‑1 (MQ=255) aaaCTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGt < 1:2321625/101‑1 (MQ=255) aaCTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCtt > 2:2321964/1‑92 (MQ=255) aaCTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGtt > 2:2321962/1‑101 (MQ=255) aaCTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGtt < 2:2321836/101‑1 (MQ=255) aCTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTa < 2:2321353/101‑1 (MQ=255) ctctGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTAc < 2:2321260/101‑1 (MQ=255) tctGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTAcc > 1:2321967/1‑101 (MQ=255) ctGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCt > 1:2321969/1‑101 (MQ=255) ctGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCt < 1:2321751/101‑1 (MQ=255) tGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCtt > 2:2321971/1‑101 (MQ=255) gCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCttt < 2:2321465/101‑1 (MQ=255) aGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTtca > 2:2321974/1‑101 (MQ=255) gACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTtcat < 2:2321496/101‑1 (MQ=255) aCGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTtcatc > 1:2321976/1‑101 (MQ=255) ggTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCaa > 1:2321979/1‑101 (MQ=255) ggTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCaa > 2:2321981/1‑101 (MQ=255) 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ctcGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAAcagca < 2:2321718/101‑1 (MQ=255) ctcGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAAcagca < 2:2321644/101‑1 (MQ=255) tcGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAAcagcag < 2:2321524/101‑1 (MQ=255) tcGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAAcagcag > 2:2321986/1‑101 (MQ=255) cGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGa < 2:2321616/101‑1 (MQ=255) cGGTGATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACAATAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCtt < 1:2321797/73‑1 (MQ=255) gATACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGa > 1:2321989/1‑101 (MQ=255) tACCGACGGTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGAcc < 1:2321613/101‑1 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ggTTCGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGACCAGTTGCt > 2:2322003/1‑101 (MQ=255) cGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGACCAGTTGCTGTAc < 2:2321553/101‑1 (MQ=255) cGGTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGACCAGTTGCTGTAc > 2:2322005/1‑101 (MQ=255) ggTCACCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAAcag < 1:2321467/79‑1 (MQ=255) | CATGTCCAGGTGCATGAGGTGGGGTGAAGCCATAGCGCTCACCCAGACGAGCCAGAAACTCTGCAGACGGTTTCTCGGTGATACCGACGGTTCGGTCGCCCTGTACATTAGAGTGTCCACGTAGTGGGCAGATACCCGCACCAGGCTTGCCAATGTTACCTTTCATCAACAGCAGATTGACCAGTTGCTGTACGT > NC_000913/1585160‑1585354 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |