Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,810,786 | G→A | H123Y (CAT→TAT) | mutM ← | DNA‑formamidopyrimidine glycosylase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,810,786 | 0 | G | A | 99.3% | 1123.5 / NA | 289 | H123Y (CAT→TAT) | mutM | DNA‑formamidopyrimidine glycosylase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (136/149); minor base C (0/2); total (136/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TTTAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATGCCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCTCATCACCAAATCCACATGGTCA > NC_000913/3810688‑3810883 | tttAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATAcc > 2:5624576/1‑101 (MQ=255) ttAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATAccc > 1:5624578/1‑101 (MQ=255) tAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCt > 1:5624582/1‑101 (MQ=255) tAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCt < 2:5624353/101‑1 (MQ=255) tAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCt < 1:5624206/101‑1 (MQ=255) aaTCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCtt < 1:5624415/101‑1 (MQ=255) aaTCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCtt > 2:5624584/1‑101 (MQ=255) tCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTcc < 2:5624140/101‑1 (MQ=255) tCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTcc < 2:5624119/101‑1 (MQ=255) cGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCa > 2:5624589/1‑101 (MQ=255) cGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCa < 2:5624213/101‑1 (MQ=255) cGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCa < 2:5624312/101‑1 (MQ=255) gCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAg > 1:5624592/1‑101 (MQ=255) gCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAg < 2:5623972/101‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGct < 1:5624184/101‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGct < 2:5624243/101‑1 (MQ=255) gTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGctc > 2:5624594/1‑101 (MQ=255) ttttttCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCtt > 2:5624597/1‑101 (MQ=255) tttttCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCttt < 2:5624316/101‑1 (MQ=255) tttttCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCttt > 1:5624601/1‑101 (MQ=255) ttttCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTg > 2:5624604/1‑101 (MQ=255) tttCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTgg > 1:5624606/1‑101 (MQ=255) tttCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTgg < 1:5624226/101‑1 (MQ=255) ttcttcGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGt < 1:5624332/101‑1 (MQ=255) tcGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGt > 2:5624610/1‑97 (MQ=255) cgcgCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCcaca < 1:5624382/101‑1 (MQ=255) gcgcACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAg < 1:5624325/101‑1 (MQ=255) cgcACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGc > 1:5624614/1‑101 (MQ=255) gcACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGcc < 1:5624114/101‑1 (MQ=255) cACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCa > 1:5624616/1‑101 (MQ=255) cACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCa > 2:5624617/1‑101 (MQ=255) cTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAgg < 2:5624255/101‑1 (MQ=255) cTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAgg < 2:5623913/101‑1 (MQ=255) tCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCa < 2:5624233/101‑1 (MQ=255) cTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCAc > 1:5624620/1‑101 (MQ=255) gATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCa > 1:5624624/1‑101 (MQ=255) tGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCaaa < 2:5624266/101‑1 (MQ=255) gCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAg < 2:5624192/101‑1 (MQ=255) gCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAg < 2:5624373/101‑1 (MQ=255) gCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAg > 1:5624628/1‑101 (MQ=255) cAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgc < 2:5624097/101‑1 (MQ=255) cAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgc < 1:5623873/101‑1 (MQ=255) cAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgc > 2:5624631/1‑101 (MQ=255) aGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgcg < 2:5624307/101‑1 (MQ=255) aGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgcg > 1:5624633/1‑101 (MQ=255) tACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgcggcg > 2:5624637/1‑101 (MQ=255) tACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgcggcg < 2:5624298/101‑1 (MQ=255) aCTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGgcgc > 1:5624638/1‑101 (MQ=255) tCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCgg > 2:5624640/1‑101 (MQ=255) tCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCgg < 2:5624176/101‑1 (MQ=255) cACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGa < 2:5624168/101‑1 (MQ=255) aCCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGAt < 1:5624067/101‑1 (MQ=255) aCCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGAt < 1:5624299/101‑1 (MQ=255) ccATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATc < 2:5624143/101‑1 (MQ=255) ccATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATc < 2:5624070/101‑1 (MQ=255) ccATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATc < 2:5624022/101‑1 (MQ=255) aTTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCgg > 2:5624644/1‑101 (MQ=255) ttGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGgt > 1:5624647/1‑101 (MQ=255) gAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGgtgt < 2:5624159/101‑1 (MQ=255) aaaTCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTa < 2:5624172/101‑1 (MQ=255) aaaTCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTa > 1:5624650/1‑101 (MQ=255) aTCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAgc > 1:5624653/1‑101 (MQ=255) tcgtcgCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAgcg < 2:5624487/101‑1 (MQ=255) tcgtcgCTAAGCGGCTCAGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATGCCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAgc < 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tCCAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCtca > 2:5624688/1‑101 (MQ=255) ccAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCtcat > 1:5624690/1‑101 (MQ=255) ccAAGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCtcat < 1:5624219/101‑1 (MQ=255) aaGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCtcatca > 2:5624693/1‑101 (MQ=255) aGATGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCTCATCAc < 1:5624163/101‑1 (MQ=255) aTGGGTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCTCATCACCa > 2:5624697/1‑101 (MQ=255) gggTCAGCACATTATACCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCTCATCACCaaa < 1:5624151/101‑1 (MQ=255) 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tataCCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCTCATCACCAAATCCACATGGTCa > 1:5624714/1‑101 (MQ=255) | TTTAATCGCCGTTTTTTTCTTCGCGCACTTCTGATGCAGATACTCACCATTGAAATCGTCGCTAAGCGGCTCCGGTCCAAGATGGGTCAGCACATTATGCCCTTCCAGCTCTTTGGTCCACAGCCAGGCACCAAAGCGGCGCGGATCGGTGTAGCGCAGCACTTTGCCGTTGCTCATCACCAAATCCACATGGTCA > NC_000913/3810688‑3810883 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |