| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,138,019 | C→T | M339I (ATG→ATA) | gldA ← | L‑1,2‑propanediol dehydrogenase/glycerol dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,138,019 | 0 | C | T | 99.6% | 1019.8 / NA | 248 | M339I (ATG→ATA) | gldA | L‑1,2‑propanediol dehydrogenase/glycerol dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (94/153); minor base G (1/0); total (95/153) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.83e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TTTGGAGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGCATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGTTA > NC_000913/4137921‑4138116 | tGGAGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTAtgt > 1:6474585/1‑101 (MQ=255) tGGAGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTAtgt < 1:6474305/101‑1 (MQ=255) ggAGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTAtgtt < 2:6474318/101‑1 (MQ=255) aGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTAtgttgt < 2:6474273/101‑1 (MQ=255) aGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTAtgttgt > 1:6474588/1‑101 (MQ=255) gTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTtgtg < 2:6474136/101‑1 (MQ=255) aGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGaa < 2:6474062/101‑1 (MQ=255) ttATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTAtgtt < 2:6474214/93‑1 (MQ=255) tATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGt > 1:6474590/1‑101 (MQ=255) aTTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGtt < 1:6474115/101‑1 (MQ=255) ttCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGttt < 1:6474432/101‑1 (MQ=255) cccACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCa < 1:6474019/101‑1 (MQ=255) cccACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCa < 1:6474139/101‑1 (MQ=255) ccACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATgg > 1:6474596/1‑95 (MQ=255) ccACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCAc > 1:6474594/1‑101 (MQ=255) aCTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCt > 1:6474599/1‑101 (MQ=255) ctctTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCtt < 2:6474246/101‑1 (MQ=255) ctctTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCt < 2:6474234/100‑1 (MQ=255) tctTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTc < 1:6474175/101‑1 (MQ=255) ctTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATg > 2:6474602/1‑89 (MQ=255) ctTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCt < 2:6474418/101‑1 (MQ=255) ctTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCt < 1:6474088/101‑1 (MQ=255) ttGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCt > 1:6474605/1‑100 (MQ=255) ttGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTg > 2:6474604/1‑101 (MQ=255) tGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGc < 2:6474313/101‑1 (MQ=255) cAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGcac > 1:6474611/1‑101 (MQ=255) cAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGcac > 2:6474609/1‑101 (MQ=255) cAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGcac < 1:6474202/101‑1 (MQ=255) ggAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACAt > 2:6474614/1‑101 (MQ=255) ggAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACAt < 2:6474072/101‑1 (MQ=255) ggAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACAt < 2:6474278/101‑1 (MQ=255) ggAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACAt < 1:6474216/101‑1 (MQ=255) aaaCGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGc < 1:6474188/101‑1 (MQ=255) aaCGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGcc < 2:6474109/101‑1 (MQ=255) aaCGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGcc < 2:6474406/101‑1 (MQ=255) aaCGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGcc > 2:6474621/1‑101 (MQ=255) aaCGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGcc > 1:6474620/1‑101 (MQ=255) aaCGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGcc > 1:6474623/1‑101 (MQ=255) gCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCt < 2:6474343/101‑1 (MQ=255) gCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCt < 1:6474179/101‑1 (MQ=255) cTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCtt < 1:6474500/101‑1 (MQ=255) cTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCtt > 1:6474627/1‑101 (MQ=255) 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(MQ=255) tGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAAt > 1:6474636/1‑101 (MQ=255) tCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCg > 1:6474638/1‑101 (MQ=255) tCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCg < 1:6474361/101‑1 (MQ=255) ggCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCa < 1:6473906/101‑1 (MQ=255) gCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCAt > 1:6474642/1‑101 (MQ=255) tACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCAttt > 2:6474643/1‑101 (MQ=255) aCCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCAtttt > 1:6474645/1‑101 (MQ=255) 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gcggcgTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGAc < 1:6474298/101‑1 (MQ=255) ggcgTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACAt < 1:6474369/101‑1 (MQ=255) ggcgTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACAt > 1:6474648/1‑101 (MQ=255) cgTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACAtct < 1:6474463/101‑1 (MQ=255) tAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACAtcttc < 1:6474269/101‑1 (MQ=255) aaaCCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAAt > 2:6474653/1‑76 (MQ=255) aaaCCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACAtcttct < 2:6474083/101‑1 (MQ=255) aaaCCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACAtcttct > 1:6474651/1‑101 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ccAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGt > 1:6474671/1‑101 (MQ=255) cAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGtt < 2:6474102/101‑1 (MQ=255) cAGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGtt > 1:6474674/1‑101 (MQ=255) aGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGa < 2:6474297/91‑1 (MQ=255) aGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGTTa < 1:6474394/101‑1 (MQ=255) aGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGTTa > 1:6474676/1‑101 (MQ=255) aGGTATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGTTa > 2:6474677/1‑101 (MQ=255) | TTTGGAGTAGGTTATTCCCACTCTTGCAGGAAACGCTGACCGTACTGGTCGGCTACCAGCAGAGCGGCGTAAACCTGATCTGGCGTCGCGCCGCCAGGCATGTTGTGAATGGTTTCACCTTCTGCACATGCCGCTTCTGCCACAATTCGCATTTTCGCCGGGACATCTTCTTTAATATCCAGTTGAGCGAGAGTTA > NC_000913/4137921‑4138116 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |