| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 841,817 | A→G | G80G (GGT→GGC) | mcbA ← | DUF1471 domain‑containing protein McbA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 841,817 | 0 | A | G | 97.2% | 1125.0 / 12.6 | 286 | G80G (GGT→GGC) | mcbA | DUF1471 domain‑containing protein McbA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/2); new base G (145/131); total (151/135) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
AGTTCATATTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTACCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATCGCTTA > NC_000913/841719‑841914 | aGTTCATATTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTAcc > 2:1308147/1‑101 (MQ=255) ttCATATTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGa > 1:1308149/1‑101 (MQ=255) tCATATTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGaa < 2:1307964/101‑1 (MQ=255) atatTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTACCGAACa > 1:1308153/1‑101 (MQ=255) tatTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACAt > 2:1308155/1‑101 (MQ=255) ttGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTg < 2:1307463/101‑1 (MQ=255) 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tttttGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCAttt > 1:1308171/1‑101 (MQ=255) tttttGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTACCGAACATCTGGTCAttt < 1:1307410/101‑1 (MQ=255) ttttGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTc > 2:1308172/1‑101 (MQ=255) ttttGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTc < 1:1307716/101‑1 (MQ=255) ttGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCg > 1:1308174/1‑101 (MQ=255) tGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGc > 2:1308179/1‑101 (MQ=255) aTTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCt < 2:1307514/101‑1 (MQ=255) 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1:1307580/101‑1 (MQ=255) aaaaCAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGa < 1:1307803/101‑1 (MQ=255) aaaCAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGaa > 2:1308198/1‑101 (MQ=255) aaaCAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGaa > 1:1308200/1‑101 (MQ=255) aaCAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAAt > 2:1308202/1‑101 (MQ=255) aCAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAAtt < 2:1308051/101‑1 (MQ=255) cAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTa < 2:1307734/101‑1 (MQ=255) aGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTaa > 2:1308208/1‑101 (MQ=255) aGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTaa > 1:1308206/1‑101 (MQ=255) aCGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATg < 1:1307687/101‑1 (MQ=255) aCGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATg < 1:1307762/101‑1 (MQ=255) aCGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATg < 1:1307694/101‑1 (MQ=255) aCGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTACCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATg > 1:1308213/1‑101 (MQ=255) aCGAAAACTGCATCCAGAGGAGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATg > 2:1308212/1‑101 (MQ=255) aaaaCTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACa > 1:1308218/1‑101 (MQ=255) aaaaCTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACa < 1:1307535/101‑1 (MQ=255) aaaCTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACAt > 2:1308219/1‑101 (MQ=255) aaCTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATa < 1:1307932/101‑1 (MQ=255) gCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCt > 1:1308224/1‑101 (MQ=255) gCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCt > 2:1308225/1‑101 (MQ=255) cATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCtt > 2:1308230/1‑101 (MQ=255) cATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGCTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCtt < 2:1307876/101‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCttt < 2:1307656/101‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCttt < 1:1307437/101‑1 (MQ=255) aTCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCttt > 1:1308231/1‑101 (MQ=255) cAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTcgc < 1:1307756/101‑1 (MQ=255) agagGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTcgcg > 1:1308234/1‑101 (MQ=255) ggCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCt < 1:1307673/101‑1 (MQ=255) ggCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCt < 2:1307671/101‑1 (MQ=255) 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gTAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTAtcct > 2:1308293/1‑101 (MQ=255) tAGATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTAtcctc < 2:1307846/101‑1 (MQ=255) gATGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCa < 2:1307794/101‑1 (MQ=255) tGGTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGa < 1:1307859/101‑1 (MQ=255) gTTGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATc < 1:1307740/101‑1 (MQ=255) ttGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATCg < 2:1307707/101‑1 (MQ=255) tGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATCGc > 1:1308296/1‑101 (MQ=255) tGCAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATCGc < 1:1307886/101‑1 (MQ=255) cAGTGCCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATCGCtt > 2:1308297/1‑101 (MQ=255) | AGTTCATATTTGATGTTTTTTGATTACAAAACAGACGAAAACTGCATCCAGAGGCGAATGCAGTTACGTTGGTGGGGTTATTTGTAGATGGTTGCAGTACCGAACATCTGGTCATTTCCGCCTGCGGAATTAATGACATAACCTTTCGCGCCTTGTTCGCGCGCTTTTTCTGCCAGTTTATCCTCCAGATCGCTTA > NC_000913/841719‑841914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |