| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 188,603 | C→T | L16L (CTG→CTA) | glnD ← | PII uridylyltransferase/uridylyl removing enzyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 188,603 | 0 | C | T | 99.7% | 1178.7 / NA | 298 | L16L (CTG→CTA) | glnD | PII uridylyltransferase/uridylyl removing enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (157/140); minor base G (1/0); total (158/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TCACCCAGCCAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGCAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAGCCGGCATTCG > NC_000913/188505‑188700 | tCACCCAGCCAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAg < 2:295864/101‑1 (MQ=255) aCCCAGCCAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAggg > 1:296335/1‑101 (MQ=255) aGCCAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTggg > 2:296337/1‑101 (MQ=255) aGCCAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTggg < 1:295961/101‑1 (MQ=255) ccAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGga < 1:295718/101‑1 (MQ=255) cAACGCTGGAAAGTATCGATATGGGCTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTg > 1:296342/1‑96 (MQ=255) 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cTTTTATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGa < 2:296111/101‑1 (MQ=255) ttttATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGaa > 1:296387/1‑101 (MQ=255) ttttATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGa < 1:295980/100‑1 (MQ=255) tttATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAg > 1:296390/1‑101 (MQ=255) ttATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAgg < 2:296010/101‑1 (MQ=255) ttATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAgg > 2:296394/1‑101 (MQ=255) tATCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAggg > 1:296395/1‑101 (MQ=255) tCCCACCGACGGTTAATTCATCACGGGGCCAGACGCATGGATTTTGCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTa < 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1:296480/1‑101 (MQ=255) gCGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAg < 2:296135/101‑1 (MQ=255) cGGTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTa > 2:296484/1‑39 (MQ=255) ggTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAGcc > 1:296485/1‑101 (MQ=255) gTTGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAGCCg < 2:296059/101‑1 (MQ=255) ttGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAGCCgg < 2:296085/101‑1 (MQ=255) tGACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAGCCGGc > 2:296490/1‑101 (MQ=255) gACCGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCAt > 1:296491/1‑69 (MQ=255) ccGGGTAGGGTGGGGAGAGCGGTGTTTGCGTACTGTTCTGGAAGGGTATTCATTGTGCGCCACCCATAAGATTAAATTATCGCATTAAAAAAGCCGGCAtt < 1:296078/101‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |