| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,068,945 | G→A | intergenic (‑137/+2) | argO ← / ← mscS | L‑arginine exporter/small conductance mechanosensitive channel MscS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,068,945 | 0 | G | A | 97.9% | 1377.1 / 9.5 | 325 | intergenic (‑137/+2) | argO/mscS | L‑arginine exporter/small conductance mechanosensitive channel MscS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/4); new base A (162/156); total (165/160) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
TATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACG > NC_000913/3068845‑3069042 | tataTCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTg < 2:4670815/101‑1 (MQ=255) atCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAAtt > 2:4671287/1‑101 (MQ=255) tCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTa < 2:4670859/101‑1 (MQ=255) cgcgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTAc > 1:4671289/1‑101 (MQ=255) cgcgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTAc < 2:4670879/101‑1 (MQ=255) gcgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACg > 2:4671293/1‑101 (MQ=255) cgGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGc < 1:4671001/101‑1 (MQ=255) gggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCa > 1:4671295/1‑101 (MQ=255) gggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCa < 2:4670671/101‑1 (MQ=255) gggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCa < 2:4670831/101‑1 (MQ=255) ggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAg < 2:4670897/101‑1 (MQ=255) ggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAg < 1:4670706/101‑1 (MQ=255) ggATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAg < 1:4670969/101‑1 (MQ=255) 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ttattaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGt < 2:4670942/101‑1 (MQ=255) ttattaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGt > 1:4671307/1‑101 (MQ=255) tattaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGtc < 1:4670637/101‑1 (MQ=255) attaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGtct < 2:4670822/101‑1 (MQ=255) attaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGtct < 2:4670846/101‑1 (MQ=255) attaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGtct < 1:4670895/101‑1 (MQ=255) attaGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGtct > 2:4671311/1‑101 (MQ=255) 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2:4671350/1‑101 (MQ=255) ttAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGtt > 1:4671355/1‑101 (MQ=255) ttAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGtt < 2:4670929/101‑1 (MQ=255) tAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTc < 1:4670771/101‑1 (MQ=255) aaTTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTca > 1:4671361/1‑101 (MQ=255) aaTTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTca > 2:4671360/1‑101 (MQ=255) ttGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTcaca > 2:4671364/1‑101 (MQ=255) tGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACAt > 1:4671369/1‑101 (MQ=255) 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1:4670720/101‑1 (MQ=255) aTCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGCTCACATCCAtt < 1:4670937/101‑1 (MQ=255) cAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTg < 1:4670825/101‑1 (MQ=255) cAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTg > 1:4671381/1‑101 (MQ=255) gAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCg > 2:4671384/1‑101 (MQ=255) aaaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCggg < 2:4671302/101‑1 (MQ=255) aaaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCggg > 1:4671388/1‑101 (MQ=255) aaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGt < 1:4670750/101‑1 (MQ=255) aaaCTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGt > 2:4671391/1‑101 (MQ=255) cTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACg > 2:4671395/1‑101 (MQ=255) cTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACg > 1:4671396/1‑101 (MQ=255) taataaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACgg < 2:4671032/101‑1 (MQ=255) ataaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGa > 2:4671400/1‑101 (MQ=255) ataaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGa < 1:4670945/101‑1 (MQ=255) aaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAg < 2:4670795/101‑1 (MQ=255) aaGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAg < 1:4670780/101‑1 (MQ=255) agagagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGc > 1:4671403/1‑101 (MQ=255) agagagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTg < 2:4671048/101‑1 (MQ=255) agagGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGAt > 2:4671407/1‑101 (MQ=255) agGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATAc > 2:4671410/1‑101 (MQ=255) gCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACcg > 1:4671415/1‑101 (MQ=255) ccAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACcgg > 2:4671419/1‑101 (MQ=255) 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atCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAAtt > 1:4671436/1‑101 (MQ=255) tCTGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTc < 1:4670810/101‑1 (MQ=255) tGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCAc > 2:4671440/1‑101 (MQ=255) tGGCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCAc < 1:4671068/101‑1 (MQ=255) ggCCTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACg < 2:4671021/101‑1 (MQ=255) ccTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGtt < 1:4670867/101‑1 (MQ=255) cTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACcggcgg < 2:4670756/85‑1 (MQ=255) cTCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGttt < 2:4670970/101‑1 (MQ=255) tCAGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTa > 1:4671443/1‑101 (MQ=255) aGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAAt < 1:4670794/101‑1 (MQ=255) aGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAAt > 2:4671449/1‑101 (MQ=255) aGCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAAt > 1:4671447/1‑101 (MQ=255) gCGTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATa < 1:4671244/101‑1 (MQ=255) gTTAATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACg < 2:4670687/101‑1 (MQ=255) | TATATCGCGGGATTGTTATTAGCGGAAATTGATAATATTAATTGGCAATCAGAAAAACTAATAAGAGAGAGGCCAGAGAGTATTATCTGGCCTCAGCGTTGATTACGCAGCTTTGTCTTCTTTCACCCGCTTAAAGTTCACATCCATTTGCGGGTACGGGAAGCTGATACCGGCGGCATCAAATTCACGTTTAATACG > NC_000913/3068845‑3069042 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |