Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,017,921 | G→A | C621Y (TGC→TAC) | ygfK → | putative oxidoreductase, Fe‑S subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,017,921 | 0 | G | A | 99.6% | 1107.2 / NA | 275 | C621Y (TGC→TAC) | ygfK | putative oxidoreductase, Fe‑S subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (126/148); minor base C (0/1); total (126/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GGTGAAAAATATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTGCTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACTGGCG > NC_000913/3017823‑3018018 | ggtgAAAAATATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGgctact < 1:3911206/101‑1 (MQ=255) gtgAAAAATATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTc > 1:3911637/1‑101 (MQ=255) gAAAAATATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCAc > 2:3911638/1‑101 (MQ=255) gAAAAATATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCAc < 2:3911077/101‑1 (MQ=255) aaaaaTATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCAcc > 1:3911643/1‑101 (MQ=255) aaaaTATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCAccc > 2:3911644/1‑101 (MQ=255) 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ttCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAAcc > 2:3911657/1‑101 (MQ=255) accTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCa > 1:3911662/2‑101 (MQ=255) ccTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCAt < 2:3911428/101‑1 (MQ=255) cTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCAtt > 2:3911664/1‑101 (MQ=255) cTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCAtt < 1:3911196/101‑1 (MQ=255) cTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCAtt < 1:3911258/101‑1 (MQ=255) cTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCAtt < 1:3911155/101‑1 (MQ=255) 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cGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGtt < 2:3911314/101‑1 (MQ=255) gTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTa < 1:3911391/101‑1 (MQ=255) gTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTa > 2:3911682/1‑101 (MQ=255) tATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGAATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTaa > 1:3911683/1‑101 (MQ=255) aTTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTaaa > 2:3911685/1‑101 (MQ=255) tCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTaaaaa > 1:3911689/1‑101 (MQ=255) ccTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGAtt > 1:3911694/1‑79 (MQ=255) ccTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTaaaaaa > 2:3911691/1‑101 (MQ=255) cTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAAt < 1:3911556/101‑1 (MQ=255) tGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATc < 2:3911463/101‑1 (MQ=255) gCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCa < 1:3911371/101‑1 (MQ=255) cAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAg < 2:3911290/101‑1 (MQ=255) agagTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAgg < 1:3911417/101‑1 (MQ=255) agagTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAgg < 2:3911444/101‑1 (MQ=255) gagTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAggg < 1:3911321/101‑1 (MQ=255) 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gTATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAAc > 2:3911757/1‑101 (MQ=255) tATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACt > 1:3911759/1‑101 (MQ=255) tATGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACt < 1:3911356/101‑1 (MQ=255) aTGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACTg < 2:3911420/101‑1 (MQ=255) aTGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACTg < 2:3911300/101‑1 (MQ=255) aTGGCTACTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACTg > 1:3911762/1‑101 (MQ=255) gctactCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACTggcg < 1:3911603/101‑1 (MQ=255) | GGTGAAAAATATCATTCCTCAGTTCCGTATTCCTGCAGAGTTAATTCAGCACGATATCGATTTTGTTGCCGCTCACGGCGTGAAATTTGAGTATGGCTGCTCACCCGATTTAACCATTGAGCAGTTAAAAAATCAGGGCTTCCACTATGTTCTGATTGCCACCGGCACTGATAAAAATAGCGGTGTGAAACTGGCG > NC_000913/3017823‑3018018 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |