| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 570,475 | A→G | intergenic (+47/‑418) | ybcK → / → ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 570,475 | 0 | A | G | 99.6% | 1137.4 / ‑5.4 | 275 | intergenic (+47/‑418) | ybcK/ybcL | DLP12 prophage; putative recombinase/DLP12 prophage; periplasmic protein YbcL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (118/155); total (120/155) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
GCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTA > NC_000913/570377‑570572 | gcagGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCa < 2:755856/101‑1 (MQ=255) cagGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAg > 2:756005/1‑101 (MQ=255) agGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGa > 1:756007/1‑101 (MQ=255) gCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaat < 1:755449/101‑1 (MQ=255) gCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaat < 1:755476/101‑1 (MQ=255) gCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaat < 1:755548/101‑1 (MQ=255) cGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaatt < 1:755340/101‑1 (MQ=255) gATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaatta < 1:755894/101‑1 (MQ=255) gATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaatta < 1:755664/101‑1 (MQ=255) aTAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaattaa > 1:756010/1‑101 (MQ=255) aTAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaattaa < 1:755762/101‑1 (MQ=255) aTAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaattaa > 2:756012/1‑101 (MQ=255) aaGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGaattaatt < 2:755421/101‑1 (MQ=255) aGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAattaatta < 2:755683/101‑1 (MQ=255) aGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAattaatta < 1:755695/101‑1 (MQ=255) gTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTAt < 1:755558/101‑1 (MQ=255) gTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTAt < 1:755645/101‑1 (MQ=255) gCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCt > 1:756016/1‑101 (MQ=255) gCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCt > 2:756017/1‑101 (MQ=255) ctctCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCtt < 2:755612/101‑1 (MQ=255) tctcAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCttt < 1:755651/101‑1 (MQ=255) 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2:756024/1‑101 (MQ=255) atatatGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGaa < 1:755562/101‑1 (MQ=255) tatatGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGaaa < 2:755532/101‑1 (MQ=255) tatatGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGaaa < 1:755795/101‑1 (MQ=255) tatGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACt > 1:756028/1‑101 (MQ=255) tatGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACt < 1:755636/101‑1 (MQ=255) atGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACtt > 1:756032/1‑101 (MQ=255) tGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTa < 2:755395/101‑1 (MQ=255) tGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTa < 2:755520/101‑1 (MQ=255) ggTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTaa < 1:755579/101‑1 (MQ=255) ggTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTaa > 2:756034/1‑101 (MQ=255) tGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATgg > 2:756039/1‑101 (MQ=255) tGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATgg < 2:755775/101‑1 (MQ=255) gATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATggg > 1:756041/1‑101 (MQ=255) aTGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGt < 1:755607/101‑1 (MQ=255) tGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTa > 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1:756067/1‑101 (MQ=255) aatGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCcaca > 2:756068/1‑101 (MQ=255) atGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACaa > 2:756071/1‑101 (MQ=255) atGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACaa < 1:755866/101‑1 (MQ=255) tGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAg > 1:756074/1‑101 (MQ=255) gATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGc < 1:755679/101‑1 (MQ=255) tctcGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGa > 2:756075/1‑101 (MQ=255) tctcGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGa < 1:755553/101‑1 (MQ=255) 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cAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCt > 1:756119/1‑101 (MQ=255) cAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCt < 1:755737/101‑1 (MQ=255) cAAGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCt > 2:756120/1‑101 (MQ=255) aaGGCAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCta < 1:755671/101‑1 (MQ=255) | GCAGGCGATAAGTGCTCTCAAATATATGGTTGATGGTGAGATTTATTTCTAAATAATGATCTCGGATTTTAAGTTATGCTATGGTGATAAAGTGCAAGACAGAATTAATTATCTTTGACGAAACTTAATGGGTAATTACTTTGTTTGCTCCCACAAGCGAGTTTTGTACGGCTGTATTGGGGTAGTAAATGAGCTA > NC_000913/570377‑570572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |