| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,742,293 | T→C | V294A (GTA→GCA) | cfa → | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,742,293 | 0 | T | C | 99.6% | 990.2 / ‑5.5 | 241 | V294A (GTA→GCA) | cfa | cyclopropane fatty acyl phospholipid synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (168/72); total (169/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
CATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAA > NC_000913/1742195‑1742390 | cATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGCAc < 1:2273760/101‑1 (MQ=255)cATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGCAc < 1:2273625/101‑1 (MQ=255) atatTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGCACg > 2:2273967/1‑101 (MQ=255) atatTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGCACg > 1:2273968/1‑101 (MQ=255) ttCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGCACGCCa > 1:2273972/1‑101 (MQ=255) tacTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGCACGCCAg < 1:2273489/99‑1 (MQ=255) 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CATATTCCTGCTCCATACTATCGGTTCGAAAAAAACCGATCTGAATGTTGATCCCTGGATTAATAAATATATTTTTCCGAACGGTTGCCTGCCCTCTGTACGCCAGATTGCTCAGTCCAGCGAACCCCACTTTGTGATGGAAGACTGGCATAACTTCGGTGCTGATTACGATACTACGTTGATGGCGTGGTATGAA > NC_000913/1742195‑1742390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |